| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,432,273 | G→A | A1075A (GCG→GCA) | stfR → | Rac prophage, putative tail fiber protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,432,273 | 0 | G | A | 97.2% | 214.1 / ‑1.1 | 71 | coding (3225/3363 nt) | stfR | Rac prophage, putative tail fiber protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (39/30); minor base . (1/1); total (40/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 | |||||||||||
GGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCT > NC_000913/1432154‑1432404 | ggTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTg > 2:263653/1‑139 (MQ=255) tGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACACCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGATGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCt < 1:263653/139‑1 (MQ=255) tGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCAt < 1:1917455/139‑1 (MQ=255) gTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATAc > 1:767573/1‑139 (MQ=255) cATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTc > 2:673403/1‑139 (MQ=255) aTCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGcaca > 2:946078/1‑108 (MQ=255) tCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCg > 1:1230143/1‑115 (MQ=255) tCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCg < 2:1230143/115‑1 (MQ=255) aacaaGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGcaca > 2:298108/1‑105 (MQ=255) caaGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGc > 1:1810063/1‑139 (MQ=255) tCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGtt > 1:154434/1‑139 (MQ=255) tgCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATgg > 1:1813632/1‑139 (MQ=255) cATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGac > 1:511750/1‑139 (MQ=255) tCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCA‑‑‑CTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTgg > 2:302752/1‑120 (MQ=18) tCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCA‑‑‑CTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTgg < 1:302752/120‑1 (MQ=18) aaaCTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATc < 1:408321/139‑1 (MQ=255) tGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATa < 1:843478/76‑1 (MQ=21) tGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATa > 2:843478/1‑76 (MQ=21) tGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGtt > 2:874096/1‑139 (MQ=255) gCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTgg > 2:941267/1‑113 (MQ=255) gCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTgg < 1:941267/113‑1 (MQ=255) gCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTa > 2:815205/1‑139 (MQ=255) gCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTa > 1:94738/1‑139 (MQ=255) catcatCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACg < 1:1957720/138‑1 (MQ=255) catcatCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACg > 2:1957720/1‑138 (MQ=255) gctgGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTa < 2:706772/139‑1 (MQ=255) gctgGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTa > 2:1574947/1‑139 (MQ=255) tgGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAAc > 2:2032542/1‑139 (MQ=255) tgGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAAc > 1:1672853/1‑139 (MQ=255) ggCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAAcg > 2:1302170/1‑139 (MQ=255) cgcACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAAcgcg > 1:226268/1‑139 (MQ=255) cgcACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAAcgcg > 2:1839806/1‑139 (MQ=255) aCCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGTTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAaca < 1:1302170/139‑1 (MQ=255) ccA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACAcc < 1:673403/139‑1 (MQ=37) a‑‑ctcactGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGAt > 2:447445/1‑82 (MQ=255) a‑‑ctcactGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGAt < 1:447445/82‑1 (MQ=255) a‑‑ctcactGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGt > 2:55347/1‑139 (MQ=38) tcactGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCa > 1:242461/1‑139 (MQ=37) actGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCaaa > 1:609115/1‑139 (MQ=21) tGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCaaaaa > 1:865137/1‑139 (MQ=18) tGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGC‑AATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAAc > 2:416254/1‑139 (MQ=255) tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCa > 1:1530364/1‑62 (MQ=255) tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCa < 2:1530364/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGaaaa > 2:1428798/1‑125 (MQ=37) tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGaaaa < 1:1428798/125‑1 (MQ=25) tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACa > 1:701921/1‑139 (MQ=25) ccGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACAt < 1:1839806/139‑1 (MQ=37) cGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATc < 2:1813632/139‑1 (MQ=37) ggCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCg < 2:1672853/139‑1 (MQ=25) ggCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCg > 2:919282/1‑139 (MQ=21) gCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAaca < 2:871390/123‑1 (MQ=38) gCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAaca > 1:871390/1‑123 (MQ=25) cACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 1:15243/139‑1 (MQ=25) cACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 2:701921/139‑1 (MQ=37) cACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 1:874096/139‑1 (MQ=37) cACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 2:609115/139‑1 (MQ=37) tgctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa > 2:34901/1‑136 (MQ=25) tgctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 1:34901/136‑1 (MQ=37) ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTgg > 2:1252928/1‑40 (MQ=255) ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTgg < 1:1252928/40‑1 (MQ=255) ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCg > 1:1281337/1‑57 (MQ=255) ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCg < 2:1281337/57‑1 (MQ=255) ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTcac > 2:553175/1‑72 (MQ=255) ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTcac < 1:553175/72‑1 (MQ=255) ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTaa > 2:506038/1‑139 (MQ=21) gcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACt < 2:154434/139‑1 (MQ=37) aGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAATACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACtata > 2:640222/1‑139 (MQ=255) cAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGA‑TGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATtgtg > 2:788438/1‑139 (MQ=255) aGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATtgtg > 1:1047045/1‑139 (MQ=21) gTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCTTTTAACTATATTGTGAg < 2:767573/139‑1 (MQ=16) tGCACACGC‑AATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGc < 1:416254/139‑1 (MQ=9) gCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGc < 1:55347/139‑1 (MQ=14) cacaCGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCt < 2:1047045/139‑1 (MQ=14) | GGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCA‑‑CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCT > NC_000913/1432154‑1432404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |