| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,462,990 | T→A | F76L (TTT→TTA) | yjgN → | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,462,990 | 0 | T | A | 94.5% | 404.0 / 11.1 | 110 | F76L (TTT→TTA) | yjgN | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/3); new base A (52/52); total (55/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TTATCTCTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTTAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGC > REL606/4462918‑4463062 | ttATCTCTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGt < 1:550553/76‑1 (MQ=255)ttATCTCTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGt > 2:280178/1‑76 (MQ=255)ttATCTCTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGt < 1:1715989/76‑1 (MQ=255) tATCTCTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAgct < 1:1213252/76‑3 (MQ=255) tATCTCTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGtt < 1:1213241/76‑1 (MQ=255) aTCTCTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTg > 1:382850/1‑76 (MQ=255) aTCTCTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTg > 1:41287/1‑76 (MQ=255) tctcTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGt < 1:597880/76‑1 (MQ=255) ctctATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTc > 1:1090350/1‑76 (MQ=255) ctctATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTc > 1:1474915/1‑76 (MQ=255) tctGTGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCt > 1:50294/1‑76 (MQ=255) tctATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCt > 1:50315/1‑76 (MQ=255) ctATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGGATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCtt > 2:772972/1‑76 (MQ=255) ctATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTTAGTTGTCtt < 1:1579372/76‑1 (MQ=255) ctATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCtt > 2:1364978/1‑76 (MQ=255) ctATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCtt > 1:1717724/1‑76 (MQ=255) ctATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCtt > 1:248979/1‑76 (MQ=255) ctATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCtt < 2:1596621/76‑1 (MQ=255) ctATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCtt > 1:563084/1‑76 (MQ=255) ctATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCtt > 1:1399905/1‑76 (MQ=255) ctATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCtt > 2:542599/1‑76 (MQ=255) ctATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCtt > 2:1322714/1‑76 (MQ=255) tATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCttg > 1:125/1‑76 (MQ=255) aTGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCttgt > 1:565790/1‑76 (MQ=255) cTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTTAGTTGTCttgtttt < 2:214812/76‑1 (MQ=255) cTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCttgtttt < 2:1163532/76‑1 (MQ=255) aaTATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCttgtttttg > 1:896050/1‑76 (MQ=255) atatGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCttgtttttgt > 2:743687/1‑76 (MQ=255) atGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCttgtttttgttt < 2:1173042/76‑1 (MQ=255) aaGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGttttttt < 2:1667742/76‑1 (MQ=255) aaGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGttttttt < 2:566108/76‑1 (MQ=255) aGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTTAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTc > 2:1126173/1‑76 (MQ=255) gTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCt > 1:1479711/1‑76 (MQ=255) gTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCt < 1:500863/76‑1 (MQ=255) gTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCt < 1:950410/76‑1 (MQ=255) ttAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTa > 1:883907/1‑76 (MQ=255) ttAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTa > 2:976787/1‑76 (MQ=255) aaCGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTAtt > 1:1091656/1‑76 (MQ=255) aCGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTAttt < 2:482281/76‑1 (MQ=255) ggACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCg < 2:1287021/76‑1 (MQ=255) aCAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCa < 1:632945/76‑1 (MQ=255) aCGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAata < 2:1487614/76‑1 (MQ=255) cGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAatat < 1:971130/76‑1 (MQ=255) cGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAatat > 2:864199/1‑76 (MQ=255) aTTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTa < 2:563084/76‑1 (MQ=255) aTTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTa < 1:776985/76‑1 (MQ=255) aTTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGGTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTa < 1:776971/76‑1 (MQ=255) ttttCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTaa < 1:886037/76‑1 (MQ=255) tttCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAAt < 2:248979/76‑1 (MQ=255) tttCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAAt > 1:965347/1‑76 (MQ=255) tttCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAAt < 2:1621468/76‑1 (MQ=255) ttCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATg > 1:621206/1‑76 (MQ=255) ttCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATg < 1:1307358/76‑1 (MQ=255) tCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGa < 2:969469/76‑1 (MQ=255) tCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGa < 1:1390611/76‑1 (MQ=255) cTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTCCGCAATATTAATGAc > 2:320211/1‑76 (MQ=255) ttATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACa < 2:674018/76‑1 (MQ=255) tATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAg > 1:335801/1‑76 (MQ=255) tATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAg < 1:1748251/76‑1 (MQ=255) tATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAg < 2:1463727/76‑1 (MQ=255) tATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAg < 1:796162/76‑1 (MQ=255) aTGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTTAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAgt > 1:1204798/1‑76 (MQ=255) tGGAATTACTGGTGGGATTGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAgtg < 2:422527/76‑1 (MQ=255) tGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAgtg < 1:441129/76‑1 (MQ=255) ggAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAgtgt > 1:540074/1‑76 (MQ=255) ggAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAgtgt < 1:27734/76‑1 (MQ=255) ggAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAgtgt < 2:81327/76‑1 (MQ=255) gAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTTAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTc < 2:476111/76‑1 (MQ=255) gAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTc < 1:754881/76‑1 (MQ=255) aaTTACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTca > 2:155402/1‑76 (MQ=255) ttACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTcagc > 2:365103/1‑76 (MQ=255) tACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTcagca > 1:1054947/1‑76 (MQ=255) tACTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTcagca < 2:1721247/76‑1 (MQ=255) aCTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTcagcag < 2:715985/76‑1 (MQ=255) aCTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTcagcag < 2:716009/76‑1 (MQ=255) aCTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTcagcag < 1:294052/76‑1 (MQ=255) aCTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTCTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTcagcag > 1:47569/1‑76 (MQ=255) cTGGTGGGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGa > 1:1546398/1‑76 (MQ=255) tggtggGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGat < 1:864199/76‑1 (MQ=255) tggtggGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGat > 1:610063/1‑76 (MQ=255) tggtggGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGat > 2:1033783/1‑76 (MQ=255) gtggGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGatat > 2:315214/1‑76 (MQ=255) gtggGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGatat < 1:1375844/76‑1 (MQ=255) gtggGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGatat > 1:1106091/1‑76 (MQ=255) tggGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATg < 1:1046136/76‑1 (MQ=255) tggGAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATg < 2:1465447/76‑1 (MQ=255) ggAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATGcc < 2:794905/76‑1 (MQ=255) ggAATGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATGcc > 2:1021509/1‑76 (MQ=255) gAATGTTTTTTTTAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCg > 1:750588/1‑76 (MQ=255) aaTGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGc > 2:831180/1‑76 (MQ=255) aaTGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGc > 1:1124784/1‑76 (MQ=255) aTGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCt > 1:14207/1‑76 (MQ=255) tGTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCtt > 2:334620/1‑76 (MQ=255) gTTTTTTTAAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCttg > 2:726197/1‑76 (MQ=255) ttttttttAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCttga < 2:1011999/76‑2 (MQ=255) tttttttaAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCttgt < 2:1470327/76‑1 (MQ=255) tttttttaAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCttgt > 2:413815/1‑76 (MQ=255) tttttaAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCttgttg < 1:1052649/76‑1 (MQ=255) ttttaAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTgg < 1:459855/76‑1 (MQ=255) tttaAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGc > 2:1730624/1‑76 (MQ=255) | TTATCTCTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACTGGTGGGAATGTTTTTTTTAGTTGTCTTGTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATATTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGC > REL606/4462918‑4463062 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |