| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,167,458 | A→G | E833G (GAG→GGG) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,167,458 | 0 | A | G | 92.3% | 183.9 / 4.0 | 53 | E833G (GAG→GGG) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base G (23/25); total (26/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
TACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATC > REL606/4167387‑4167528 | tACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCg < 2:589014/76‑1 (MQ=255) aCCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGc > 2:69418/1‑76 (MQ=255) aGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGAGGTGACGTTAAAGGGCCGCTgcgc > 2:776079/1‑76 (MQ=255) cGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGAt > 1:929533/1‑76 (MQ=255) aTTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATcg > 2:105838/1‑76 (MQ=255) aTTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGCGCCGCTGCGCGATcg > 1:344487/1‑76 (MQ=255) ttGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATcgc > 1:1160493/1‑76 (MQ=255) tgtgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATcgcg > 2:1463174/1‑76 (MQ=255) 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1:1050664/1‑76 (MQ=255) aaGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCgtgt > 2:592092/1‑76 (MQ=255) aaGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCgtgt < 2:787210/76‑1 (MQ=255) aGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTa > 1:501154/1‑76 (MQ=255) aGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTa < 2:1275765/76‑1 (MQ=255) gTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTTCTGGGTCGTGTAAc > 1:206783/1‑76 (MQ=255) gTATCAGGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAAc < 1:1139293/76‑1 (MQ=255) aTCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAActg < 2:409068/76‑1 (MQ=255) aTCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAActg > 1:119993/1‑76 (MQ=255) atgatgACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAActgctg < 2:1487242/76‑1 (MQ=255) 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ttATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGaa < 1:186721/76‑1 (MQ=255) ttATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGaa < 1:8163/76‑1 (MQ=255) ttATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGGGTAACTGCTGAAGACGTTCTGaa > 2:1035060/1‑76 (MQ=255) tATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAg < 2:1207403/76‑1 (MQ=255) aTCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGc > 1:905423/1‑76 (MQ=255) tCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGcc < 2:917221/76‑1 (MQ=255) cGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCNCGTACTGGGTCGTGTAACTGCNGAANACGTTCTGAAGCCg > 2:1738421/1‑76 (MQ=255) cGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCg > 1:1197352/1‑76 (MQ=255) ggtggtGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTa < 2:1352193/76‑1 (MQ=255) ggtggtGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTa < 2:1092535/76‑1 (MQ=255) ggtggtGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTa < 2:190692/76‑1 (MQ=255) ggtggtGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTa < 1:1105902/76‑1 (MQ=255) tggtgACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACATTCTGAAGCCGGGAAcc > 1:1212790/1‑75 (MQ=255) tgACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTActgct > 1:841468/1‑76 (MQ=255) tgACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTActgct > 1:1457184/1‑76 (MQ=255) gACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTActgctg < 2:1692862/76‑1 (MQ=255) gTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGata < 1:888097/76‑1 (MQ=255) gTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACGGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGata < 1:888112/76‑1 (MQ=255) ttAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGatat < 1:57532/76‑1 (MQ=255) ttAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGatat < 1:1539790/76‑1 (MQ=255) tAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATc > 1:235802/1‑76 (MQ=255) | TACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATC > REL606/4167387‑4167528 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |