| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 43 (0.910) | 35/144 | 0.3 | 97.5% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 1 (0.020) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 53 (1.120) | 40/144 | 0.2 | 98.0% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 1 (0.020) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACG > REL606/4524447‑4524597 | cATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGc < 1:1105159/76‑1 (MQ=255) aggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCg < 2:67396‑M2/3‑1 (MQ=255) ggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGc > 1:675305‑M2/73‑76 (MQ=255) aGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCaa > 1:1172350/1‑76 (MQ=255) aGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCaa > 1:1264868/1‑76 (MQ=255) ttCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcc < 1:1124603‑M2/76‑3 (MQ=255) tcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcc < 1:1090224‑M2/8‑1 (MQ=255) tcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcc < 1:713062‑M2/8‑1 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgagtcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcccc < 2:1248066‑M2/10‑1 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcccc < 1:93935‑M2/10‑1 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcccc < 1:1346369‑M2/10‑1 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcccc > 1:474372‑M2/67‑76 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcccc < 1:21052‑M2/10‑1 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcgtatgggCCGCAAcccc < 1:1545985‑M2/10‑1 (MQ=255) cAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCACTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCCAcccc > 1:628394/1‑76 (MQ=255) aGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccat > 2:324955‑M2/1‑71 (MQ=255) gAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccata < 1:606521‑M2/76‑7 (MQ=255) cttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCgg < 2:9687‑M2/12‑1 (MQ=255) aaaCAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataa < 1:966411‑M2/76‑8 (MQ=255) taacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt < 2:1530639‑M2/14‑1 (MQ=255) aacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtg > 1:728497‑M2/62‑76 (MQ=255) aacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtg > 2:524698‑M2/62‑76 (MQ=255) caacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccaataagcg < 2:440961‑M2/76‑11 (MQ=255) cgaggcgccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgct < 1:232581‑M2/17‑1 (MQ=255) acCCTGAATAACGGAACCAATCCCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgct > 1:992886‑M2/1‑64 (MQ=255) acCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgct > 1:1385411‑M2/1‑64 (MQ=255) aggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctgc > 2:467747‑M2/58‑76 (MQ=255) cTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaac < 1:1515573‑M2/76‑16 (MQ=255) cTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTCATTTTGCAACCGCGGCCGCAAcccttaagcgctaac < 2:1234092‑M2/76‑16 (MQ=255) tGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaact > 1:850372‑M2/1‑60 (MQ=255) caccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTaa < 2:191495‑M2/22‑1 (MQ=255) caccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTaa < 2:1226735‑M2/22‑1 (MQ=255) gAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactt < 1:1448791‑M2/76‑18 (MQ=255) gAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactc > 1:900141‑M2/1‑59 (MQ=255) accgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAt > 2:1156995‑M2/54‑76 (MQ=255) accgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAt > 2:694665‑M2/54‑76 (MQ=255) ccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATg > 2:404649‑M2/53‑76 (MQ=255) aaTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactta < 2:901415‑M2/76‑19 (MQ=255) tAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaag < 2:1290069‑M2/76‑21 (MQ=255) aggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCgg > 1:1330113‑M2/50‑76 (MQ=255) aggcgtcgcattcttcagatggtgcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCgg < 2:1138409‑M2/27‑1 (MQ=255) aaCGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagg > 1:1324321‑M2/1‑55 (MQ=255) ggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGa > 2:1238195‑M2/49‑76 (MQ=255) gcgtcgcagtctgcagatgggtcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 2:1141093‑M2/29‑1 (MQ=255) cGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttgagggt < 2:1580742‑M2/76‑24 (MQ=255) cgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGa < 1:973529‑M2/33‑1 (MQ=255) cgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGa > 1:1465272‑M2/44‑76 (MQ=255) aCCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtg < 1:548590‑M2/76‑28 (MQ=255) cAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggt > 1:1477345‑M2/1‑47 (MQ=255) aaTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggta > 2:728221‑M2/1‑46 (MQ=255) ttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt < 2:1307014‑M2/37‑1 (MQ=255) tACCATTCCGTGCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt > 1:989544‑M2/1‑44 (MQ=255) cttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCa < 1:1484971‑M2/39‑1 (MQ=255) aCCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatta > 2:1364523‑M2/1‑43 (MQ=255) aCCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatta > 2:548590‑M2/1‑43 (MQ=255) aCCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatta < 2:354290‑M2/76‑34 (MQ=255) ccATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattac > 1:96499‑M2/1‑42 (MQ=255) tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCTGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAg < 1:1212478‑M2/41‑1 (MQ=255) tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAg > 2:933656‑M2/36‑76 (MQ=255) cATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacn > 1:54827‑M2/1‑41 (MQ=255) cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAgg > 2:884356‑M2/35‑76 (MQ=255) ttCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcc < 2:713076‑M2/76‑38 (MQ=255) ttCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcc > 2:498506‑M2/1‑39 (MQ=255) tCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcct > 1:351224‑M2/1‑38 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctg < 1:392702‑M2/76‑40 (MQ=255) cGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctga < 1:501013‑M2/76‑41 (MQ=255) tcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCACCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTAt < 1:399110‑M2/50‑1 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatg > 1:941034‑M2/1‑32 (MQ=255) cgcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattta > 1:976414‑M2/1‑27 (MQ=255) ccttaagtttgcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATa > 2:255883‑M2/22‑76 (MQ=255) cttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATaa < 1:223027‑M2/56‑1 (MQ=255) cttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATaa > 2:1316185‑M2/21‑76 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCaa < 1:1016165‑M2/40‑1 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCaa > 2:1016165‑M2/20‑59 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAc > 1:1219321‑M2/20‑76 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAc > 1:704296‑M2/20‑76 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAc < 1:1205012‑M2/57‑1 (MQ=255) cgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAtccataagagctaacttaagggttgtggaatgatgcttgatatgatttaac < 2:11630‑M2/76‑52 (MQ=255) cgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaac < 1:1325045‑M2/76‑52 (MQ=255) cgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaac > 1:542728‑M2/1‑25 (MQ=255) cgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggctgtggtattacgcctgatatgatttacc < 2:11619‑M2/76‑52 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt < 2:826190‑M2/59‑1 (MQ=255) aTTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgctatgatttaacgtgc < 2:41022‑M2/76‑56 (MQ=255) tttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccg > 1:1588349‑M2/1‑19 (MQ=255) agcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCa < 1:1198953‑M2/64‑1 (MQ=255) agcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCa > 2:701828‑M2/13‑76 (MQ=255) tGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgat < 1:764512‑M2/76‑60 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc < 1:1513619‑M2/69‑1 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc < 2:1367031‑M2/69‑1 (MQ=255) tatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCa < 2:1400628‑M2/70‑1 (MQ=255) tatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCa > 1:1458267‑M2/7‑76 (MQ=255) tatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCa < 1:381814‑M2/70‑1 (MQ=255) tatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCa < 1:1440971‑M2/70‑1 (MQ=255) atgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAg > 2:1526470‑M2/6‑76 (MQ=255) tgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAgg > 1:637476‑M2/5‑76 (MQ=255) ggggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgctatgatttaacgtgccgatgaattac < 2:458729‑M2/76‑67 (MQ=255) ggggCCGCAAcacataagcgctaacttaagggttgcggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattac < 2:15758‑M2/76‑67 (MQ=255) ccGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctc > 2:1185797‑M2/1‑6 (MQ=255) ccGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACg > 1:536110/1‑76 (MQ=255) ccGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACg < 1:670067/76‑1 (MQ=255) | CATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACG > REL606/4524447‑4524597 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |