| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 422,600 | (G)7→8 | intergenic (‑287/+175) | cyoA ← / ← ampG | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II/muropeptide transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 422,593 | 1 | . | G | 91.7% | 185.9 / 10.9 | 48 | intergenic (‑280/+182) | cyoA/ampG | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II/muropeptide transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/3); new base G (25/19); total (26/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.36e-01 | |||||||||||
GACGGGCAATTGGTATAACCAATCTGGAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGT‑GGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTCATAAATTGCGTCAATAATTTCC > REL606/422518‑422668 | gACGGGCAATTGGTATAACCAATCTGGAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATtgggt < 1:1749215/76‑1 (MQ=255) aCGGGCAATTGGTATAACCACTCTGGAATAAATCAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATtgggt‑g < 2:290797/76‑1 (MQ=255) aCGGGCAATTGGTATAACCAATCTGGAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATtgggt‑g < 2:188914/76‑1 (MQ=255) ggCAATTGGTATAACCAATCTGGAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGT‑gggg < 2:1609427/76‑1 (MQ=255) aaatGGTAAAAACCAACTTGAAAAAAACAAATGTTTAAAAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGT‑ggggggg < 2:1504584/73‑1 (MQ=255) aaTTGGTATAACCAATCTGGAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGT‑ggggggg < 1:54736/76‑1 (MQ=255) tGGTATAACCAATCTGGAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGT‑GGGGGGGgaa < 1:556677/76‑1 (MQ=255) gTATAACCAATCTGGAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGT‑GGGGGGGgaaaa < 2:1616286/76‑2 (MQ=255) aaCCAATCTGGAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATaaa > 2:451843/1‑76 (MQ=255) aaCCAATCTGGAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATaaa > 1:114179/1‑76 (MQ=255) ccAATCTGGAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGa < 2:1375957/76‑1 (MQ=255) ccAATCTGGAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGa > 1:762335/1‑76 (MQ=255) aTCTGGAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTc > 1:1392863/1‑76 (MQ=255) tCTGGAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCa < 1:911008/76‑1 (MQ=255) cTGGAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCAt > 1:514123/1‑76 (MQ=255) ggAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTa > 2:1611506/1‑76 (MQ=255) ggAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTa < 2:1092309/76‑1 (MQ=255) gAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAg < 2:660497/76‑1 (MQ=255) tAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTg < 1:350321/76‑1 (MQ=255) tAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTg > 2:1739132/1‑76 (MQ=255) aaaaCAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGa > 1:1085844/1‑76 (MQ=255) aaTGGTTAAACAATTATTTAT‑ATTAATGTGACTAGTTGGGT‑‑GGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCgtgt < 1:626931/76‑1 (MQ=255) aTTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCgtg < 1:578945/76‑1 (MQ=255) ttGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCgtgt > 1:536389/1‑76 (MQ=255) ttGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCgtgt < 2:770205/76‑1 (MQ=255) tGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTa < 1:1167549/76‑1 (MQ=255) tGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTa > 2:1062490/1‑76 (MQ=255) gTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTaa > 1:406950/1‑76 (MQ=255) gTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTaa > 1:341938/1‑76 (MQ=255) gTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTaa < 2:1458183/76‑1 (MQ=255) tttAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAg > 1:1380766/1‑76 (MQ=255) tttAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAg < 1:1787292/76‑1 (MQ=255) ttAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGa < 1:569549/76‑1 (MQ=255) ttAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGa > 1:1683809/1‑76 (MQ=255) ttAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGa > 2:147071/1‑76 (MQ=255) tAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGGAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGaa > 1:343154/1‑76 (MQ=255) tAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGaa > 1:252950/1‑76 (MQ=255) aataatTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAAt < 1:1731240/76‑1 (MQ=255) taatTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAg > 1:1719405/1‑76 (MQ=255) atTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGaa > 1:682789/1‑76 (MQ=255) ttATCATTATGGTAAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGACAAAATAGAAt > 1:1204803/1‑76 (MQ=255) tATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAAtt > 1:1030004/1‑76 (MQ=255) tATCATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAAtt > 1:125127/1‑76 (MQ=255) tATCATTATGGTGAC‑AATTGGGT‑GGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTc < 2:939912/76‑1 (MQ=255) cATTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTCAt < 2:999057/76‑1 (MQ=255) aTTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCGTTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTCaaa < 2:1627092/76‑3 (MQ=255) aTTATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTCATa < 2:564519/76‑1 (MQ=255) aTTATGGTGAC‑AATTGGGT‑GGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTCATaa > 1:1577138/1‑76 (MQ=255) tATGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTCATaaa > 2:1025060/1‑76 (MQ=255) aTGGTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGCATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTCATAAAt > 2:977434/1‑76 (MQ=255) ggTGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTCATAAATTg < 2:255767/76‑1 (MQ=255) tGAC‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTCATAAATTGCg > 1:671386/1‑76 (MQ=255) c‑AATTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTCATAAATTGCGTCa < 1:1615956/76‑1 (MQ=255) aTTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTCATAAATTGCGTCaat < 1:1802286/76‑1 (MQ=255) aTTGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTCATAAATTGCGTCaat < 1:1185431/76‑1 (MQ=255) ttGGGTGGGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTCATAAATTGCGTCaata < 1:1724880/76‑1 (MQ=255) tgggtgggGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTCATAAATTGCGTCaataa > 1:140789/1‑76 (MQ=255) ggt‑gggGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTCATAAATTGCGTCAATAAttt < 2:1631451/76‑1 (MQ=255) t‑gggAGGGAAAATACAGAATCATAAGATGAATAGTGTAAGAAAAAATAGAATTTATAAATTGCGTCAATACTTTcc > 2:1361675/1‑76 (MQ=255) | GACGGGCAATTGGTATAACCAATCTGGAATAAAACAATTGTTTAACAAATAATTATCATTATGGTGAC‑AATTGGGT‑GGGGGGGAAAATAAAGACTCATTAGCTGAATCGTGTAAGAAAAAATAGAATTCATAAATTGCGTCAATAATTTCC > REL606/422518‑422668 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |