| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,346,530 | C→A | intergenic (+70/‑48) | hpf → / → ptsN | ribosome hibernation promoting factor HPF; stabilizes 100S dimers/sugar‑specific enzyme IIA component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,346,530 | 0 | C | A | 98.6% | 276.8 / ‑4.7 | 72 | intergenic (+70/‑48) | hpf/ptsN | ribosome hibernation promoting factor HPF; stabilizes 100S dimers/sugar‑specific enzyme IIA component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (33/38); total (33/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
TGTACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGCTCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCTGGAAA > NC_000913/3346381‑3346677 | tGTACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACC‑AACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATc < 2:350154/151‑1 (MQ=255) tACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATc < 1:710407/150‑1 (MQ=255) tACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATc < 1:1043621/150‑1 (MQ=255) tACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATc < 2:204844/150‑1 (MQ=255) tACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATc < 1:244925/150‑1 (MQ=255) tGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGcc < 1:374697/151‑1 (MQ=255) gCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGc > 1:671548/1‑149 (MQ=255) gCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGc > 2:239841/1‑149 (MQ=255) 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ttGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGt < 2:349830/151‑1 (MQ=255) gCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTc < 1:249315/150‑1 (MQ=255) ccAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAggg > 1:155423/1‑150 (MQ=255) ccAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAgg < 2:81244/150‑1 (MQ=255) ccAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAgg < 2:295490/150‑1 (MQ=255) 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acacTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAg > 1:1033174/1‑151 (MQ=255) cTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCGATTTGTTCGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACGGTTTGGGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGCTATAACTCTACAGCtt > 2:497297/1‑151 (MQ=255) cTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCtt > 2:256414/1‑151 (MQ=255) tGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACACCGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGCCAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAg < 1:564112/151‑1 (MQ=255) tGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAg < 1:827202/151‑1 (MQ=255) 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cAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTa > 2:740850/1‑151 (MQ=255) cAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTa > 1:1057089/1‑151 (MQ=255) aTTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTaa > 1:844878/1‑150 (MQ=255) aTTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTaa > 1:12944/1‑150 (MQ=255) aTTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTAAc < 2:736572/151‑1 (MQ=255) 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gtgCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTAACAGGGAATg > 2:311251/1‑151 (MQ=255) cATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTAACAGGGAATGTa < 2:1052008/150‑1 (MQ=255) cATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTAACAGGGAATGTa < 1:881196/150‑1 (MQ=255) gCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTAACAGGGAATGTACCCGa > 2:851208/1‑151 (MQ=255) cTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGATCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTAACAGGGAATg < 1:108733/139‑1 (MQ=255) 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TGTACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGCTCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCTGGAAA > NC_000913/3346381‑3346677 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |