| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 3737258 = | 92 (1.770) | 10 (0.220) | 7/134 | 4.2 | 12.3% | coding (569/1254 nt) | waaL | Lipid A‑core, surface polymer ligase |
| ? | REL606 | 3737623 = | 61 (1.320) | coding (204/1254 nt) | waaL | Lipid A‑core, surface polymer ligase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATATGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTG > REL606/3737183‑3737333 | aaTATGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGttt > 2:1345565/1‑76 (MQ=255)aaTATGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGttt > 2:1184940/1‑76 (MQ=255) tatGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTa < 2:561225/76‑1 (MQ=255) atGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTAt < 1:892902/76‑1 (MQ=255) gCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTc < 1:65590/76‑1 (MQ=255) gCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTaa < 1:1082493/76‑1 (MQ=255) cgTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCg > 1:302029/1‑76 (MQ=255) cgTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCg < 2:650631/76‑1 (MQ=255) gTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCgg > 1:579513/1‑76 (MQ=255) tttCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGa > 1:1407862/1‑76 (MQ=255) tttCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGa > 1:1407845/1‑76 (MQ=255) ttCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAt < 1:266617/76‑1 (MQ=255) cAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAttt < 2:677652/76‑1 (MQ=255) cAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAttt < 1:1473076/76‑1 (MQ=255) cAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAttt > 2:1578576/1‑76 (MQ=255) aGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAtttt < 2:1197971/76‑1 (MQ=255) aGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAtttt < 2:1484108/76‑1 (MQ=255) gTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTa > 1:727867/1‑76 (MQ=255) gTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTa > 1:136830/1‑76 (MQ=255) ttACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaa > 1:1108964/1‑76 (MQ=255) tACTATGAGAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaaa > 1:1218898/1‑76 (MQ=255) aCTATGACAGCACATAAGCTAAGCAGGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaaaa < 1:960860/76‑1 (MQ=255) aCTATGACAGCACATAAGCTAAGCAGGAAGTTAATTGTATATAAGGTTGGTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaaaa < 1:62063/76‑1 (MQ=255) cTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAAt > 2:562908/1‑76 (MQ=255) tGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATgag > 2:305894/1‑76 (MQ=255) gACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATgaga > 2:711833/1‑76 (MQ=255) aCAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGaa < 2:375712/76‑1 (MQ=255) cAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAAt < 1:1199891/76‑1 (MQ=255) acaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGAt > 1:97713/1‑76 (MQ=255) acaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGAt > 1:57605/1‑76 (MQ=255) acaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGAt > 1:57580/1‑76 (MQ=255) taagctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGcc < 1:528481/76‑1 (MQ=255) aagctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCa > 2:503848/1‑76 (MQ=255) agctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAg < 1:1184940/76‑1 (MQ=255) agctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAg < 1:1345565/76‑1 (MQ=255) taagcATGAAGTTAATTTTATATAATGTTGTTTTTTGTCTTAAATCGGGTTTTTAAATGAGAATTGATGCCAGTaa > 2:89332/1‑76 (MQ=255) aagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaaa < 1:731692/76‑1 (MQ=255) cATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAacgaa > 2:484176/1‑76 (MQ=255) cATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAaagaa > 1:973915/1‑76 (MQ=255) tGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAgg > 1:348981/1‑76 (MQ=255) tGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAgg > 1:1002172/1‑76 (MQ=255) gAAGTTAATTGTATATAGTGTTGTTTTATGTCTAAGGTGGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAggg < 1:550835/76‑1 (MQ=255) aaGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGa < 1:489089/76‑1 (MQ=255) aGTTTATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaa > 1:916625/1‑76 (MQ=255) aGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaa > 1:671636/1‑76 (MQ=255) gTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaa < 2:1640644/76‑1 (MQ=255) ttAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaaa > 1:296655/1‑76 (MQ=255) ttAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaaa > 1:306213/1‑76 (MQ=255) ttAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaaa < 1:1065652/76‑1 (MQ=255) ttAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaaa > 1:1137087/1‑76 (MQ=255) ttAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaaa > 1:1175648/1‑76 (MQ=255) ttAACTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTCAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaaa > 1:306191/1‑76 (MQ=255) aaTTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAgg > 1:1252729/1‑76 (MQ=255) aaTTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAgg < 1:563691/76‑1 (MQ=255) aTTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGga < 1:186187/76‑1 (MQ=255) ttGTATATAATGTTGTTTTGTGTCTAAAGTCGGATTTTAACATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgat > 1:455547/1‑76 (MQ=255) ttGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgat > 1:110283/1‑76 (MQ=255) ttGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgat > 1:455548/1‑76 (MQ=255) tGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatg > 2:1183581/1‑76 (MQ=255) tGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatg > 1:1655187/1‑76 (MQ=255) gTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatga < 2:1113247/76‑1 (MQ=255) tatataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTGAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGCAAAGgatgat > 1:728468/1‑76 (MQ=255) tatataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatgat > 1:1236093/1‑76 (MQ=255) tatataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatgat > 1:728439/1‑76 (MQ=255) tatataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatgat > 1:728450/1‑76 (MQ=255) tataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGt < 1:1480508/76‑1 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa > 1:664150/1‑76 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa < 1:167000/76‑1 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa > 1:1575313/1‑76 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa < 2:862713/76‑1 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa < 1:1297323/76‑1 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa < 1:510056/76‑1 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa > 1:1575293/1‑76 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAAAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa < 1:166982/76‑1 (MQ=255) aaTGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGc > 1:1427383/1‑76 (MQ=255) aaTGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGc > 2:1552320/1‑76 (MQ=255) aaTGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGc > 1:1367755/1‑76 (MQ=255) aTGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGcc > 1:1142149/1‑76 (MQ=255) tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct > 1:1052816/1‑76 (MQ=255) tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct > 1:1377356/1‑76 (MQ=255) tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct > 1:1377348/1‑76 (MQ=255) tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct > 1:1625312/1‑76 (MQ=255) tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct > 1:888994/1‑76 (MQ=255) gttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctg > 2:193281/1‑76 (MQ=255) ttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgc > 1:479991/1‑76 (MQ=255) ttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgc > 1:479983/1‑76 (MQ=255) ttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgc > 1:629502/1‑76 (MQ=255) tgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgct > 1:1560584/1‑76 (MQ=255) gttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgctg > 2:714789/1‑76 (MQ=255) gttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgctg > 1:746424/1‑76 (MQ=255) tttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgtt > 1:1317648/1‑76 (MQ=255) tttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgtt < 2:1168579/76‑1 (MQ=255) ttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgttg < 2:661703/76‑1 (MQ=255) | AATATGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTG > REL606/3737183‑3737333 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |