| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,164,484 | T→A | I1210N (ATC→AAC) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,164,484 | 0 | T | A | 91.7% | 122.1 / 2.0 | 36 | I1210N (ATC→AAC) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base A (21/12); total (23/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
TGTTCGACGGTGCGAAAGAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGATCCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAA > REL606/4164412‑4164556 | tgtTCGACGGTGCGAAAGAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCg < 2:1438871/76‑1 (MQ=255) gtTCGACGGTGCGAAAGAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGCCAGAACCGc > 1:407281/1‑76 (MQ=255) ttCGACGGTGCGAAAGAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGcc > 2:1659380/1‑76 (MQ=255) tCGACGGTGCTAAATAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGGCCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCt < 2:1728278/76‑1 (MQ=255) tCGACGGTGCGAAAGAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCt > 1:1344218/1‑76 (MQ=255) gAAAGAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGATCCGCCTGTACGATGGt > 2:1095779/1‑76 (MQ=255) gAAAGAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGt > 2:1120596/1‑76 (MQ=255) aagaagCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGCCCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCg < 1:473967/76‑1 (MQ=255) aaaTAAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGCCCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGa < 1:898913/76‑1 (MQ=255) aTTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAAc < 1:1356417/76‑1 (MQ=255) ttAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACa > 2:166743/1‑76 (MQ=255) ttAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACa > 2:1532868/1‑76 (MQ=255) ttAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACa > 2:238375/1‑76 (MQ=255) ttAAAGAGCTGCTAAAACTTGGCGCCCTGCCGCCTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACa < 1:94921/76‑1 (MQ=255) tAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAg < 2:996103/76‑1 (MQ=255) aaaGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGt > 2:440454/1‑76 (MQ=255) gagCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGCCTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGATCAGTTCg < 1:1183086/76‑1 (MQ=255) ctgctgAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGc > 1:634011/1‑76 (MQ=255) ctgctgAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGc > 1:1342410/1‑76 (MQ=255) gAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCg > 1:1536368/1‑76 (MQ=255) ctaggCGCCCTGCCGCCTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTaa < 2:1078771/73‑1 (MQ=255) cTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTaa > 1:162917/1‑76 (MQ=255) ttGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAAc > 1:1765834/1‑76 (MQ=255) tgggCGCCCGGCCGCCTCCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAAc < 2:1098648/74‑1 (MQ=255) tGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAAcc > 2:1648776/1‑76 (MQ=255) ggCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCg > 2:1570703/1‑76 (MQ=255) cGACCTGCCGACTTCCGGTCAGATCCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGtt > 2:1536896/1‑76 (MQ=255) cccTGCCGACTTCCGGTAAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTgg < 2:1156427/75‑1 (MQ=255) aCCTGCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCCGCACGATGGCCGCACTGGTGAACAGATCGAGCGCCCGCTACCCATTgg > 2:1178586/1‑76 (MQ=255) tGCCGCCTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTta < 1:1648776/76‑1 (MQ=255) gCCGACTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTtac > 1:1721957/1‑76 (MQ=255) ccTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTtacatgt < 2:396314/75‑1 (MQ=255) aCTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTtacatgt > 2:1447831/1‑76 (MQ=255) aCTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTtacatgt > 2:1316165/1‑76 (MQ=255) cTTCCGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTtacatgta < 1:1289592/76‑1 (MQ=255) tCCGGTCAGATCCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTtacatgtaca < 2:1695446/76‑1 (MQ=255) ccGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTtacatgtacat > 1:887021/1‑76 (MQ=255) ccGGTAAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTtacatgtacat < 2:1594728/76‑1 (MQ=255) cGGTCAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTtacatgtacatg < 2:1342410/76‑1 (MQ=255) ggccAGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGc < 1:547054/73‑1 (MQ=255) aGAACCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGATCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGaa > 2:1643956/1‑76 (MQ=255) aGAACCGCCTGCATGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGaa > 2:1676338/1‑76 (MQ=255) | TGTTCGACGGTGCGAAAGAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGATCCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAA > REL606/4164412‑4164556 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |