| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,983,288 | C→T | *279* (TAG→TAA) | kduI ← | hexuronate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,983,288 | 0 | C | T | 100.0% | 258.7 / NA | 79 | *279* (TAG→TAA) | kduI | hexuronate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (40/39); total (40/39) | |||||||||||
TCACAGCCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCT > NC_000913/2983152‑2983421 | tCACAGCCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTa > 1:222849/1‑139 (MQ=255) caGCCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAgcg < 2:20602/139‑1 (MQ=255) cccGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAgcgc < 1:646402/137‑1 (MQ=255) cccGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAgcgc > 2:646402/1‑137 (MQ=255) cccGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCaa > 2:2014926/1‑139 (MQ=255) cTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCt > 1:1188982/1‑139 (MQ=255) cTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCt > 2:215988/1‑139 (MQ=255) cccAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcac < 1:1371778/139‑1 (MQ=255) ccAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 1:2014926/139‑1 (MQ=255) ccAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:222849/139‑1 (MQ=255) ccAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 1:579309/139‑1 (MQ=255) ccAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:1188982/139‑1 (MQ=255) aTCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCat > 1:397424/1‑139 (MQ=255) tGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAgcgc < 2:407918/107‑1 (MQ=255) tGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAgcgc > 1:407918/1‑107 (MQ=255) gtccagtATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAgcg < 2:682100/99‑1 (MQ=255) gtccagtATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAgcg > 1:682100/1‑99 (MQ=255) gtccagtATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACgg < 2:14035/113‑1 (MQ=255) gtccagtATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACgg > 1:14035/1‑113 (MQ=255) tATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGttt > 2:623550/1‑139 (MQ=255) aCCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGa > 2:7406/1‑139 (MQ=255) ccAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGAc < 2:17797/124‑1 (MQ=255) ccAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGAc > 1:17797/1‑124 (MQ=255) aGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCa < 1:7406/139‑1 (MQ=255) tGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca > 2:1288626/1‑100 (MQ=255) tGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 1:1288626/100‑1 (MQ=255) cGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGAcc < 2:1301669/129‑1 (MQ=255) cGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGAcc > 1:1301669/1‑129 (MQ=255) cAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATa < 1:623550/139‑1 (MQ=255) tCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCa < 1:1676446/63‑1 (MQ=255) tCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCa > 2:1676446/1‑63 (MQ=255) tCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCttt < 2:552600/70‑1 (MQ=255) tCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCttt > 1:552600/1‑70 (MQ=255) aaaaTGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGtt > 2:293841/1‑139 (MQ=255) tGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGa > 1:332901/1‑139 (MQ=255) tGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGa > 2:268665/1‑139 (MQ=255) cACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGaca < 2:397424/139‑1 (MQ=255) aCTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGccc < 1:747704/108‑1 (MQ=255) aCTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGccc > 2:747704/1‑108 (MQ=255) gacagcccTTATTCGTTTATGCCCCCAATTCGCGCAAATCTTTAACGGCCACATCGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGa < 1:541516/133‑1 (MQ=255) cAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGAc < 1:517139/139‑1 (MQ=255) tACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca > 2:744866/1‑49 (MQ=255) tACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 1:744866/49‑1 (MQ=255) aCCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTaa > 2:1045144/1‑40 (MQ=255) aCCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTaa < 1:1045144/40‑1 (MQ=255) aCCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 1:1494334/48‑1 (MQ=255) aCCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca > 2:1494334/1‑48 (MQ=255) cTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca > 2:101996/1‑46 (MQ=255) cTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 1:101996/46‑1 (MQ=255) cTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTc > 1:1474426/1‑139 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca > 1:1736556/1‑44 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:1736556/44‑1 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca > 2:1552450/1‑44 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 1:1552450/44‑1 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCgg > 2:654108/1‑139 (MQ=255) aTTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGcc < 1:1721457/84‑1 (MQ=255) aTTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGcc > 2:1721457/1‑84 (MQ=255) aTTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGa > 1:1813428/1‑113 (MQ=255) aTTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGa < 2:1813428/113‑1 (MQ=255) ttCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCa > 2:1549483/1‑79 (MQ=255) ttCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCa < 1:1549483/79‑1 (MQ=255) ttCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGAc > 2:1381960/1‑129 (MQ=255) ttCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGAc < 1:1381960/129‑1 (MQ=255) tCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca > 1:1088312/1‑41 (MQ=255) tCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:1088312/41‑1 (MQ=255) tCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCata > 2:1766721/1‑50 (MQ=255) tCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCata < 1:1766721/50‑1 (MQ=255) tCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTcc < 2:867959/109‑1 (MQ=255) tCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTcc > 1:867959/1‑109 (MQ=255) gTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGaca < 2:1477950/111‑1 (MQ=255) gTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGaca > 1:1477950/1‑111 (MQ=255) ttATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGaca > 2:1465208/1‑109 (MQ=255) ttATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGaca < 1:1465208/109‑1 (MQ=255) ttATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCggggctgtc > 2:541516/1‑134 (MQ=255) tATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGAcc > 2:1089188/1‑72 (MQ=255) tATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGAcc < 1:1089188/72‑1 (MQ=255) tATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGa < 2:184609/122‑1 (MQ=255) tATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGa > 1:184609/1‑122 (MQ=255) cacaATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCt < 1:215988/139‑1 (MQ=255) | TCACAGCCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCT > NC_000913/2983152‑2983421 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |