| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 3022392 = | 55 (1.080) | 5 (0.110) | 4/136 | 5.5 | 8.5% | coding (293/1140 nt) | ECB_02821 | hypothetical protein |
| ? | REL606 | 3022865 = | 58 (1.260) | intergenic (‑181/+393) | ECB_02821/ECB_02822 | hypothetical protein/bifunctional Ribulose 5‑phosphate reductase/CDP‑ribitol pyrophosphorylase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTTTAACAATTATAAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATGGAAAACCTAAATGAAATATAC > REL606/3022790‑3022940 | cTTTAACAATTATAAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTAtt > 2:640505/1‑76 (MQ=255) ttAACAATTATAAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCt > 1:127229/1‑76 (MQ=255) ttAACAATTATAAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCt < 1:1589162/76‑1 (MQ=255) tAACAATTATAAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCtt > 1:1217991/1‑76 (MQ=255) aaCAATTATAAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTta < 1:1422605/76‑1 (MQ=255) aCAATTATAAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTACTCTtaa < 1:1385051/76‑1 (MQ=255) cAATTATAAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTtaat > 2:1511025/1‑76 (MQ=255) ttATAAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATaaa < 2:1527200/76‑1 (MQ=255) ttATAAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATaaa > 1:52281/1‑76 (MQ=255) ttATAAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATaaa > 1:52265/1‑76 (MQ=255) ntataAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATaaa > 1:970551/2‑76 (MQ=255) tataAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATaaaa < 1:920903/76‑1 (MQ=255) tataAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATaaaa < 1:920898/76‑1 (MQ=255) tataAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATaaaa > 2:842987/1‑76 (MQ=255) ataAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATaaaaa < 2:1269855/76‑1 (MQ=255) aaaaCACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATg < 1:1041026/76‑1 (MQ=255) aaCACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATgta < 2:1180479/76‑1 (MQ=255) cacaAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATgtagt < 1:818106/76‑1 (MQ=255) cacaAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATgtagt > 2:1592639/1‑76 (MQ=255) caAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTaa < 1:1347163/76‑1 (MQ=255) aaaCCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTaaa < 1:1354374/76‑1 (MQ=255) aCCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAAt < 1:264359/76‑1 (MQ=255) aCCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAAt < 1:264367/76‑1 (MQ=255) cAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCATTGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCt < 2:941376/76‑1 (MQ=255) cAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCt > 2:1594719/1‑76 (MQ=255) cAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCt > 2:674909/1‑76 (MQ=255) cAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCt < 1:1186608/76‑1 (MQ=255) cAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCt > 2:674906/1‑76 (MQ=255) cAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCt > 1:637021/1‑76 (MQ=255) aTAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTg > 1:1321314/1‑76 (MQ=255) aTAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTg < 1:668717/76‑1 (MQ=255) tAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGt > 2:1205934/1‑76 (MQ=255) aaCTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTa > 2:1487595/1‑76 (MQ=255) aCTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTaa > 2:929667/1‑76 (MQ=255) aTTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTaaaca > 2:170668/1‑74 (MQ=255) aTTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTaaaaa > 1:489417/1‑76 (MQ=255) aTTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTaaaaa > 2:170694/1‑76 (MQ=255) aTTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTaaaaa > 1:20578/1‑76 (MQ=255) ttGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTaaaaaa < 1:300523/76‑1 (MQ=255) ggTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAaaata < 2:1146743/76‑1 (MQ=255) cAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAAtt < 1:1315603/76‑1 (MQ=255) ttATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTtata < 2:1110297/76‑1 (MQ=255) tATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATaa > 1:1259076/1‑76 (MQ=255) aTCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAAt > 1:540234/1‑76 (MQ=255) aTCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAAt < 1:370060/76‑1 (MQ=255) aTCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAAt < 2:86855/76‑1 (MQ=255) gAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCttt > 2:1415661/1‑76 (MQ=255) aGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAACTAACTTTATAATGCTTTa > 1:1394168/1‑76 (MQ=255) aGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTa > 1:1394146/1‑76 (MQ=255) aGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTa < 1:1416266/76‑1 (MQ=255) cAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATg < 1:1094112/76‑1 (MQ=255) aaTGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAGAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATgg < 2:1457397/76‑1 (MQ=255) aaTGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATgg > 1:261064/1‑76 (MQ=255) aTGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATGGa > 1:445738/1‑76 (MQ=255) aTTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATGGAAAAcc > 2:964257/1‑76 (MQ=255) tttAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATGGAAAACCt < 2:373908/76‑1 (MQ=255) tAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATGGAAAACCTaa > 2:1178864/1‑76 (MQ=255) aaTCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATGGAAAACCTAAATg < 1:254745/76‑1 (MQ=255) aTCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATGGAAAACCTAAATGa < 2:1417575/76‑1 (MQ=255) aTCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATGGAAAACCTAAATGa < 1:976537/76‑1 (MQ=255) tCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATGGAAAACCTAAATGaa > 1:1600164/1‑76 (MQ=255) cTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATGGAAAACCTAAATGaaa < 1:1592639/76‑1 (MQ=255) cTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATGGAAAACCTAAATGaaa < 1:135730/76‑1 (MQ=255) ttATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATGGAAAACCTAAATGAAat < 2:369494/76‑1 (MQ=255) ttCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATGGAAAACCTAAATGAAAtata < 2:1058429/76‑1 (MQ=255) tCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATGGAAAACCTAAATGAAATATAc < 2:297405/76‑1 (MQ=255) | CTTTAACAATTATAAAAACACAAACCAATAACTATTGGTGCAATTTATCTGGAGCAATGCTATTTAAAATCTTATTCTTAATAAAAAATGTAGTAAAATCTTGTAAAAAATAAATTTATAATGCTTTATGGAAAACCTAAATGAAATATAC > REL606/3022790‑3022940 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |