| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,503,125 | G→A | *223* (TAG→TAA) | ydcL → | lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,503,125 | 0 | G | A | 98.7% | 256.0 / NA | 79 | *223* (TAG→TAA) | ydcL | lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (40/38); minor base C (1/0); total (41/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTATCAAAGTCGTTCGTCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAGTTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATCCGGTGCGCCGTAAAACCCCATCCTTCAGGGCGGGGATATAAGGCGCGGTTTTCCACCTGACCAGGTGTTTGCTGTTGTTCAATGTATTGGCGGATG > NC_000913/1502991‑1503257 | gTTATCAAAGTCGTTCGTCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTcc > 2:1131500/1‑139 (MQ=255)gTTATCAAAGTCGTTCGTCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTcc > 1:2052301/1‑139 (MQ=255)gTTATCAAAGTCGTTCGTCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTcc > 2:589073/1‑139 (MQ=255) aGTCGTTCGTCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACgcgc < 1:1970205/139‑1 (MQ=255) aGTCGTTCGTCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACgcgc < 2:1842355/139‑1 (MQ=255) aGTCGTTCGTCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACgcgc < 1:1131500/139‑1 (MQ=255) aGTCGTTCGTCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACgcgc < 2:2052301/139‑1 (MQ=255) ttcgtCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGAcgcg > 2:1168217/1‑133 (MQ=255) ttcgtCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGAcgcg < 1:1168217/133‑1 (MQ=255) ttcgtCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCg > 2:1160893/1‑139 (MQ=255) 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gTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATc < 1:923607/90‑1 (MQ=255) aCATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGa < 1:423555/51‑1 (MQ=255) aCATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGa > 2:423555/1‑51 (MQ=255) aCATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGa < 1:536504/51‑1 (MQ=255) aCATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGa > 2:536504/1‑51 (MQ=255) aCATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATCCGGTGCGCCGTAAAACCCCATCCTTCAggg < 2:1193166/110‑1 (MQ=255) aCATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATCCGGTGCGCCGTAAAACCCCATCCTTCAggg > 1:1193166/1‑110 (MQ=255) aCATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATCCGGTGCGCCGTAAAACCCCATCCTTCAGGGCGGGGATATAAGGCGCGGTTTTCCACCTg > 2:1681708/1‑139 (MQ=255) aCATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATCCGGTGCGCCGTAAAACCCCATCCTTCAGGGCGGGGATATAAGGCGCGGTTTTCCACCTg > 1:808483/1‑139 (MQ=255) aCATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATCCGGTGCGCCGTAAAA‑CCCATCCTTCAGGGCGGGGATATAAGGCGCGGTTTTCCACCTGa > 1:596893/1‑139 (MQ=255) cATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGa < 1:1814075/50‑1 (MQ=255) cATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGa > 2:1814075/1‑50 (MQ=255) cATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGAcgcg < 2:836593/54‑1 (MQ=255) cATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGAcgcg > 1:836593/1‑54 (MQ=255) cATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATCCGGTGCGCCGTAAAACCCCATCCTTCAGGGCg < 1:15671/111‑1 (MQ=255) cATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATCCGGTGCGCCGTAAAACCCCATCCTTCAGGGCg > 2:15671/1‑111 (MQ=255) 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gCGACCGATGCCACCATGTGTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATCCGGTGCGCCGTAAAACCCCATCCTTCAGGGCGGGGATATAAGGCGCGGTTTTCCACCTGACCAg < 2:1878341/139‑1 (MQ=255) gACCGATGCCACCATGTTTGACGTGAACAAAAACTAATTGCAGACGCGCCATCGTTACATGACGCTTTTTATCAGGTGCGACGTAAAACCCCATCCTCCAGGGCGGGGATACAGGACGCGGTTTTGCACCTGACCAgga > 1:1356844/1‑138 (MQ=255) aCCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATCCGGTGCGCCGTAAAACCCCATCCTTCAggg < 1:1064553/102‑1 (MQ=255) aCCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATCCGGTGCGCCGTAAAACCCCATCCTTCAggg > 2:1064553/1‑102 (MQ=255) aCCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATCCGGTGCGCCGTAAAACCCCATCCTTCAGGGCGGGGATATAAGGCGCGGTTTTCCACCTGACCAGgtg > 1:442835/1‑139 (MQ=255) cGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATCCGGTGCGCCGTAAAACCCCATCCTTCAGGGCGGGGATATAAGGCGCGGTTTTCCACCTGACCAGGTGtt > 2:89610/1‑139 (MQ=255) 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GTTATCAAAGTCGTTCGTCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAGTTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATCCGGTGCGCCGTAAAACCCCATCCTTCAGGGCGGGGATATAAGGCGCGGTTTTCCACCTGACCAGGTGTTTGCTGTTGTTCAATGTATTGGCGGATG > NC_000913/1502991‑1503257 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |