New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 541861 | 99 (1.580) | 4 (0.070) | 3/134 | 6.6 | 4.5% | coding (1070/1527 nt) | ybcK | predicted recombinase |
? | REL606 | = 542081 | 81 (1.450) | coding (1290/1527 nt) | ybcK | predicted recombinase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTAT > REL606/541786‑541936 | cGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAAtt < 1:56616/76‑1 (MQ=255) gATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTg < 1:1891280/76‑1 (MQ=255) aTGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGc > 2:893001/1‑76 (MQ=255) tGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCt < 2:1713537/76‑1 (MQ=255) gagaAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCtt < 1:884762/76‑1 (MQ=255) gaagaTTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAAGTGCtttt < 1:1278801/76‑1 (MQ=255) aagaTTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCttttt > 1:1914712/1‑76 (MQ=255) aagaTTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCttttt < 2:492011/76‑1 (MQ=255) aagaTTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCttttt < 1:1925270/76‑1 (MQ=255) aTTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAAt > 1:250845/1‑76 (MQ=255) ttACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAAtt > 2:1268452/1‑76 (MQ=255) tACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTg < 2:991372/76‑1 (MQ=255) tACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTg < 2:1111148/76‑1 (MQ=255) aCATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGt < 2:1400094/76‑1 (MQ=255) cATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTa > 1:877889/1‑76 (MQ=255) aTCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAg < 2:1034337/76‑1 (MQ=255) aTCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAg < 2:945229/76‑1 (MQ=255) cGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCa > 1:869698/1‑76 (MQ=255) cGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCa > 1:869688/1‑76 (MQ=255) tgtgACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCaaaa < 1:935287/76‑1 (MQ=255) tgtgACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCaaaa > 1:1120608/1‑76 (MQ=255) gtgACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAAt > 2:672321/1‑76 (MQ=255) gtgACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAAt > 2:373346/1‑76 (MQ=255) gtgACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAAt < 2:1487585/76‑1 (MQ=255) aCAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCa > 1:1763408/1‑76 (MQ=255) aTCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGtt > 1:1587625/1‑76 (MQ=255) aTCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCAGTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGtt > 2:1806131/1‑76 (MQ=255) naaTAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGa > 1:1992126/2‑76 (MQ=255) cAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGa > 2:836863/1‑76 (MQ=255) aTAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGaaa > 1:1987720/1‑76 (MQ=255) tAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGaaaa < 2:77284/76‑1 (MQ=255) tAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGaaaa < 2:492514/76‑1 (MQ=255) aaaaaGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAAc > 1:154582/1‑76 (MQ=255) aaaaaGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAAc < 1:643713/76‑1 (MQ=255) aaaaaGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAAc > 2:1828822/1‑76 (MQ=255) aaaaaGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAAc > 1:1190426/1‑76 (MQ=255) aaaaGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACa < 2:735224/76‑1 (MQ=255) aaaGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACaa > 1:1631987/1‑76 (MQ=255) aaaGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACaa > 1:12474/1‑76 (MQ=255) aaaGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACaa < 1:1465364/76‑1 (MQ=255) agagATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACaaga < 1:1987553/76‑1 (MQ=255) gagaTTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACaagaa < 1:437481/76‑1 (MQ=255) gagaTTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACaagaa < 1:1914152/76‑1 (MQ=255) agaTTTGGCTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACaagaaa > 1:101462/1‑76 (MQ=255) gaTTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACaagacag > 2:1541023/1‑76 (MQ=255) gaTTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACaagaaag < 1:1989770/76‑1 (MQ=255) gaTTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACaagaaag > 2:863189/1‑76 (MQ=255) aTTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACaagaaaga > 2:956155/1‑76 (MQ=255) aTTTGGTTGATTANAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACaagaaaga > 1:1347615/1‑76 (MQ=255) tttGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGAt > 1:1453875/1‑76 (MQ=255) tttGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGAt > 1:826300/1‑76 (MQ=255) tttGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGAt > 2:431505/1‑76 (MQ=255) tGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGc > 2:833324/1‑76 (MQ=255) gTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTa < 1:148859/76‑1 (MQ=255) gTTGAATATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTa < 2:787871/76‑1 (MQ=255) ttGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTaa < 1:1998416/76‑1 (MQ=255) tGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAAt < 2:1149608/76‑1 (MQ=255) tGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAAt > 2:41412/1‑76 (MQ=255) tGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAAt > 1:554850/1‑76 (MQ=255) gATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATg < 2:1677440/76‑1 (MQ=255) aTTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGa > 2:1804214/1‑76 (MQ=255) ttATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGaa < 2:807644/76‑1 (MQ=255) ttATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGaa > 1:121776/1‑76 (MQ=255) ttATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGaa < 1:1397982/76‑1 (MQ=255) ttATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGaa < 1:672321/76‑1 (MQ=255) tataATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGaaa < 1:1572981/76‑1 (MQ=255) tataATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGaaa > 2:642659/1‑76 (MQ=255) tataATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGaaa > 2:642653/1‑76 (MQ=255) tataATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGaaa < 2:93689/76‑1 (MQ=255) tataATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGaaa < 2:134785/76‑1 (MQ=255) tataATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGaaa < 1:1416769/76‑1 (MQ=255) ataataTCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAAc > 1:438455/1‑76 (MQ=255) aataTCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACtt > 2:1089199/1‑76 (MQ=255) atatCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACttt < 2:1823807/76‑1 (MQ=255) atatCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACttt > 2:454911/1‑76 (MQ=255) atatCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACttt > 1:115473/1‑76 (MQ=255) atatCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACttt < 2:1214455/76‑1 (MQ=255) atatCATTAATCAATTGCTTTTTAATTGCAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACttt > 1:997564/1‑76 (MQ=255) tatCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTa > 1:1589006/1‑76 (MQ=255) tatCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTa > 1:252554/1‑76 (MQ=255) atCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACttt < 2:904216/74‑1 (MQ=255) atCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACttt > 1:904216/1‑74 (MQ=255) atCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTag > 2:1943186/1‑76 (MQ=255) atCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTag < 1:449548/76‑1 (MQ=255) atCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTag < 1:1384305/76‑1 (MQ=255) cATTACTGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTagag < 2:1970947/76‑1 (MQ=255) cATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTagag > 2:163762/1‑76 (MQ=255) aTTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGt > 2:508808/1‑76 (MQ=255) ttAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGtt > 2:660236/1‑76 (MQ=255) ttAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGtt > 2:956163/1‑76 (MQ=255) tAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTa < 1:1992431/76‑1 (MQ=255) tAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTa < 2:2684/76‑1 (MQ=255) aaTGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTaa < 2:1440651/76‑1 (MQ=255) aaTGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTaa < 2:1153298/76‑1 (MQ=255) aTGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTaaa < 2:1652050/76‑1 (MQ=255) tGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTaaaa < 2:1145962/76‑1 (MQ=255) gAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTaaaaa < 2:945556/76‑1 (MQ=255) tGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAattat > 1:331731/1‑76 (MQ=255) tGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAattat > 1:1943050/1‑76 (MQ=255) tGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAattat < 2:1606288/76‑1 (MQ=255) | CGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTAT > REL606/541786‑541936 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |