| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 77 (1.270) | 53/144 | 0.1 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 58 (0.960) | 47/144 | 0.2 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
AGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATT > REL606/4524452‑4524602 | catcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCaa > 1:1855189‑M2/71‑76 (MQ=255) tCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccc > 1:941965‑M2/1‑73 (MQ=255) tCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccc > 2:121695‑M2/1‑73 (MQ=255) tcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggtacaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCg < 2:1632153‑M2/11‑1 (MQ=255) cttaacgaggcaccgaggcgtctcantgttcagatgattcaaccctanagtaagcgcttatgggCCGCAACCCCgg < 1:287406‑M2/12‑1 (MQ=255) cttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCgg > 1:1172883‑M2/65‑76 (MQ=255) ttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCggg > 1:385759‑M2/64‑76 (MQ=255) ttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCggg > 2:1844809‑M2/64‑76 (MQ=255) aaaCAACCCTGANTANCGGAACCAATACCATTCCNTTCCAGTCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataa > 1:1668102‑M2/1‑69 (MQ=255) aaaCAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataa > 2:453737‑M2/1‑69 (MQ=255) aaaCAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataa > 1:1272253‑M2/1‑69 (MQ=255) taacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt < 2:1431516‑M2/14‑1 (MQ=255) aacaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataag < 2:1417059‑M2/76‑9 (MQ=255) aacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtg > 2:550002‑M2/62‑76 (MQ=255) caacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcg > 1:713439‑M2/1‑66 (MQ=255) acgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgc > 2:942514‑M2/61‑76 (MQ=255) cgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgct < 2:1689758‑M2/17‑1 (MQ=255) cgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGggct > 1:1822503‑M2/60‑76 (MQ=255) aacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgc < 2:1863258‑M2/76‑12 (MQ=255) gaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctg < 1:469480‑M2/18‑1 (MQ=255) cccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataggcgcta > 1:1897677‑M2/1‑63 (MQ=255) cccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgcta > 2:710177‑M2/1‑63 (MQ=255) ccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaa > 1:1217943‑M2/1‑62 (MQ=255) gcgccgaggcctcccattcttgagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTa < 2:685396‑M2/21‑1 (MQ=255) gcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTa > 2:188478‑M2/56‑76 (MQ=255) cTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaac > 1:1520107‑M2/1‑61 (MQ=255) accgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAt < 2:946366‑M2/23‑1 (MQ=255) aTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa < 1:1072111‑M2/76‑20 (MQ=255) aTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa < 1:1055800‑M2/76‑20 (MQ=255) aggcgtcgcattnttnagatggttcaacccttaanttagcggttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCgg < 1:1676296‑M2/27‑1 (MQ=255) aggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCgg > 2:1141794‑M2/50‑76 (MQ=255) aCGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccttaagcgctaacttaaggg > 1:1927612‑M2/1‑54 (MQ=255) gcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 2:649532‑M2/29‑1 (MQ=255) cgcnttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGa > 1:1828559‑M2/44‑76 (MQ=255) gcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAc < 1:1390239‑M2/34‑1 (MQ=255) cAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggt < 1:1301266‑M2/76‑30 (MQ=255) aaTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggta < 2:392284‑M2/76‑31 (MQ=255) aaTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtgcta < 2:1824982‑M2/76‑31 (MQ=255) aaTACCATTCCGTCCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGACGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggta < 2:1144364‑M2/76‑31 (MQ=255) aTACCATTCAGTTCCAGTCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactnaanggttgtggtat < 2:311708‑M2/76‑32 (MQ=255) tcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggNCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTc < 1:1714430‑M2/38‑1 (MQ=255) tACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt > 2:379560‑M2/1‑44 (MQ=255) cttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCa < 1:998818‑M2/39‑1 (MQ=255) aCCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatta < 1:154058‑M2/76‑34 (MQ=255) ttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCaa < 1:199671‑M2/40‑1 (MQ=255) agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGt > 2:739106‑M2/34‑76 (MQ=255) tCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCTAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcct > 2:1463821‑M2/1‑38 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctg < 1:1862314‑M2/76‑40 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctg > 2:1062070‑M2/1‑37 (MQ=255) tggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCa < 1:1422308‑M2/46‑1 (MQ=255) cGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctga > 2:639656‑M2/1‑36 (MQ=255) cGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaaggggtgtggtattacgcctga < 1:1076691‑M2/76‑41 (MQ=255) ttCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggctgtggtattacgcctgata > 1:1732865‑M2/1‑34 (MQ=255) tCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatat < 1:469649‑M2/76‑44 (MQ=255) aGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgat > 2:807021‑M2/1‑30 (MQ=255) ggCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatt > 1:666797‑M2/1‑29 (MQ=255) gcgcGTTATTTTGCAACCGTGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattt > 2:226248‑M2/1‑28 (MQ=255) cgcgTTCTGTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattta < 1:1891527‑M2/76‑50 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATa < 2:871047‑M2/55‑1 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaa > 1:1694238‑M2/1‑26 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatntaa > 1:1833188‑M2/1‑26 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAc > 2:1439401‑M2/20‑76 (MQ=255) ttATTTTGCACCCGGGGCCGCAAcccataagcgcgaacttaagggttgtggtattacgcctgagatgatttaacgt > 2:1011792‑M2/1‑23 (MQ=255) ttATTTTGCAACCGGGGCCGGAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgtctgatatgatttaacgt > 1:2026591‑M2/1‑23 (MQ=255) aagttagcgcttatggcCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt < 1:51926‑M2/59‑1 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg > 1:837359‑M2/1‑22 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg < 2:1085398‑M2/76‑55 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg < 1:887428‑M2/76‑55 (MQ=255) agttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTa < 2:1553659‑M2/60‑1 (MQ=255) aTTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgc < 2:1156297‑M2/76‑56 (MQ=255) aTTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgc < 2:489187‑M2/76‑56 (MQ=255) aTTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgc < 1:400371‑M2/76‑56 (MQ=255) tagcgcttatgngCCGCAACCCCGGGTGCTGCTATTCCGTATGANACCTTCAAGGTTCAGTATCAAAAACCTAccc < 1:244283‑M2/63‑1 (MQ=255) ttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtaccga < 2:195857‑M2/76‑59 (MQ=255) agcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTTTCAATAACCTACCCa < 1:942515‑M2/64‑1 (MQ=255) agcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCa > 2:1767277‑M2/13‑76 (MQ=255) tGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgat > 2:1115539‑M2/1‑17 (MQ=255) gcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAg < 2:1274097‑M2/65‑1 (MQ=255) gcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAg > 1:756014‑M2/12‑76 (MQ=255) gCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggntggggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatg > 1:1982958‑M2/1‑16 (MQ=255) gcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGt < 2:702501‑M2/67‑1 (MQ=255) ctnatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTTCCCATNtt < 2:1677686‑M2/68‑1 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc < 2:794901‑M2/69‑1 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc < 1:485138‑M2/69‑1 (MQ=255) tatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCa > 1:424714‑M2/7‑76 (MQ=255) tatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCa < 1:1329529‑M2/70‑1 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatta > 2:442269‑M2/1‑11 (MQ=255) atgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAg < 1:543470‑M2/71‑1 (MQ=255) tgggCCGCAACCACGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGATCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAgg > 2:87359‑M2/5‑76 (MQ=255) tgggCAGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATCACCTACCCAGGTTCAgg > 2:1321477‑M2/5‑76 (MQ=255) ccGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctc < 1:1431253‑M2/76‑71 (MQ=255) cGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctca < 1:561306‑M2/76‑72 (MQ=255) gCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTc > 1:342840/1‑76 (MQ=255) ccacccataagggctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcaca > 2:25105‑M2/3‑3 (MQ=255) cAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacg > 1:195857‑M2/1‑3 (MQ=255) cAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcaca > 2:1963321‑M2/1‑3 (MQ=255) aacccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacga < 2:433144‑M2/76‑75 (MQ=255) aacccataagcgctaacttaagggttgtgggattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacga < 1:1513124‑M2/76‑75 (MQ=255) aaCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGANACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAt > 2:8611/1‑76 (MQ=255) aCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAtt < 2:1936348/76‑1 (MQ=255) | AGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATT > REL606/4524452‑4524602 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |