| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,332,148 | (T)6→7 | intergenic (+131/‑79) | topA → / → cysB | DNA topoisomerase I/DNA‑binding transcriptional dual regulator, O‑acetyl‑L‑serine‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,332,142 | 1 | . | T | 97.6% | 158.7 / ‑2.4 | 42 | intergenic (+125/‑85) | topA/cysB | DNA topoisomerase I/DNA‑binding transcriptional dual regulator, O‑acetyl‑L‑serine‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base T (19/22); total (20/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.99e-01 | |||||||||||
TTTTTATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCAC‑C‑TTTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTAA > REL606/1332068‑1332212 | tttttATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCAC‑C‑t > 1:624338/1‑76 (MQ=255)tttttATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCAC‑C‑t > 1:624349/1‑76 (MQ=255) tttATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCAC‑C‑ttt > 2:1234212/1‑76 (MQ=255) ttATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCAC‑C‑tttt > 1:862940/1‑76 (MQ=255) ttATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCAC‑C‑tttt > 2:658847/1‑76 (MQ=255) ttATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCAC‑C‑tttt > 1:301165/1‑76 (MQ=255) ttGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCAC‑C‑ttttttt > 2:1525073/1‑75 (MQ=255) ttGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCAC‑C‑ttttttt > 2:482410/1‑75 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gCAC‑CTTTTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTaa < 1:371459/76‑1 (MQ=255) | TTTTTATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCAC‑C‑TTTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTAA > REL606/1332068‑1332212 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |