| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 3,911,991 | (T)5→4 | intergenic (‑192/‑131) | yifB ← / → ilvL | predicted bifunctional enzyme and transcriptional regulator/ilvG operon leader peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 3,911,987 | 0 | T | . | 88.5% | 225.0 / 29.4 | 61 | intergenic (‑188/‑135) | yifB/ilvL | predicted bifunctional enzyme and transcriptional regulator/ilvG operon leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/3); new base . (26/28); total (30/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
GACAAAGGATGAACTACGAGGAAGGGAACAACATTCATACTGAAATTGAATTTTTTTCACTCACTATTTTATTTTTAAAAAACAACAATTTATATTGAAATTATTAAACGCATCATAAAAATCGGCCAAAAAATATCTTGTAC > REL606/3911916‑3912058 | gACAAAGGATGAACTACGAGGAAGGGAACAACATTCATACTGAAATTGAATTTTTTTCACTCACTATTTTAttttt > 1:1486095/1‑76 (MQ=255) cAAAGGATGAACTACGAGGAAGGGAACAACATTCATACTGAAATTGAATTTTTTTCACTCACTATTTTATTTTaaa > 2:1169646/1‑76 (MQ=255) aaaGGATGAACTACGAGGAAGGGAACAACATTCATACTGAAATTGAATTTTTTTCACTCACTATTTTATTTTaaaa < 1:1055833/76‑1 (MQ=255) aaaGGATGAACTACGAGGAAGGGAACAACATTCATACTGAAATTGAATTTTTTTCACTCACTATTTTATTTTaaaa > 2:583846/1‑76 (MQ=255) aaGGATGAACTACGAGGAAGGGAACAACATTCATACTGAAATTGAATTTTTTTCACTCACTATTTTATTTTAaaaa < 1:1168567/76‑1 (MQ=255) aGGATGAACTACGAGGAAGGGAACAACATTCATACTGAAATTGAATTTTTTTCACTCACTATTTTATTTTaaaaaa > 1:126993/1‑76 (MQ=255) aGGATGAACTACGAGGAAGGGAACAACATTCATACTGAAATTGAATTTTTTTCACTCACTATTTTATTTTaaaaaa > 1:1407511/1‑76 (MQ=255) gATGAACTACGAGGAAGGGAACAACATTCATACTGAAATTGAATTTTTTTCACTCACTATTTTA‑TTTTAAAAaaca < 1:818548/76‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |