| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 2037366 | 62 (1.250) | 7 (0.160) | 5/136 | 5.0 | 12.7% | coding (765/1176 nt) | wzy | O antigen polymerase (Wzy) |
| ? | REL606 | = 2037865 | 40 (0.890) | coding (266/1176 nt) | wzy | O antigen polymerase (Wzy) | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGCGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTATTTTTTCCAATCCATTA > REL606/2037791‑2037939 | cgcgCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTaa < 2:474865/76‑1 (MQ=255) cgcTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTaaaa > 1:1393646/1‑76 (MQ=255) tCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTaaaaaaa < 1:1008468/76‑1 (MQ=255) tCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTaaaaaaa > 1:1338737/1‑76 (MQ=255) ttattaCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATgg > 1:622425/1‑76 (MQ=255) ttattaCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATgg > 1:747586/1‑76 (MQ=255) ttattaCCAGCAACAAATAAGCCCGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAAAgg > 1:992766/1‑76 (MQ=255) ttaCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGa < 1:786373/76‑1 (MQ=255) ctgCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCgg > 2:1380023/3‑76 (MQ=255) aGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGt > 2:656037/1‑76 (MQ=255) caacaaATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTct > 1:1069117/1‑76 (MQ=255) caacaaATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTct > 2:254121/1‑76 (MQ=255) caaATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTctact > 1:334968/1‑76 (MQ=255) caaATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTctact > 1:334984/1‑76 (MQ=255) aaaTAAGCCTGTACTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTctacta > 1:431066/1‑76 (MQ=255) aGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGa > 1:409502/1‑76 (MQ=255) gCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGaa > 1:490321/1‑76 (MQ=255) ccTGTA‑TAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATc > 1:1059265/1‑76 (MQ=255) ccTGTA‑TAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATc > 1:1059260/1‑76 (MQ=255) cTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATc < 1:636400/76‑1 (MQ=255) cTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATc > 2:1362934/1‑76 (MQ=255) tGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCa > 1:1002328/1‑76 (MQ=255) tGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCa > 1:1002311/1‑76 (MQ=255) aaaTACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAAt > 1:663352/1‑76 (MQ=255) aCGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTttg > 1:581561/1‑76 (MQ=255) gTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTaa > 1:433141/1‑76 (MQ=255) gTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTaa > 1:433121/1‑76 (MQ=255) gTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTaa > 1:433116/1‑76 (MQ=255) ttATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAg > 1:1497746/1‑76 (MQ=255) ttATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAg > 1:1497722/1‑76 (MQ=255) ttATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAg > 1:1153708/1‑76 (MQ=255) ttATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAg > 1:1153723/1‑76 (MQ=255) tatatataATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGt > 1:1082762/1‑76 (MQ=255) tatataATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTgg > 1:1346739/1‑76 (MQ=255) tatataATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTgg > 1:1346725/1‑76 (MQ=255) ataataATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGttt > 1:491597/1‑76 (MQ=255) taataaTTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGtttt > 2:472524/1‑76 (MQ=255) cataatTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTa > 2:934569/2‑76 (MQ=255) taatTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTAtt > 1:1285437/1‑76 (MQ=255) tAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTATTTTTTcc < 2:1369403/76‑1 (MQ=255) tAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTATTTTTTcc > 2:1069922/1‑76 (MQ=255) aaaCAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTATTTTTTCCa > 2:1406977/1‑76 (MQ=255) aCAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTATTTTTTCCAAt < 2:756398/76‑1 (MQ=255) tAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTATTTTTTCCAATCCATta < 2:1186642/76‑1 (MQ=255) | CGCGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTATTTTTTCCAATCCATTA > REL606/2037791‑2037939 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |