| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 2,073,175 | T→C | L546P (CTG→CCG) | flu → | CP4‑44 prophage, antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,073,175 | 0 | T | C | 100.0% | 468.7 / NA | 127 | L546P (CTG→CCG) | flu | CP4‑44 prophage, antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (62/65); total (62/65) | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
ACTGTCAGCAACACCACACTCACCCAGAAAGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGC > NC_000913/2073039‑2073308 | actGTCAGCAACACCACACTCACCCAGAAAGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGa > 2:968059/1‑139 (MQ=255) ctGTCAGCAACACCACACTCACCCAGAAAGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGaa < 2:206274/139‑1 (MQ=255) ctGTCAGCAACACCACACTCACCCAGAAAGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGaa < 2:640204/139‑1 (MQ=255) aaCACCACACTCACCCAGAAAGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGAACGGTGCCa < 1:1043800/139‑1 (MQ=255) acacCACACTCACCCAGAAAGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCGGCACTGTGCCGAACGGTGCCAt > 2:915361/1‑139 (MQ=255) acacCACACTCACCCAGAAAGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGAACGGTGCCAt > 2:1086537/1‑139 (MQ=255) caccacACTCACCCAGAAAGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGAACGGTGCCAtt < 1:595762/139‑1 (MQ=255) accacACTCACCCAGAAAGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGAACGGTGCCATTg > 1:426005/1‑139 (MQ=255) tCACCCAGAAAGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGAACGGTGCCATTGACCCCAc < 2:737070/139‑1 (MQ=255) aCCCAGAAAGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCGGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGaa > 2:812692/1‑119 (MQ=255) 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acgctgacgctgAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGa < 2:426337/139‑1 (MQ=255) acgctgacgctgAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGa < 1:118904/139‑1 (MQ=255) cgctgacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGaa > 1:1017151/1‑139 (MQ=255) cgctgacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGaa > 1:564301/1‑139 (MQ=255) cgctgacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGATACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCAGGTGCCACCTGGaa > 1:695292/1‑139 (MQ=255) gacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATc < 1:257442/139‑1 (MQ=255) 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accacGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt > 1:19195/1‑139 (MQ=255) accacGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt > 1:115237/1‑139 (MQ=255) accacGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGCAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt > 1:679784/1‑139 (MQ=255) cGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGaa < 1:602030/58‑1 (MQ=255) cGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGaa > 2:602030/1‑58 (MQ=255) gATGACATTGCCCAGCGCGGTACAGCCCTGAAACAGACCGTCATCCCTGTGACGAACGGTACCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCACCTCCGCTGCCAACTGGACTATCCCCGATAACGCCACCATGCAGTCggtgg > 2:84279/1‑139 (MQ=255) tCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCCGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGa < 1:968059/139‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |