| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 3,964,006 | G→A | intergenic (‑220/‑150) | yigE ← / → corA | hypothetical protein/magnesium/nickel/cobalt transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 3,964,006 | 0 | G | A | 95.3% | 233.5 / 0.4 | 64 | intergenic (‑220/‑150) | yigE/corA | hypothetical protein/magnesium/nickel/cobalt transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (29/32); total (30/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
CTAAGAGGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGGCTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAGGCT > REL606/3963931‑3964077 | ctAAGAGGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAgg > 1:404086/1‑76 (MQ=255) aaGAGGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACt > 1:1017028/1‑76 (MQ=255) aaGAGGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACt > 2:1775632/1‑76 (MQ=255) aaGAGGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACt > 1:1328051/1‑76 (MQ=255) agagGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTa < 2:1744356/76‑1 (MQ=255) agagGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTa < 2:449991/76‑1 (MQ=255) gagGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTAt < 2:782981/76‑1 (MQ=255) gACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATccc < 1:1294390/76‑1 (MQ=255) gACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATccc < 1:245524/76‑1 (MQ=255) aCATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCt > 1:1925985/1‑76 (MQ=255) cATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCtt > 2:1915122/1‑76 (MQ=255) tCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCttttt < 2:671400/76‑1 (MQ=255) tCGCCCTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCttttt < 2:186915/76‑1 (MQ=255) ccTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCt < 1:1464580/76‑1 (MQ=255) cTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTg < 2:590291/76‑1 (MQ=255) tGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGAt > 2:530187/1‑76 (MQ=255) ggACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATa > 1:2001812/1‑76 (MQ=255) cgACACACCCAGAAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGAACAACTCCTAAGGCTATCCCTTTTTGCTGATa < 2:330494/75‑1 (MQ=255) gACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAg < 2:2007468/76‑1 (MQ=255) gACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAg < 1:1347257/76‑1 (MQ=255) acacCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCt < 2:241124/76‑1 (MQ=255) acacCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCt < 2:1966236/76‑1 (MQ=255) cacCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCtt < 2:1198536/76‑1 (MQ=255) acCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTa < 2:601317/76‑1 (MQ=255) acCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTa < 1:464247/76‑1 (MQ=255) cccAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAg < 2:925316/76‑1 (MQ=255) cccAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAg < 2:1926471/76‑1 (MQ=255) ccAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGGCTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGc < 1:118734/76‑1 (MQ=255) ccAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGc < 1:805076/76‑1 (MQ=255) cAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCg < 1:1835708/76‑1 (MQ=255) aGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCgg < 2:443582/76‑1 (MQ=255) gTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGt > 1:1021621/1‑76 (MQ=255) gTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGt > 1:682366/1‑76 (MQ=255) tAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGtt < 1:444077/76‑1 (MQ=255) aGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTg > 1:1237848/1‑76 (MQ=255) gATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGt > 2:1572119/1‑76 (MQ=255) cTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGc > 2:56230/1‑76 (MQ=255) cTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGc > 2:2008037/1‑76 (MQ=255) ggCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCgc > 2:683016/1‑75 (MQ=255) cACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTc < 2:1000847/76‑1 (MQ=255) aCTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGGCTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCa > 1:1345931/1‑76 (MQ=255) aCTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCa < 2:619371/76‑1 (MQ=255) aCTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCa < 2:619383/76‑1 (MQ=255) aTCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAAtt > 1:167029/1‑76 (MQ=255) ccTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGCCCTCACtttt > 2:1909125/1‑76 (MQ=255) tGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTc > 1:1371453/1‑76 (MQ=255) tGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTc < 2:1758103/76‑1 (MQ=255) tCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTccc > 1:1201838/1‑76 (MQ=255) tCATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTccc > 1:1775961/1‑76 (MQ=255) cATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCg > 2:188973/1‑76 (MQ=255) cATCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCg > 2:1883061/1‑76 (MQ=255) tCCAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTc < 1:1788345/76‑1 (MQ=255) cAGGATCAACTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTcgc < 2:957811/76‑1 (MQ=255) aCTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTc < 1:1828998/76‑1 (MQ=255) aCTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTc > 1:392690/1‑76 (MQ=255) cTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCa < 2:373892/76‑1 (MQ=255) cTCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGACAGCGACCTCACTTTTTCCCGCCGCGCTGAGTCa > 2:623489/1‑76 (MQ=255) tCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAg > 2:746552/1‑76 (MQ=255) tCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAg < 1:741940/76‑1 (MQ=255) tCCTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAg > 2:1569893/1‑76 (MQ=255) cTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAGGc > 1:1959792/1‑76 (MQ=255) cTAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAGGc > 1:550046/1‑76 (MQ=255) tAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAGGCt < 2:36843/76‑1 (MQ=255) tAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAGGCt > 2:927961/1‑76 (MQ=255) tAAGACTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAGGCt > 2:927964/1‑76 (MQ=255) | CTAAGAGGACATTCGCCTTGGACACACCCAGTAGATACTGGCTCACTATCCTGTCATCCAGGATCAACTCCTAAGGCTATCCCTTTTTGCTGATAGCCTTAGCGGTTGTCAGCGACCTCAATTTTTCCCGTCGCGCTGAGTCAGGCT > REL606/3963931‑3964077 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |