| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 3,928,436 | G→A | A74T (GCC→ACC) | rho → | transcription termination factor Rho |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 3,928,436 | 0 | G | A | 98.3% | 223.8 / NA | 58 | A74T (GCC→ACC) | rho | transcription termination factor Rho |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (29/28); total (29/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCA > REL606/3928363‑3928505 | cTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCAcc > 2:929945/1‑76 (MQ=255) ttGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCgg > 1:1100384/1‑76 (MQ=255) ggTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTc < 1:265196/76‑1 (MQ=255) ggTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTc > 2:1163006/1‑76 (MQ=255) gTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTGCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTcc < 2:1654343/76‑1 (MQ=255) gTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTcc > 2:207344/1‑76 (MQ=255) tGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCt > 2:671125/1‑76 (MQ=255) tGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCt < 2:882500/76‑1 (MQ=255) gATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCtg < 1:563471/76‑1 (MQ=255) tGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCtgat < 2:1296908/76‑1 (MQ=255) ggCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCtgatg < 1:458180/76‑1 (MQ=255) ggCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCtgatg < 1:481193/76‑1 (MQ=255) gCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCtgatga < 1:1153445/76‑1 (MQ=255) tACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACAt > 1:1417735/1‑76 (MQ=255) cTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCt > 2:640805/1‑76 (MQ=255) tGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTa < 2:1479316/76‑1 (MQ=255) ggAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTAc > 1:247526/1‑76 (MQ=255) gagaTATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACg > 1:1658689/1‑76 (MQ=255) atatTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGttt > 2:1114778/1‑76 (MQ=255) ttGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTccc < 1:118781/76‑1 (MQ=255) gCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCtt < 2:402206/76‑1 (MQ=255) cAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTa > 2:1667127/1‑76 (MQ=255) aGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAg < 2:1105400/76‑1 (MQ=255) ggatggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGc < 1:337649/76‑1 (MQ=255) atggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTATCCa > 1:1396857/1‑76 (MQ=255) atggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCa < 1:1109890/76‑1 (MQ=255) tggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCaa > 1:703744/1‑76 (MQ=255) tggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCaa < 1:897803/76‑1 (MQ=255) tggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCaa > 1:1494229/1‑76 (MQ=255) ggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCaaa < 1:671263/76‑1 (MQ=255) gatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAAt > 2:1735352/1‑76 (MQ=255) atTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATc < 1:851159/76‑1 (MQ=255) atTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATc > 1:1329881/1‑76 (MQ=255) ttGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATccg > 1:511733/1‑76 (MQ=255) ttGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATccg < 2:1747538/76‑1 (MQ=255) tGGTGTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATccgc < 2:1813146/76‑1 (MQ=255) ggTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATccgcc > 1:1636853/1‑76 (MQ=255) ggTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATccgcc > 1:155265/1‑76 (MQ=255) tttCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGt > 1:690342/1‑76 (MQ=255) ctccGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCa < 2:184904/76‑1 (MQ=255) ccGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAAc > 2:1149576/1‑76 (MQ=255) ccGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAAc > 2:1582125/1‑76 (MQ=255) cGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAAcc > 1:1790717/1‑76 (MQ=255) gTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCt > 1:958304/1‑76 (MQ=255) gTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCt < 1:1755720/76‑1 (MQ=255) gTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCt > 1:1736064/1‑76 (MQ=255) ttCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTc > 2:1548782/1‑76 (MQ=255) ttCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTc > 2:994009/1‑76 (MQ=255) tCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTcc > 2:1151924/1‑76 (MQ=255) cGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGc < 2:1028647/76‑1 (MQ=255) cGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGc < 1:423226/76‑1 (MQ=255) cGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGc > 2:736243/1‑76 (MQ=255) cTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGAt < 2:259291/76‑1 (MQ=255) tCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATa < 2:1100384/76‑1 (MQ=255) tCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATa < 2:789009/76‑1 (MQ=255) ccTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATAc < 1:526068/76‑1 (MQ=255) cTACCTCTCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTGCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATAcc < 2:372886/76‑1 (MQ=255) cTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATAcc < 2:1728331/76‑1 (MQ=255) tACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCa < 1:1295493/76‑1 (MQ=255) | CTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCA > REL606/3928363‑3928505 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |