| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 328,807 | 0 | A | T | 47.1% | 29.7 / 38.2 | 53 | D176E (GAT→GAA) | betI | choline‑inducible betIBA‑betT divergent operon transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/23); new base T (23/1); total (29/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCGAAGGTGCGACCGCTGGTGGCGGAGGTATAACCACCATGTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTATCCAGCGGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGC‑GCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGCCGTAGCCCGCTTCCTGTGCCTGTTCGCGCGGCAATTCGCGACGAAACTCGCTCACCAGATTCGACAGCAAGCGGCGGCTGCTGACC > NC_000913/328659‑328954 | ctcGAAGGTGCGACCGCTGGTGGCGGAGGTATAACCACCATGTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTATc < 2:345080/151‑1 (MQ=255)ctcGAAGGTGCGACCGCTGGTGGCGGAGGTATAACCACCATGTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTATc < 1:906170/151‑1 (MQ=255) tcGAAGGTGCGACCGCTGGTGGCGGAGGTATAACCACCATGTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTATcc < 1:422193/151‑1 (MQ=255) gTGCGACCGCTGGTGGCGGAGGTATAACCACCATGTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTATCCAGCgg < 1:205908/150‑1 (MQ=255) aCCGCTGGTGGCGGAGGTATAACCACCATGTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTATCCAGCGGTTTGc < 1:185511/150‑1 (MQ=255) gCGGAGGTATAACCACCATGTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTATCCAGCGGTTTGCCGCTCAGAGc < 2:577224/150‑1 (MQ=255) aGGTATAACCACCATGTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGAAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGG‑C‑AGGGGA‑‑GA‑‑AA‑C‑GCGGGGTTTTTTCCGCGGGTTTGCGCTcctcacgccc > 1:1036090/1‑141 (MQ=255) ggTATAACCACCATGTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑G‑AGGGGA‑‑GT‑‑AA‑G‑GCGGGGGTTTTTCTGCGCCTTGTCTCTCCGAGCcgcgc‑g > 2:291720/1‑151 (MQ=255) ggTATAACCACCATGTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGGA‑‑GT‑‑AA‑C‑GGGGGGGTTTTTCAGCGCGTTGCTGCTCAGAGCcccgc‑g > 2:956169/1‑151 (MQ=255) cccaTGTATAAAAAGCTGCTTTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTATCCAGCGGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGC‑GCAGCCATaa < 1:886084/150‑1 (MQ=255) accaTGTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGGC‑C‑GGGGAA‑‑TT‑‑AC‑G‑GGGGGTTTTTTCCA‑CCGTTTGTCCCCCCCAGCCCCGC‑gccgccccaa > 1:703781/1‑147 (MQ=255) ccaTGTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGGTTTTTTCAGCGGTTTGCCGCCCCGAGCCGCGC‑GCAGccccaat > 1:1185585/1‑146 (MQ=255) caTGTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTATCCAGCGGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGC‑GCAGCCATAATc < 2:177770/151‑1 (MQ=255) caTGTATAAAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGGGGC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTATCCAGCGGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGC‑GCAGCCATAATc < 1:1211509/151‑1 (MQ=255) tGTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGG‑C‑CGGGGA‑‑AT‑‑AG‑C‑GCGGGGTTTTTTCAGCGGGTTTCCGCTCAGAGCCCCGC‑gccgccccaaacc > 1:185558/1‑143 (MQ=255) gtataaaaggtgggtgTTCTGCCATTCGGGAAATCACGTCTCCTGGGTTAATCGGTGGGTAGTTGCTGAGTGAAAAAGGGGC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTACCCAGCGGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGC‑GCAGCCATAATcc < 2:686593/135‑1 (MQ=255) gTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGG‑G‑CGGGGA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGGGTTTTTCCGCCGGTTGTCGCCCCCAGCCGCGC‑GCCGCCCTAATCCat > 1:639168/1‑151 (MQ=255) gTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGG‑C‑CGGGGG‑‑GT‑‑AGAG‑GGGGGTTTTTTCCCACGGTTTG‑CGCCCCGAGCCCCGC‑gccgcccgaaatcca > 2:937564/1‑142 (MQ=255) gTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGG‑C‑CGGGGA‑‑AT‑‑AA‑C‑GCGGGGTTTTTTCCGCGGGTTTTCGCCCCGAGCCccgc‑gccggccccaaacat > 1:154475/1‑138 (MQ=255) gTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGG‑C‑AGGGGA‑‑TT‑‑AG‑T‑GCGGGGGTTTTTCACCGGGTTGTCCCCCCAAGCCCCGC‑GCCGCCAAAAACCat > 1:58180/1‑151 (MQ=255) tatataAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGG‑C‑AGGGGA‑‑AT‑‑AG‑CGGGGGGGTTTTTTCACCGGTTTTCC‑CCCCCAGCCGCGC‑gccgcccccatccct > 1:124595/1‑141 (MQ=255) atataAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGTCC‑GGGGAA‑‑TA‑‑AG‑G‑GGGGGTTTTTCTCACCGG‑TTGTCGCGCCGAGCCGCCC‑GCCGGCCCAATCCatc > 2:654608/1‑150 (MQ=255) atataAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑T‑GGGGGA‑‑AT‑‑AG‑A‑GCGGGGGTTATTCAGCGGGTTTGCGCCCCGAACCGCGC‑GCCGCCACCATCCctca > 2:492287/1‑151 (MQ=255) atataAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGGAGTTT‑‑AG‑C‑GGGGGTTTTTT‑‑AGCGGGTTTGCGCCCCCAGCCCCGC‑GCGGCCCCAATCCatca > 1:85223/1‑151 (MQ=255) atataAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGG‑T‑AGGGGA‑‑GT‑‑AG‑A‑GCGGGGGTTTTTCAGCGGGTTGTCGCCCCGAGACGCGC‑GCGGACCCAATccacca > 2:618267/1‑151 (MQ=255) atataAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGG‑G‑CGGGGA‑‑AT‑‑AG‑G‑GCGGGGTTTTTTTTACGGGTTTCCGCCCCGAGCCCCGC‑GCCGCCCCAAACCatca > 1:566944/1‑151 (MQ=255) atataAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGG‑CTGGGGAA‑‑TT‑‑AG‑‑‑GCGGGGTTTTTCCCTCGGGTTTCCCCCCCCAGCCCCGC‑gccgccccaaaccccc > 1:251454/1‑140 (MQ=255) atataAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGG‑C‑GGGGGG‑‑TTTAAG‑C‑GGGGGTTTT‑TCC‑GCGGGTTTCCGCCCCGAGGCGCGC‑CCCGCCCTCATccccca > 1:1113192/1‑147 (MQ=255) atataAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGG‑C‑GGGGAG‑‑TT‑‑AG‑G‑GCGGGTTTTTTCCA‑CGGTGTGTCGCTCACAGGCGCCC‑GCAGCCATAAAACatcaa > 2:847614/1‑151 (MQ=255) atataAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGG‑C‑AGGGAA‑‑AT‑‑AA‑G‑GGGGGGTTTTTTCAACGGTTTTCCCCCCCGAGCCCCGC‑gccgccccaaaaaatca > 1:1397873/1‑140 (MQ=255) taAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTATCCAGCGGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGC‑GCAGCCATAATCCatcaatc < 1:1605091/151‑1 (MQ=255) aaGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTATCCAGCGGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGC‑GCAGCCATAATCCATCAATCAg < 1:390087/151‑1 (MQ=255) tgTTCTGCCATTCGGGACATCCCGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GGGGGTTTTTTCCGGCGGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGC‑GCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGcc < 1:455795/151‑1 (MQ=255) 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gTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGG‑G‑AGGGGG‑‑GT‑‑AA‑C‑GCGGGGGTTTTTCAGCGGGGTTTCGCCCAGAGCCGCCC‑GCCGCCATAAACCATCAATTAGCGCGGCCCGGCCGGCGCCCCCCTCCTGTGCCTGttttcg > 1:1365425/1‑147 (MQ=255) gTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGG‑C‑AGGAAA‑‑AT‑‑AA‑G‑GCGGGGTTTTTTCAGCGGGTTTTCGCCCCGAGCCGCCC‑GCAGCCCCAATACAACAAACAACGCGGCCCGGGCGGAGCCCCCCTccctttccccttcccg > 2:728984/1‑137 (MQ=255) ggTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGGA‑‑AT‑‑AT‑A‑GCGGGGTGTTTTTAGCGGGTTGTCGCCCCGCGCCCCGC‑GCCGGCCCAATTCCCCCATCACCGCGGCCCCGCCGCCACCCCCCTCCCCTTCCCCTTCGCGCGGcccctcg > 2:596433/1‑144 (MQ=255) tAGATGCTGAGGGAAAAAGTGGG‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTATCCAGCGGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGC‑GCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGCCGTAGCCCGCTTCCTGTGCCTGTTCGCGCGGCAATTCGcga < 1:1074251/151‑1 (MQ=255) gC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTACCCAGCGGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGC‑GCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGCCGTAGCCCGCTTCCTGTGCCTGTTCGCGCGGCAATTCGCGACGAAACTCGCTCACCAGAtt < 2:242700/150‑1 (MQ=255) gAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTATCCAGCGGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGC‑GCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGCCGTAGCCCGCTTCCTGTGCCTGTTCGCGCGGCAATTCGCGACGAAACTCGCTCACCAGATTCGACAGCAAg > 1:810471/1‑150 (MQ=255) gAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTATCCAGCGGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGC‑GCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGCCGTAGCCCGCTTCCTGTGCCTGTTCGCGCGGCAATTCGCGACGAAACTCGCTCACCAGATTCGACAGCAAg > 1:309941/1‑150 (MQ=255) ggTTTTATCCAGCGGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGC‑GCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGCCGTAGCCCGCTTCCTGTGCCTGTTCGCGCGGCAATTCGCGACGAAACTCGCTCACCAGATTCGACAGCAAGCGGCGgctg > 2:1247535/1‑148 (MQ=255) ggTTTCCTCCAGCGGTGTGCCGCTCAGATCCGCGC‑GCAGCCATTATCCATCAATCAGCGCCGCCCGGCCGTACCCCGCTCCCTGTGCTTGTTCGCGCGGCAATTCGCGACGAAACCCGCTCACCAGATTCGACAGCAAGCggcggcccctt > 2:1498318/1‑146 (MQ=255) tttATCCAGCGGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGC‑GCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGCCGTAGCCCGCTTCCTGTGCCTGTTCGCGCGGCAATTCGCGACGAAACTCGCTCACCAGATTCGACAGCAAGCGGCGGCTGCTGAcc < 1:848075/151‑1 (MQ=255) | CTCGAAGGTGCGACCGCTGGTGGCGGAGGTATAACCACCATGTATATAAAGCTGCTGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGC‑GGGT‑C‑AGGGAA‑‑TT‑‑AG‑C‑GCGGGTTTTATCCAGCGGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGC‑GCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGCCGTAGCCCGCTTCCTGTGCCTGTTCGCGCGGCAATTCGCGACGAAACTCGCTCACCAGATTCGACAGCAAGCGGCGGCTGCTGACC > NC_000913/328659‑328954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |