| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,544,384 | C→T | pseudogene (381/381 nt) | yddK ← | pseudogene, leucine‑rich protein, putative glycoportein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,544,384 | 0 | C | T | 100.0% | 286.3 / NA | 86 | pseudogene (381/381 nt) | yddK | pseudogene, leucine‑rich protein, putative glycoportein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (45/41); total (45/41) | |||||||||||
AACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTAT > NC_000913/1544261‑1544518 | aaCGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGaa > 2:93473/1‑139 (MQ=255) actgggTTAATGTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTAGAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAAc < 2:760151/136‑1 (MQ=255) tGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGCATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGAt > 1:479032/1‑139 (MQ=255) tGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGAt > 1:42083/1‑139 (MQ=255) 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tattatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGtta < 2:512843/133‑1 (MQ=255) tattatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGtta > 1:512843/1‑133 (MQ=255) tattatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACag > 2:247492/1‑139 (MQ=255) attatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGc < 2:879847/113‑1 (MQ=255) attatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGc > 1:879847/1‑113 (MQ=255) attatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGc > 1:676734/1‑113 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |