| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 398,585 | C→A | R220S (CGT→AGT) | secF → | protein export protein SecF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 398,585 | 0 | C | A | 95.2% | 143.9 / 0.5 | 42 | R220S (CGT→AGT) | secF | protein export protein SecF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base A (25/15); total (25/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
TGACCTGACCATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGA > REL606/398512‑398657 | tgacctgaccATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGt > 1:469891/1‑76 (MQ=255)tgacctgaccATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGt < 1:1491542/76‑1 (MQ=255) gacctgaccATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTa < 1:560915/76‑1 (MQ=255) gacctgaccATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTa < 1:396199/76‑1 (MQ=255) ctgaccATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTc < 1:339832/76‑1 (MQ=255) gaccATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGt > 2:1382289/1‑76 (MQ=255) cATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGaa > 2:379344/1‑76 (MQ=255) aTTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGaaa > 1:1795030/1‑76 (MQ=255) aTTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGaaa > 1:85787/1‑76 (MQ=255) gtgGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACt < 1:1440411/76‑1 (MQ=255) tgGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACtt < 1:301598/76‑1 (MQ=255) ggCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGGAAACTTc < 1:1170573/76‑1 (MQ=255) aTCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGc > 1:593572/1‑76 (MQ=255) aTCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGc > 1:817695/1‑76 (MQ=255) tCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCa > 1:232884/1‑76 (MQ=255) tCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGGGAAAACTTCCGCa > 1:1729465/1‑76 (MQ=255) cGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCaa > 1:1769155/1‑76 (MQ=255) cggttatcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTcg < 2:346639/76‑1 (MQ=255) gttatcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTcgcg > 2:465020/1‑76 (MQ=255) ttatcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCgg < 1:1118842/76‑1 (MQ=255) tatcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGt > 2:1494905/1‑76 (MQ=255) tatcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGt < 2:1471884/76‑1 (MQ=255) atcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTa > 2:849214/1‑76 (MQ=255) tcggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTAc > 2:1375920/1‑76 (MQ=255) cggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACg > 1:359515/1‑76 (MQ=255) cggttaCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACg > 1:99064/1‑76 (MQ=255) ttcTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCtt < 2:1409657/74‑1 (MQ=255) taCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCtt > 2:1366427/1‑76 (MQ=255) taCTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCtt < 1:269499/76‑1 (MQ=255) tCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACg < 1:1049956/76‑1 (MQ=255) cGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGa < 1:761724/76‑1 (MQ=255) gCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGaa > 1:1549582/1‑76 (MQ=255) cAGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAAc > 1:625600/1‑76 (MQ=255) aGTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACg < 1:1200605/76‑1 (MQ=255) gTATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACgt < 1:1652536/76‑1 (MQ=255) tATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACgtg > 2:1423686/1‑76 (MQ=255) tATCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACgtg < 2:568176/76‑1 (MQ=255) aTCGTGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACgtgt > 1:1043234/1‑76 (MQ=255) tgctATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGCAATCTTTAACGTGTCCtt > 2:123845/4‑76 (MQ=255) tGGTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCtt < 2:1386459/76‑1 (MQ=255) gTATCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGa > 2:947730/1‑76 (MQ=255) aTCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGAcc > 2:1484921/1‑76 (MQ=255) aTCGGACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGAcc > 2:1533952/1‑76 (MQ=255) gACAGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGa > 1:54195/1‑76 (MQ=255) | TGACCTGACCATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGA > REL606/398512‑398657 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |