New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2042218 = | 56 (1.210) | 6 (0.150) | 6/134 | 3.8 | 10.5% | coding (603/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) |
? | REL606 | 2042455 = | 52 (1.260) | coding (366/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CTTTTAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATAAGAAGATAA > REL606/2042381‑2042529 | cTTTTAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTGTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATaa < 1:1265284/76‑1 (MQ=255) cTTTTAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATaa < 2:1132340/76‑1 (MQ=255) ttttAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAAc < 1:327643/76‑1 (MQ=255) ttttAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAAc > 2:441305/1‑76 (MQ=255) tttAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACt < 1:1301726/76‑1 (MQ=255) tttAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACt < 1:1240951/76‑1 (MQ=255) ttAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACta < 2:927346/76‑2 (MQ=255) ttAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTg < 1:1466540/76‑1 (MQ=255) tAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGt < 1:1177762/76‑1 (MQ=255) gCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTa > 1:726497/1‑76 (MQ=255) cTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTaa > 2:307402/1‑76 (MQ=255) ttGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAAt < 1:1297020/76‑1 (MQ=255) ttGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAAt < 1:1452488/76‑1 (MQ=255) tGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATg > 1:619594/1‑76 (MQ=255) aTCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTa < 2:1067769/76‑1 (MQ=255) tCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTaa < 1:1215187/76‑1 (MQ=255) cTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTaaa < 2:733098/76‑1 (MQ=255) tAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAat > 1:435586/1‑76 (MQ=255) aaTTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATc < 2:1351117/76‑1 (MQ=255) aTTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCa > 1:883876/1‑76 (MQ=255) aTTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCa > 1:1009868/1‑76 (MQ=255) ttCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCaa < 1:690089/76‑1 (MQ=255) tCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAg > 1:1153160/1‑76 (MQ=255) cGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTaa < 1:31887/76‑1 (MQ=255) cGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTaa < 1:5929/76‑1 (MQ=255) gTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTaaa < 1:461392/76‑1 (MQ=255) tCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAg > 1:937231/1‑76 (MQ=255) cTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGa < 1:1227417/76‑1 (MQ=255) cTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGa < 1:131860/76‑1 (MQ=255) cAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCACGTAAAGATTc > 1:630503/1‑76 (MQ=255) cAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTc > 1:194984/1‑76 (MQ=255) gAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCcagc < 1:1120031/76‑1 (MQ=255) gTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCcagcag < 1:307402/76‑1 (MQ=255) tGAATTTTGGCGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCagag > 2:1302785/1‑76 (MQ=255) aaTTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGt < 2:211763/76‑1 (MQ=255) aTTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTa < 2:46020/76‑1 (MQ=255) tttGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTAtt > 2:657474/1‑76 (MQ=255) ttGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTAttt > 1:105987/1‑76 (MQ=255) ttGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTAttt < 2:1169709/76‑1 (MQ=255) ggggATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGa < 1:604048/76‑1 (MQ=255) ggATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATa < 2:636779/76‑1 (MQ=255) ggATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATa < 2:1153160/76‑1 (MQ=255) gATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAg < 1:323529/76‑1 (MQ=255) aTTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGa < 2:1189909/76‑1 (MQ=255) ttAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGaa < 1:1371955/76‑1 (MQ=255) aaaGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATa < 1:274199/76‑1 (MQ=255) aaGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTNTTTGATAGAATaa < 1:1005563/76‑1 (MQ=255) tAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCa < 1:361617/76‑1 (MQ=255) aGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCaa < 1:1118405/76‑1 (MQ=255) gACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAACGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAat < 2:1322788/76‑1 (MQ=255) cATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAAtata > 1:1236393/1‑76 (MQ=255) aTTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATaa < 1:527467/76‑1 (MQ=255) ttGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATaaga < 1:1211791/76‑1 (MQ=255) cTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATAagaaga < 2:560562/76‑1 (MQ=255) cTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTAGATAGAATAAAGCAATATAagaaga > 2:462527/1‑76 (MQ=255) tataACTATTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATAAGAAGAt > 1:956693/1‑76 (MQ=255) taACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATAAGAAGATaa < 1:1228424/76‑1 (MQ=255) | CTTTTAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATAAGAAGATAA > REL606/2042381‑2042529 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |