| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,982,684 | (C)8→9 | noncoding (79/87 nt) | leuT → | tRNA‑Leu |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,982,676 | 1 | . | C | 95.6% | 146.6 / ‑0.3 | 45 | noncoding (71/87 nt) | leuT | tRNA‑Leu |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (23/20); total (24/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
CCAGTTGTCGTGGGTTCGAATCCCATTAGCCACCCCATTATTAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGT‑CCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCAGTGGGTCGGAGGTTCGAATCCTCTC > NC_000913/3982549‑3982801 | ccAGTTGTCGTGGGTTCGAATCCCATTAGCCACCCCATTATTAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGT‑ccccccccct > 2:328460/1‑136 (MQ=255)ccAGTTGTCGTGGGTTCGAATCCCATTAGCCACCCCATTATTAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGT‑ccccccccct < 1:328460/138‑3 (MQ=255) aTTAGCCACCCCATTATTAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGT‑ccc > 2:370593/1‑107 (MQ=255) aTTAGCCACCCCATTATTAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGT‑ccc < 1:370593/107‑1 (MQ=255) ccACCCCATTATTAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTaaa > 1:1376864/1‑139 (MQ=255) cccATTATTAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAAtt > 2:748579/1‑139 (MQ=255) gAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGT‑CCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGt > 2:1231521/1‑139 (MQ=255) gTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGT‑CCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTAtt < 1:1231521/139‑1 (MQ=255) gtgACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTc > 2:1095154/1‑139 (MQ=255) gtgACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTc > 1:249390/1‑139 (MQ=255) tgACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGt > 2:192548/1‑78 (MQ=38) tgACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGt < 1:192548/78‑1 (MQ=38) tgACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGcacca > 1:921329/1‑95 (MQ=255) tgACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGcacca < 2:921329/95‑1 (MQ=255) tgACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAg > 1:641025/1‑129 (MQ=255) tgACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAg < 2:641025/129‑1 (MQ=255) tgACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCg < 1:1095154/139‑1 (MQ=255) cAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCg < 2:265519/139‑1 (MQ=255) cGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGcaccac > 2:1118272/1‑88 (MQ=9) cGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGcaccac < 1:1118272/88‑1 (MQ=9) tGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGaa > 1:1459979/1‑94 (MQ=255) tGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGaa < 2:1459979/94‑1 (MQ=255) gCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCtt > 2:911728/1‑139 (MQ=255) cGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGaa < 2:794337/91‑1 (MQ=255) cGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGaa > 1:794337/1‑91 (MQ=255) ggTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTa < 2:571170/110‑1 (MQ=255) ggTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTa > 1:571170/1‑110 (MQ=255) tAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCaa < 1:748579/139‑1 (MQ=255) aGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAAc < 2:1376864/139‑1 (MQ=255) cgcgCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGcaccac < 1:1445962/66‑1 (MQ=255) cgcgCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGcaccac > 2:1445962/1‑66 (MQ=255) cgcgCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTaaaa < 1:1287403/89‑1 (MQ=255) cgcgCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTaaaa > 2:1287403/1‑89 (MQ=255) tAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCg > 2:1527555/1‑104 (MQ=255) tAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCg < 1:1527555/104‑1 (MQ=255) tAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAg > 2:732812/1‑112 (MQ=255) tAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAg < 1:732812/112‑1 (MQ=255) ttAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCaa < 2:506756/118‑1 (MQ=255) ttAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCaa > 1:506756/1‑118 (MQ=255) ttAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCAGTGGGTc > 1:508354/1‑139 (MQ=255) aCGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTg < 1:434802/53‑1 (MQ=21) aCGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTg > 2:434802/1‑53 (MQ=21) cGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTgg < 1:398610/111‑1 (MQ=255) cGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTgg > 2:398610/1‑111 (MQ=255) tGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCAGTGGGTCGGAGGTTCGAATCctctc > 1:432735/1‑139 (MQ=255) tGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCAGTGGGTCGGAGGTTCGAATCct < 2:1349043/136‑1 (MQ=255) tGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCAGTGGGTCGGAGGTTCGAATCct > 1:1349043/1‑136 (MQ=255) ggggTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTaaaa > 2:92763/1‑52 (MQ=37) ggggTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTaaaa < 1:92763/52‑1 (MQ=37) ggggTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCg < 2:240105/72‑1 (MQ=255) ggggTTCAAGTCCCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCg > 1:240105/1‑72 (MQ=255) | CCAGTTGTCGTGGGTTCGAATCCCATTAGCCACCCCATTATTAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGT‑CCCCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCAGTGGGTCGGAGGTTCGAATCCTCTC > NC_000913/3982549‑3982801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |