| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,736,160 | +A | intergenic (+3/+193) | xylR → / ← bax | xylose divergent operon transcriptional activator/putative glucosaminidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,736,159 | 1 | . | A | 99.5% | 605.5 / ‑4.2 | 183 | intergenic (+2/+194) | xylR/bax | xylose divergent operon transcriptional activator/putative glucosaminidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base A (93/89); total (93/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
CAACCACCTTGTCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAA‑CGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACT > NC_000913/3736021‑3736289 | cAACCACCTTGTCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACg < 1:1491628/139‑1 (MQ=255) ccTTGTCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACg‑a > 2:1391662/1‑134 (MQ=255) ttGTCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACGAAtgatga > 2:1657873/1‑139 (MQ=255) tCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACGAATGATGAGAATTGt < 2:1446995/139‑1 (MQ=255) gagaTATCGCCAATGTGCGGGTATCCATCGCTGCAATATTTCTACCCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAATATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACGAATGATGAGAATTGTCGGCg < 2:1302636/139‑1 (MQ=255) gagaTATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACGAATGATGAGAATTGTCGGCg < 2:84039/139‑1 (MQ=255) gagaTATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACGAATGATGAGAATTGTCGGCg < 1:1596915/139‑1 (MQ=255) agaTATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACGAATGATGAGAATTGTCGGCGt > 1:113259/1‑139 (MQ=255) atCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACg‑a < 2:485779/115‑1 (MQ=255) atCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACGAATGATGAGAATTGTCGGCGTcaca > 2:708888/1‑139 (MQ=255) atCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACGAATGATGAGAATTGTCGGCGTcaca > 1:533542/1‑139 (MQ=255) cGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACg‑aatgat > 1:659985/1‑113 (MQ=255) cGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACGAATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATc > 2:625379/1‑139 (MQ=255) cGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACGAATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATc > 2:605879/1‑139 (MQ=255) cGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACGAATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATc > 1:1658825/1‑139 (MQ=255) tgtgCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACGAATGATGAGAATTGTCGGCGt > 1:1823194/1‑127 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |