| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,164,097 | C→T | P1081L (CCG→CTG) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,164,097 | 0 | C | T | 95.9% | 174.7 / ‑0.4 | 49 | P1081L (CCG→CTG) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (18/29); total (20/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
CGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGT > REL606/4164027‑4164168 | cGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCg < 2:1443329/76‑1 (MQ=255) gCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGa > 1:340037/1‑76 (MQ=255) gCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGa > 1:1501965/1‑76 (MQ=255) gCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGa > 1:1400278/1‑76 (MQ=255) ccGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGaa > 1:894070/1‑76 (MQ=255) ccGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGCGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGaa > 1:448402/1‑76 (MQ=255) gTATCCAGCCTGGCGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGa > 1:582774/1‑76 (MQ=255) tATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGat < 1:1002568/76‑1 (MQ=255) tATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGat < 1:1750118/76‑1 (MQ=255) tCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGatat < 1:1516595/76‑1 (MQ=255) tCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGCAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGatat < 1:619264/76‑1 (MQ=255) ccAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATg < 2:205450/76‑1 (MQ=255) cAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGc > 2:199263/1‑76 (MQ=255) ccTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCtt < 1:1701718/76‑1 (MQ=255) cTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTa < 2:202164/76‑1 (MQ=255) tGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTAc < 2:1745554/76‑1 (MQ=255) ggTGACAAGATGGCAGGTCGTCGCGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACg < 2:1046364/76‑1 (MQ=255) gTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGa < 1:146905/76‑1 (MQ=255) gACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATg < 1:1419700/76‑1 (MQ=255) aCAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGa < 2:1624178/76‑1 (MQ=255) cAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGaa < 1:1155825/76‑1 (MQ=255) aGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGGAGATATGCCTTATGATGaaac > 2:1236493/1‑75 (MQ=255) gATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAAc < 1:1691738/76‑1 (MQ=255) ggCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGt < 1:52176/76‑1 (MQ=255) gtcgtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGcc > 1:1009928/1‑76 (MQ=255) cACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAg > 1:1136619/1‑76 (MQ=255) cGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGAc < 2:975211/76‑1 (MQ=255) tAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATc < 2:1084645/76‑1 (MQ=255) aaCAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCg > 2:379941/1‑76 (MQ=255) aCAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGt > 2:1277796/1‑76 (MQ=255) cAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTa < 2:76218/76‑1 (MQ=255) ggTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGa < 1:871095/76‑1 (MQ=255) ggTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGa > 1:1076185/1‑76 (MQ=255) gtgtAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGaa < 2:366059/76‑1 (MQ=255) gtgtAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGaa > 2:19321/1‑76 (MQ=255) tgtAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAAc < 1:983029/76‑1 (MQ=255) tgtAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAAc < 1:620533/76‑1 (MQ=255) tAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTAAGCCGGTAGACATCGTACTGAAccc < 2:877655/76‑1 (MQ=255) aTTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGc > 2:316864/1‑76 (MQ=255) tCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTgg < 1:1487057/76‑1 (MQ=255) cTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTggg > 2:1006440/1‑76 (MQ=255) tAAGATCAACCCAATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGc > 1:1250259/1‑76 (MQ=255) aGATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGt < 1:107037/76‑1 (MQ=255) gATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTa > 1:1415949/1‑76 (MQ=255) gATCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTa > 1:751742/1‑76 (MQ=255) aTCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAANCCGCTGGGCGTAc < 1:1194560/76‑1 (MQ=255) tCAACCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTAcc > 2:1067997/1‑76 (MQ=255) aaCCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGt < 2:1684122/76‑1 (MQ=255) aaCCTGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGt < 2:561670/76‑1 (MQ=255) | CGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGT > REL606/4164027‑4164168 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |