| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,759,680 | (C)5→6 | coding (844/1221 nt) | sufS ← | cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,759,675 | 1 | . | C | 98.2% | 192.9 / ‑3.6 | 56 | coding (849/1221 nt) | sufS | cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (28/27); total (28/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
GGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑C‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCTT > NC_000913/1759541‑1759808 | gggCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑ccc < 1:1295611/139‑1 (MQ=255) tAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑cccccggta < 1:1669843/139‑6 (MQ=255) tGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑c < 1:450069/124‑1 (MQ=255) tGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑c > 2:450069/1‑124 (MQ=255) gagaTCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGgtgt > 2:693269/1‑139 (MQ=255) aTTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGc > 1:747792/1‑131 (MQ=255) aTTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGc < 2:747792/131‑1 (MQ=255) cAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCa < 1:1029742/139‑1 (MQ=255) tgATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGc > 2:558006/1‑139 (MQ=255) gATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:558006/139‑1 (MQ=255) gATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 2:554454/139‑1 (MQ=255) cATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTcc > 2:1302094/1‑139 (MQ=255) cATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTcc > 1:189834/1‑139 (MQ=255) tAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg > 2:1471804/1‑87 (MQ=255) tAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg < 1:1471804/87‑1 (MQ=255) ttCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATTCTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAg > 1:221152/1‑139 (MQ=255) ttCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑cccc > 2:421540/1‑75 (MQ=255) ttCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑cccc < 1:421540/75‑1 (MQ=255) aTACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTAc > 2:1685066/1‑87 (MQ=255) aTACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑CGCCCCAGTATTGGGTGTAc < 1:1685066/87‑1 (MQ=255) cGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑cccccggta < 1:1183139/72‑6 (MQ=255) cGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑cccccggta > 2:1183139/1‑67 (MQ=255) gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGt > 2:504588/1‑108 (MQ=255) gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGt < 1:504588/108‑1 (MQ=255) gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACt < 2:1010429/126‑1 (MQ=255) gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACt > 1:1010429/1‑126 (MQ=255) tATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 1:693269/139‑1 (MQ=255) tGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 2:1266325/137‑1 (MQ=255) tGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc > 1:1266325/1‑137 (MQ=255) ttaAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGt > 2:84416/1‑99 (MQ=255) ttaAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGt < 1:84416/99‑1 (MQ=255) ttaAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑ccc > 1:1258895/1‑55 (MQ=255) ttaAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑ccc < 2:1258895/55‑1 (MQ=255) aaGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑ccc < 1:231571/53‑1 (MQ=255) aaGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑ccc > 2:231571/1‑53 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCACTGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 1:306525/1‑89 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCttt > 2:434426/1‑91 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCttt < 1:434426/91‑1 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 2:306525/89‑1 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACt > 1:1244337/1‑112 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACt < 2:1244337/112‑1 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTc > 1:453099/1‑113 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTc < 2:453099/113‑1 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAcc > 2:1464847/1‑139 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAc < 1:101414/138‑1 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAc > 2:101414/1‑138 (MQ=255) ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg > 2:1154643/1‑44 (MQ=255) ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg < 1:1154643/44‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 2:91802/1‑87 (MQ=255) ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:91802/87‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg < 2:614028/100‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg > 1:614028/1‑100 (MQ=255) aGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGccc > 2:1557829/1‑139 (MQ=255) gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAc < 1:1192604/133‑1 (MQ=255) gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAc > 2:1192604/1‑133 (MQ=255) gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCg < 2:654267/135‑1 (MQ=255) gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCg > 1:654267/1‑135 (MQ=255) gAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg < 2:1075930/92‑1 (MQ=255) gAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg > 1:1075930/1‑92 (MQ=255) gAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑cccc > 1:183453/1‑41 (MQ=255) gAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑cccc < 2:183453/41‑1 (MQ=255) aaaCATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGc < 1:1374498/130‑1 (MQ=255) aaaCATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGc > 2:1374498/1‑130 (MQ=255) aaaCATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTCCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTccc < 2:221152/139‑1 (MQ=255) tCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACggcggc < 1:1302094/139‑1 (MQ=255) cgccgcgccAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCAtctc > 2:989383/1‑139 (MQ=255) cgccAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACt > 1:59707/1‑83 (MQ=255) cgccAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACt < 2:59707/83‑1 (MQ=255) cgccAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTccc > 1:457721/1‑121 (MQ=255) cgccAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTccc < 2:457721/121‑1 (MQ=255) cgccAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACggcggc < 2:1061422/129‑1 (MQ=255) cgccAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACggcggc > 1:1061422/1‑129 (MQ=255) cAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGcaaca < 2:189834/139‑1 (MQ=255) aCCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGc < 1:1464847/139‑1 (MQ=255) tgatgcC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGcttctt < 2:935968/139‑1 (MQ=255) | GGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑C‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCTT > NC_000913/1759541‑1759808 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |