New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2038074 = | 53 (1.040) | 6 (0.130) | 5/134 | 5.0 | 10.6% | coding (57/1176 nt) | wzy | O antigen polymerase (Wzy) |
? | REL606 | 2038286 = | 54 (1.190) | coding (663/822 nt) | wbbB | putative glycosyltransferase WbbB | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
ACAACAATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTA > REL606/2038215‑2038361 | acaacaATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTc > 1:1525166/1‑76 (MQ=255) caacaaTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCg > 1:699167/1‑76 (MQ=255) aacaaTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCgt < 1:400492/76‑1 (MQ=255) aacaaTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCgt < 1:1568578/76‑1 (MQ=255) caaTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCgttg < 1:580094/76‑1 (MQ=255) aaTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCgttgt > 2:650570/1‑76 (MQ=255) ttCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGttt < 2:133862/76‑1 (MQ=255) ccTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCa < 1:50537/75‑1 (MQ=255) aCTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCa < 1:1616705/76‑1 (MQ=255) cTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCAt < 2:992076/76‑1 (MQ=255) cTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCAt < 1:693759/76‑1 (MQ=255) cTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCAt < 1:310658/76‑1 (MQ=255) cTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCAt < 1:310655/76‑1 (MQ=255) tCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTAt < 1:1603879/76‑1 (MQ=255) cAATCTTCCCTGATATGAATTGGTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTaa < 2:527478/76‑1 (MQ=255) cAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTaa < 2:838506/76‑1 (MQ=255) aTCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACa < 1:1355977/76‑1 (MQ=255) aTCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACa > 1:814993/1‑76 (MQ=255) tCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACAGATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACaa < 1:818171/76‑1 (MQ=255) cTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAt > 1:183936/1‑76 (MQ=255) ttCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAtt < 1:809728/76‑1 (MQ=255) ttCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAtt > 1:1403569/1‑76 (MQ=255) tCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAttt < 1:144197/76‑1 (MQ=255) tCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAttt < 1:162940/76‑1 (MQ=255) cccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTa < 1:943954/76‑1 (MQ=255) ccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAg < 1:47135/76‑1 (MQ=255) cTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGc < 1:1553714/76‑1 (MQ=255) cTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGc < 1:1553739/76‑1 (MQ=255) cTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGc < 1:1553722/76‑1 (MQ=255) tGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCt > 1:1326267/1‑76 (MQ=255) gATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCtt < 1:1088899/76‑1 (MQ=255) gATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCtt > 1:1241615/1‑76 (MQ=255) tatGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACACTTTAGCTTGa > 2:1132762/1‑76 (MQ=255) tatGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGa > 1:608380/1‑76 (MQ=255) tGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATa < 1:723267/76‑1 (MQ=255) tGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATa < 1:771684/76‑1 (MQ=255) aaTGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCa < 2:757588/76‑1 (MQ=255) aaTGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCa < 1:1567860/76‑1 (MQ=255) aTGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaa < 1:577931/76‑1 (MQ=255) aTGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaa > 1:341302/1‑76 (MQ=255) gTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAAc < 1:351267/76‑1 (MQ=255) ccATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGt > 2:133719/1‑76 (MQ=255) cATGAAGACACATTGAGGTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTa < 1:582673/76‑1 (MQ=255) gACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCtgtg > 1:1042546/1‑76 (MQ=255) acacATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTgtgt < 1:1326956/76‑1 (MQ=255) acacATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTgtgt < 1:1326946/76‑1 (MQ=255) acaTTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCt < 2:439440/76‑1 (MQ=255) caTTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCta > 1:1014599/1‑76 (MQ=255) caTTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCta > 1:15547/1‑76 (MQ=255) aTTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCtat > 2:236031/1‑76 (MQ=255) ttGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCtata > 1:1408340/1‑76 (MQ=255) tGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTatat < 2:1034718/76‑1 (MQ=255) aGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCa < 2:1362935/76‑1 (MQ=255) aGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCa > 1:3609/1‑76 (MQ=255) ttAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTa < 2:1355540/76‑1 (MQ=255) tAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTaa < 2:1514397/76‑1 (MQ=255) atatTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAAt > 2:771482/1‑76 (MQ=255) atatTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAAt > 2:771500/1‑76 (MQ=255) atTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGa < 2:1470893/76‑1 (MQ=255) atTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGa > 1:441417/1‑76 (MQ=255) atTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGa > 1:574356/1‑76 (MQ=255) aaTTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTa < 1:477474/76‑1 (MQ=255) | ACAACAATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTA > REL606/2038215‑2038361 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |