Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 59 (1.240) | 42/144 | 0.1 | 98.2% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
? | REL606 | = 4524527 | 1 (0.020) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
* | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 54 (1.140) | 39/144 | 0.2 | 98.0% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
? | REL606 | 4524522 = | 1 (0.020) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772931‑2772854 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAA < REL606/4524527‑4524454 GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:1589255/76‑1 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:894365/1‑76 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:796757/76‑1 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:1386016/1‑76 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:689071/1‑76 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:960540/1‑76 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:1492938/76‑1 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:1268375/1‑76 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:532013/76‑1 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:531217/1‑76 ATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGT < 1:723864/76‑1 ATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGT > 1:517326/1‑76 TCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT > 1:1154816/1‑76 TAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCG > 1:790135/1‑76 AATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGG > 2:858141/1‑76 AATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGG > 2:297698/1‑76 ATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGT < 2:1232580/76‑1 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ACGTTAAATCATATCAGGCGTAATTCCACAACCCTTAAGTTAGCGCTGATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAA < 1:347099/76‑1 GTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACG > 1:1090818/1‑76 GTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACG > 1:1261261/1‑76 AAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGC > 1:910664/1‑76 AAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGC > 2:134827/1‑76 TCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTG < 2:521125/76‑1 TCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTG < 1:917820/76‑1 CATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGG < 1:1250664/76‑1 ATATCACGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGA < 1:944380/76‑1 TATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA < 2:1236611/76‑1 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGA > 1:1192029/1‑76 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATG > 2:1053990/1‑76 TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGCACGGCATGGT > 2:182443/1‑76 TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGT > 2:961139/1‑76 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGga > 2:254130/1‑74 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTA > 2:454393/1‑76 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTA > 1:1055778/1‑76 TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGTACGGAATGGTATT > 2:1024042/1‑76 ACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTG < 2:125454/76‑1 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTC > 2:326987/1‑76 CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGT < 1:976644/76‑1 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTT < 2:173543/76‑1 TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTAT < 1:951419/76‑1 AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTC < 1:128706/76‑1 GTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAG < 1:1369542/76‑1 gTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGG < 1:1316624/75‑1 AGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGT > 2:294766/1‑76 GCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTT < 2:1415929/76‑1 GCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTT < 2:1433122/76‑1 GCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTT > 2:1566498/1‑76 CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTT < 1:1255014/76‑1 nTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTT > 1:308084/2‑76 TTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTT > 1:909533/1‑76 TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTC > 1:1236208/1‑76 TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTC < 1:811053/76‑1 TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTC > 2:1240220/1‑76 ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCT < 1:48784/76‑1 ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCT > 1:576076/1‑76 ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCT > 1:588835/1‑76 ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCT < 1:673723/76‑1 ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCT > 1:737980/1‑76 nGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTG > 1:1414642/2‑76 TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTG > 1:224170/1‑76 GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGA < 1:1199460/76‑1 GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGA < 1:1199449/76‑1 GGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAA > 1:1428703/1‑76 GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772931‑2772854 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAA < REL606/4524527‑4524454 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |