| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 719226 | 68 (1.420) | 8 (0.180) | 6/140 | 4.5 | 10.7% | coding (242/762 nt) | ybfD | hypothetical protein |
| ? | REL606 | = 3555024 | 70 (1.570) | intergenic (+204/‑42) | yrhC/yhhI | b4552; predicted protein fragment/predicted transposase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTGCACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCT > REL606/3554949‑3555098 | tttGCACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCtt > 1:1119425/1‑76 (MQ=34) ttGCACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTta > 1:721578/1‑76 (MQ=34) ttGCACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTta < 1:1319691/76‑1 (MQ=34) tGCACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTtat > 1:1303954/1‑76 (MQ=34) gCAGTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTtata > 1:1147312/1‑76 (MQ=14) gCACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGGTTTTTATTGCTtata > 1:1147303/1‑76 (MQ=17) cATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTc > 1:1508483/1‑76 (MQ=31) cATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTc > 1:768599/1‑76 (MQ=31) tttATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCtt > 1:278830/1‑76 (MQ=34) tttATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCtt > 1:1032297/1‑76 (MQ=34) ttATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTa < 1:1111278/76‑1 (MQ=34) ttATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTa < 2:408509/76‑1 (MQ=34) ttATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTa < 2:1398197/76‑1 (MQ=34) ttATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTa < 1:134982/76‑1 (MQ=34) ttATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTa > 1:1533271/1‑76 (MQ=34) tATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTAc < 1:260038/76‑1 (MQ=34) aTGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTAcc > 2:811677/1‑76 (MQ=35) aTGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTAcc > 2:1176556/1‑76 (MQ=35) tGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCt > 1:1340371/1‑76 (MQ=38) gTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTa > 1:707940/1‑76 (MQ=39) gTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTa < 2:1087538/76‑1 (MQ=39) gTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTa > 1:748253/1‑76 (MQ=39) gTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTa < 2:893158/76‑1 (MQ=39) aaaaaTTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTa > 1:1181660/1‑76 (MQ=39) aaaaTTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTaa > 2:1213561/1‑76 (MQ=39) aaaaTTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTaa > 2:1408029/1‑76 (MQ=39) aTTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGga < 1:962130/76‑1 (MQ=39) tGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGgaga < 1:47205/76‑1 (MQ=39) agaTATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAAc < 2:57300/76‑1 (MQ=39) gaTATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACa < 1:1529027/76‑1 (MQ=39) gaTATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACa < 1:209533/76‑1 (MQ=39) atatTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACaa > 2:151202/1‑76 (MQ=39) tatTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACaaa > 1:436933/1‑76 (MQ=39) tatTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACaaa < 2:1293663/76‑1 (MQ=39) tatTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACaaa > 1:1305752/1‑76 (MQ=39) atTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACaaaa < 1:1191095/76‑1 (MQ=39) ttCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAAt > 2:1499119/1‑76 (MQ=39) ttCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAAt > 1:121858/1‑76 (MQ=39) tCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATg > 1:1079385/1‑76 (MQ=39) tCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATg > 1:1005069/1‑76 (MQ=39) cTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGa > 2:176609/1‑76 (MQ=39) ttattaCCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGaa > 1:773734/1‑76 (MQ=38) ttattaCCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGaa < 1:1399702/76‑1 (MQ=38) tattaCCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAAc > 1:1341263/1‑76 (MQ=35) attaCCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACt < 2:367366/76‑1 (MQ=34) attaCCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACt > 2:341001/1‑76 (MQ=34) attaCCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACt > 1:1473300/1‑76 (MQ=34) ttaCCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACtt < 1:363757/76‑1 (MQ=34) ttaCCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACtt > 1:1481754/1‑76 (MQ=34) aCCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTaa < 1:711381/76‑1 (MQ=34) aCCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTaa < 1:711385/76‑1 (MQ=34) aCCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTaa < 2:721578/76‑1 (MQ=34) aCCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTaa < 2:350873/76‑1 (MQ=34) ccTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTaaa < 1:941671/76‑1 (MQ=34) ccTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTaaa > 2:1447875/1‑76 (MQ=34) cTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTaaaa < 1:359606/76‑1 (MQ=34) gAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTaaaaaa > 1:1018983/1‑76 (MQ=34) gAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTaaaaaa < 1:479762/76‑1 (MQ=34) aaGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAAt > 1:1526966/1‑76 (MQ=34) aGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAAtt < 2:857248/76‑1 (MQ=34) aGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAAtt < 2:857234/76‑1 (MQ=34) gCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTg < 1:800632/76‑1 (MQ=34) cTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGa > 1:388955/1‑76 (MQ=34) tGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGAt > 1:576588/1‑76 (MQ=34) tGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGAt > 2:837404/1‑76 (MQ=34) gTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATg > 1:1218721/1‑76 (MQ=34) ttttttATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATgg < 1:1201108/76‑1 (MQ=34) ttttttATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATgg > 1:1133387/1‑76 (MQ=34) tttATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAAc > 1:1489431/1‑76 (MQ=34) ttATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACa < 1:1172109/76‑1 (MQ=34) tATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACat < 1:159509/76‑1 (MQ=34) aTTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACata < 1:1424952/76‑1 (MQ=34) aTTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACata < 1:295998/76‑1 (MQ=34) aTTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACata < 2:1346833/76‑1 (MQ=34) ttATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCt > 1:316381/1‑76 (MQ=34) ttATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCt > 1:316371/1‑76 (MQ=34) | TTTGCACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCT > REL606/3554949‑3555098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |