| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 716,026 | T→C | intergenic (+63/‑133) | ybfC → / → ECB_00662 | hypothetical protein/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 716,026 | 0 | T | C | 91.7% | 264.3 / 8.1 | 72 | intergenic (+63/‑133) | ybfC/ECB_00662 | hypothetical protein/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/1); new base C (31/35); total (36/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
AGAAAAATAAAACATCTTCCTGAGAAAATAAATTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGTACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGAATGTAATGTTTT > REL606/715954‑716097 | agaaAAATAAAACATCTTCCTGAGAAAATAAATTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGcaca > 2:313912/1‑76 (MQ=255)agaaAAATAAAACATCTTCCTGAGAAAATAAATTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGcaca > 2:1761392/1‑76 (MQ=255)agaaAAATAAAACATCTTCCTGAGAAAATAAATTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGcaca > 1:1465310/1‑76 (MQ=255) aaaaT‑AAACATCTTCCTGAGAAAATAAATTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAg < 2:1483895/76‑1 (MQ=255) aTAAAACATCTTCCTGAGAAAATAAATTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGaa < 1:1262391/76‑1 (MQ=255) cTTCCTGAGAAAATAAATTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGAttt > 2:955918/1‑76 (MQ=255) cTTCCTGAGAAAATAAATTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGAttt > 2:1050425/1‑76 (MQ=255) ccTGAGAAAATAAATTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGa < 2:660123/76‑1 (MQ=255) 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1:677689/76‑1 (MQ=255) aaataaatTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATgg > 2:960946/1‑76 (MQ=255) aaataaatTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATgg < 1:605000/76‑1 (MQ=255) ataaatTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGAt < 1:115222/76‑1 (MQ=255) aaatTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTc > 2:914389/1‑76 (MQ=255) aaatTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTc > 2:452979/1‑76 (MQ=255) aatTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGTACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTcc > 1:1762373/1‑76 (MQ=255) aatTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTca < 2:69897/76‑2 (MQ=255) ttAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGa > 2:823005/1‑76 (MQ=255) tAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGTACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGAt > 1:654347/1‑76 (MQ=255) 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> 1:236052/1‑76 (MQ=255) aTTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTaa < 1:368228/76‑1 (MQ=255) aTTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTCGGAAAAATGGATTCCGATGGTaa < 1:379247/76‑1 (MQ=255) tCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGa > 1:1391710/1‑76 (MQ=255) tCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGa < 1:1034584/76‑1 (MQ=255) tCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGa < 1:815012/76‑1 (MQ=255) tCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGa < 2:1048903/76‑1 (MQ=255) cGGGAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGaa > 1:278468/1‑76 (MQ=255) cGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGTACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGaa > 1:1804969/1‑76 (MQ=255) cGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGaa > 1:278462/1‑76 (MQ=255) 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> 1:891118/1‑76 (MQ=255) ttCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTc > 1:1272398/1‑76 (MQ=255) tCTTAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCt > 1:296275/1‑76 (MQ=255) ttAATGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGa > 2:197653/1‑76 (MQ=255) tAATGGATATCCANGTACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGaa > 1:1225200/1‑76 (MQ=255) tAATGGATATCCAGTCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGaa < 2:1719397/76‑1 (MQ=255) aTGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGaatg < 2:1483706/76‑1 (MQ=255) tagATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGaatgt < 1:863953/74‑1 (MQ=255) tGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGaatgt < 1:863929/76‑1 (MQ=255) tGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGaatgt > 2:730713/1‑76 (MQ=255) tGGATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGaatgt < 2:1513914/76‑1 (MQ=255) ggATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGaatgta > 2:26314/1‑76 (MQ=255) ggATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGaatgta < 1:1684058/76‑1 (MQ=255) ggATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATCCTGaatgta < 2:1048056/76‑1 (MQ=255) gATATCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGaatgtaa < 2:512830/76‑1 (MQ=255) atatCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGaatgtaat > 2:7601/1‑76 (MQ=255) tatCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGaatgtaatg < 2:654166/76‑1 (MQ=255) tatCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGaatgtaatg < 2:1541088/76‑1 (MQ=255) atCCAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGaatgtaatgt > 2:1321341/1‑76 (MQ=255) cAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGAATGTAATGtttt > 1:813093/1‑76 (MQ=255) cAGGCACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGAATGTAATGtttt > 1:497533/1‑76 (MQ=255) | AGAAAAATAAAACATCTTCCTGAGAAAATAAATTAACCATTCGGAAAAACATGTTCTTAATGGATATCCAGGTACACCAGAAGGTCGATTTGGAAAAATGGATTCCGATGGTAAGAATATCATATATTCTGAATGTAATGTTTT > REL606/715954‑716097 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |