| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,665,702 | 0 | C | A | 54.4% | 67.8 / 201.2 | 149 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/21); new base A (0/81); total (47/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-22 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.26e-15 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
GTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAAT > NC_000913/3665553‑3665851 | gTGATGAACGAGTCATGAAGAAACTTTTTTATGTGAATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCa > 1:1296655/1‑151 (MQ=255)gTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCa > 1:1428454/1‑151 (MQ=255) aaCGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGGATTTGGCTTGCATCCGCAAAAAcc < 2:1516039/151‑1 (MQ=255) aaCGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAAcc < 1:165243/151‑1 (MQ=255) gTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGt > 1:411144/1‑150 (MQ=255) gTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGt > 1:766604/1‑150 (MQ=255) gaagaaACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCg > 2:1014274/1‑150 (MQ=255) cTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTaaa > 1:45782/1‑151 (MQ=255) ttttttATGTGCATGAAGATTTAATCCCTCCTCCTTGAGAATCGGGAAAAATAATGAAAGCGTTCCCTTTGACACAAATACAAAATTTCCAACACCCTTATCTCCCCAATTTTGGCTTGCATCCCAAAAAACCAGGTCACCGCCATTaaaa < 1:550911/151‑1 (MQ=255) ttttttATGTGCATAAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGACCATCGGGAAAAATAATAAAAGCGTTTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACCCTTATCTACTCGATTTTGGCTTGCATCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTaaaa < 2:541546/151‑1 (MQ=255) aGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAt > 2:229395/1‑151 (MQ=255) gATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAtt > 2:182114/1‑151 (MQ=255) ttttAATGCCTCCCCCTTGAGCATCGGAAAAAATAATGAAAGCGTCTCCCTTGACACAAATAAAAAATTTACAACCCACTTATCTACTAGAATTTGGCTTCCACCCAAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAt < 1:930621/148‑1 (MQ=255) ttttAACCCCCCCTCCTTGACCATCGGAAAAAATAATAAAAGCGTCTCCCTTGACCCAAAAACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCACCCGCAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAt < 2:261334/148‑1 (MQ=255) ttAATGCCTCCTCCTTGACCTGCGGGAAAAATAATAAAAGCGTGTCCCTTGACACAAAAAAAAAATTTTCAACCCACTTATCTCCTCGAATTTGGCTTGCTCCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAc < 2:1020234/151‑1 (MQ=255) tAATGCCTCCTCCTTGAGCATGGGGAGAAATAATAAAGGCGTGTCCCTTGACACGAATAAAAAATTTCCAACACATTTATCTACTCAATTTGGGCTTCCACCCAAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc < 1:730672/151‑1 (MQ=255) tAATGCCTCCTCCTGGAGCATGGGAAAAAATAATAAAAGCGTTTCCCTTGACACAAAAAAAAAATTTTAAACACACTTATCTACCCAATTTGGGTTTCCACCCCAAAAAACCGGGCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc < 1:134141/151‑1 (MQ=255) tAATGCCCCCTCCTTGAGCATCGGGAAAAATAATAAAGGCGTGTCCCTTGACACAAATAAAAAATTTTCAACACACTTTTCTACTCGAATTTGGCTTGCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc < 2:132552/151‑1 (MQ=255) tAATCCCCCCCCCTGGAGCACGGGGAAAAAAAATGAAAGCGTTTCCCTTAACACAAATAAAAAATTTACAACACACTTATCTTCTCGATTTTGGCTTCCCCCCGAAAAACCCAGGCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc < 2:1369274/151‑1 (MQ=255) aagacacacctcctTGAGCAGGGGGAAAAAAAAGGAAGCGGTGCCCCTTACAAAAAATAAAAAATTTCCAACACATTTATCTCCTGGATTTGGGCTTCCGCCCGAAAAAACCAGCTCCCCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc < 2:1433344/143‑1 (MQ=255) cccctcctTGAGCATGGGAAAAAAAAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAAAAATAAAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCACCCGAAAAAACCAGGCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTg < 2:49664/149‑1 (MQ=255) cccccctTGAGCATGGGGAAAAAAAAAAAAAGGGTTTCCCTTAACACAAAAAAAAAATTTTCAACCCCCTTATCTACTCAAATTTGGCTTGCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTga < 2:1564374/147‑1 (MQ=255) ctcctTGAGCATGGGGAAAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACAAATAAAAAATTTTCAACCCCCTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc < 2:176636/142‑1 (MQ=255) ctcctTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc > 1:176588/1‑142 (MQ=255) ctcctTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTgaga > 2:830458/1‑151 (MQ=255) ctcctTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTgaga > 2:942320/1‑151 (MQ=255) tcctTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGaa > 1:883153/1‑151 (MQ=255) tcctTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGaa > 1:233037/1‑151 (MQ=255) cctTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAat > 1:553089/1‑151 (MQ=255) cctGGAGCATGGGAAAAAATAATGAAAGCTTGCCCCTTGACAAGAATAAAAATTTTACAACCCCCTTTTCTCCTGAATTTTGGCTTGCACCCGAAAAACCGAGGCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAat < 1:1176180/151‑1 (MQ=255) tGAGCTGCGGGAGAAAAAATAAATGCGTGTCCCTTGACACAATTACAAAATTTTCAACCCCCTTATTTACTCAAATTTGGTTGGCATCCGAAAAAACCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAatata < 2:1469805/151‑1 (MQ=255) tGAGCATGGGGAAAAAAAATAAAAGCGTGTCCTTTAACACAAAAAAAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCAAATTTGGCTTGCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAatata < 2:593567/151‑1 (MQ=255) gCATGGGGAAAAAAAATGAAAGCGTGTCCTTTGACACAAATACAAAATTTACAACACCTTTATCTACGCAAATTTGGTTTCCACCCAAAAAAACCAGTTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑tt < 1:1188096/150‑1 (MQ=255) gCATGGGGAAAAAAAAGGAAAGCGTGTCCTTTGACACAAATAAAAAATTTCAAACACATTTATCTACTCAATTTTGGTTTCCACCCAAAAAAACCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑tt < 1:404371/150‑1 (MQ=255) cATGGGGAAAAAAAAAAAAGGCGGGCCCCTTGACACAAAAAAAAAATTTTCAACACACTTATCTCCTCGAATTTGGCTTGCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑tt < 2:440065/149‑1 (MQ=255) tggggAAAAAAAATAAAGGCGTTCCCCTTGACAAAAAAAAAAATTTTTCAACCCCTTTATCTACTCAATTTTGGTTTGCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATg < 2:652499/149‑1 (MQ=255) tgggaaaaaaaaaTGAAAGCGTTTCCCTTGACACGAATAAAAATTTTCCAACCCATTTATCTACTCAAATTTGGCTTGCACCCAAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATg < 2:1681187/144‑1 (MQ=255) tCGGAAAAAATAATGAAGGCGTGTCCTTTGACAAAAATAAAAAATTTTCAACACACTTATCTCCTCGATTTTGGTTTCCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATg < 1:968873/151‑1 (MQ=255) cggaaaaaaTAATGAAGGCGTGCCCCTTGACACAAATAAAAAATTTCCAACACACTTATCTACTCAATTTGGGTTTCCACCCGAAAAAACCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGt < 1:240709/145‑1 (MQ=255) ggAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGt > 1:104140/1‑149 (MQ=255) ggAAAAATAATGAAAGCGTGCCCCTTGCCAAAAAAACAAAATTTACAACACCTTTATCTACTCGATTTTGGCTTGCACCCGAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTc < 2:427724/150‑1 (MQ=255) gaaaaaTAATAAAAGCGTTTCCTTTGACACAAATAAAAAATTTACAACACACTTATCTACTCAATTTTGGTTTGCACCCGAAAAAACCGGGTCCCCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCt < 2:559190/147‑1 (MQ=255) aaaaaaTAATGAAGGCGTTCCCTTTGACACAAAAAAAAAATTTCCAACCCCTTTATCACCTAAATTTTGGCTTCCACCCAAAAAAACAGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCt < 1:373162/147‑1 (MQ=255) gaAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTg > 1:75242/1‑150 (MQ=255) gaAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTg > 1:1362513/1‑150 (MQ=255) aataatGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCAt > 1:1001312/1‑151 (MQ=255) atGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACg > 2:1415611/1‑150 (MQ=255) aaaGCGTGTCCTTTGACACAAATACAAAATTTACAACACATTTATCTACTCAAATTTGGCTTGCACCCGAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAAt < 1:1738554/151‑1 (MQ=255) aGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTa > 1:660473/1‑151 (MQ=255) aGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTa > 2:473775/1‑151 (MQ=255) tttccccTTGACACAAATAAAAAATTTACAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCACCCAAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGAc < 1:835453/147‑1 (MQ=255) ttccccTTGACCCAAATAAAAAATTTTCAACACACTTATCTCCTCAATTTTGGCTTGCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGAc < 2:373475/147‑1 (MQ=255) tgtCCCTTGCCACAAATAAAAATTTTTCACCACTTTTATCTACTGAATTTTGGTTTGCACCCGAAAAAACCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGAc < 1:1431454/150‑1 (MQ=255) tgtCCCTTGACACAAATAAAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGAc < 1:939767/150‑1 (MQ=255) tgtCCCTTGACAAAAATAAAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGATTTTGGTTTGCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGAc < 1:653555/150‑1 (MQ=255) tgccccTTGACACAAATAAAAAATTTACAACACACTTATCTACTCAATTTTGGCTTGCATCCAAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGAc < 1:386024/147‑1 (MQ=255) cccTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAAtt > 1:564778/1‑151 (MQ=255) cccTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAAtt > 1:511281/1‑151 (MQ=255) ccacaAAAACAAAATTTTAAACACCCTTTTCTACTGAATTTTGGCTTCCACCCAAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATg < 2:112370/150‑1 (MQ=255) acaaaaaTAAAAAATTTACAACACACTTATCTACTAAATTTTGTCTTGCACCCAAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATg < 1:1319732/146‑1 (MQ=255) caaaaaaaaaaTTTACAACCCATTCATCTACTCGATTTGGGCTTGCACCCGAAAAAACCAGGTAACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAg < 1:501789/144‑1 (MQ=255) caaaTAAAAAATTTACAACACACTTATCTTCTAGATTTTGGCTTGCACCCGCAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAg < 1:578468/149‑1 (MQ=255) cGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTCCTCAATTTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAg < 1:1456933/151‑1 (MQ=255) aaaaTAAAAAATTTACAACACATTTATCACCTCAATTTGGGCTTCCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAg < 1:1526174/149‑1 (MQ=255) gAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGt > 1:273936/1‑151 (MQ=255) aaTAAAAAATTTTCAACACACTTATCTACTAGATTTTGGTTTGCATCCAAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTg < 1:446187/151‑1 (MQ=255) aaTTTACAACCCATTTATCTACTAAATTTTGTTTTGCACCCAAAAAACCCGGTTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCAt < 1:1756761/151‑1 (MQ=255) aTTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATa > 2:969048/1‑151 (MQ=255) tttCAACCCCCTTATCTACTCAAATTTGGCTTCCACCCCAAAAACCCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGt < 2:660764/151‑1 (MQ=255) tttCAACCCACTTATCTCCTCAAATTTGGCTTGCACCCGAAAAACCCAGGTCCCCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGt < 2:763095/151‑1 (MQ=255) tttCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGt > 1:1201851/1‑151 (MQ=255) tCAACACTTTTTTTTATTCAACTTTGGCTGGCACCAGAAAAAACCAGTCAACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTg < 1:1717404/151‑1 (MQ=255) tCAACACCTTTATCTACTCAATTTTGGCTTGCACCCAAAAAACCCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTg < 2:1106854/151‑1 (MQ=255) tCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTg > 2:1236961/1‑151 (MQ=255) acccatttttCTACTCGATTTTGGCTTGCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACt < 2:1061141/142‑1 (MQ=255) acccacTTATCTACTCAAATTTGGTTTGCACCCAAAAAACCCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACt < 1:1115305/148‑1 (MQ=255) acacTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGTTTGCATAGTTGACTTa > 2:152743/1‑151 (MQ=255) cacTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTaa > 1:1277684/1‑151 (MQ=255) cacTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTaa > 2:1632922/1‑151 (MQ=255) cTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAata > 1:1484799/1‑151 (MQ=255) cTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAata > 2:1431892/1‑151 (MQ=255) ttATCTTCTAAATTTGGGCTTGCATCCAAAAAACCCAGGACCCCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAatat < 2:1547916/151‑1 (MQ=255) ttATCTCCTAGATTTTGGTTTGCATCCAAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAatat < 2:783992/151‑1 (MQ=255) ttATCTACTGAAATTTGGCTTGCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAatat < 2:380539/151‑1 (MQ=255) ttATCTACTCAATTTTGGTTTCCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAatat < 2:104173/151‑1 (MQ=255) ttATCTACTCAATTTGGGCTTCCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAatat < 1:613049/151‑1 (MQ=255) ttATCTACTCAAATTTGGCTTGCACCCAAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAatat < 2:516940/151‑1 (MQ=255) ttATCTACTAAATTTTGTTTTGCACCCACAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAatat < 1:962260/151‑1 (MQ=255) ttATCTACTAAAATTTGGTTTGCACCCGAAAAAACCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAatat < 2:766984/151‑1 (MQ=255) tacctactaAAATTTGGCTTGCACCCACAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAatat < 1:229326/148‑1 (MQ=255) tATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATAtt > 2:984594/1‑151 (MQ=255) aaTTGGGCTTGCACCCGAAAAAACCAGTTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACat < 2:1727678/151‑1 (MQ=255) ttGGTTTGCCCCCGAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATAtt < 2:403928/151‑1 (MQ=255) ggCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTa > 2:1373628/1‑150 (MQ=255) gtttGCATCCGAAAAAACCAGGACACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTAc < 1:1373011/148‑1 (MQ=255) gCTTGCACCCGAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTAc < 2:1288030/150‑1 (MQ=255) gCTTCCACCCGAAAAACCCGGGTCCCCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTAc < 2:802249/150‑1 (MQ=255) cttccccccGAAAAACCCAGTTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTg < 2:1278272/144‑1 (MQ=255) cccGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTttatt < 2:130491/150‑1 (MQ=255) gCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAAt > 2:955540/1‑151 (MQ=255) | GTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATA‑TTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAAT > NC_000913/3665553‑3665851 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |