| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1286708 = | 53 (0.830) | 45 (0.890) | 19/160 | 1.5 | 62.1% | intergenic (+182/+358) | narI/rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| ? | NC_000913 | = 1287241 | 13 (0.260) | intergenic (‑5/+3) | rttR/tyrV | rtT sRNA, processed from tyrT transcript/tRNA‑Tyr | |||||
TCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGG > NC_000913/1287109‑1287365 | tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggt < 2:1193558‑M2/139‑7 (MQ=255) gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtgg > 1:1193558‑M2/1‑131 (MQ=255) gTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATTGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtg < 1:246811‑M2/139‑11 (MQ=255) gTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAAAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggag < 2:994650‑M2/139‑11 (MQ=255) ttGCCTGCGGCAACGCTCTCTGGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 1:994650‑M2/1‑125 (MQ=255) ctcGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTga < 2:711505‑M2/108‑3 (MQ=255) ctcGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTga > 1:711505‑M2/1‑106 (MQ=255) acgctCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatg > 1:811396‑M2/2‑99 (MQ=255) acgctCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatg < 2:811396‑M2/102‑5 (MQ=255) aatcgAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGCAAGTgatgg < 2:1213330‑M2/84‑6 (MQ=255) aatcgAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatgg > 1:1213330‑M2/3‑81 (MQ=255) aaGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcgg > 2:246811‑M2/1‑76 (MQ=255) gCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg < 2:184549‑M2/88‑15 (MQ=255) gCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 2:343251‑M2/1‑74 (MQ=255) gCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 1:184549‑M2/1‑74 (MQ=255) gCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg < 1:343251‑M2/88‑15 (MQ=255) aTGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgct < 2:1425911‑M2/139‑85 (MQ=255) aTGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgct > 1:990998‑M2/1‑55 (MQ=255) aTGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgct < 2:990998‑M2/139‑85 (MQ=255) aTGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcgg > 2:213179‑M2/1‑55 (MQ=255) aTGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcgg < 1:213179‑M2/118‑64 (MQ=255) tGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg < 1:701129‑M2/68‑15 (MQ=255) tGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 2:701129‑M2/1‑54 (MQ=255) gggCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcg < 1:1634670‑M2/139‑87 (MQ=255) gggCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattact > 1:1213824‑M2/1‑53 (MQ=255) gggCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattacg < 2:1213824‑M2/77‑25 (MQ=255) ggCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttc > 1:1605484‑M2/1‑52 (MQ=255) ggCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttc < 2:1605484‑M2/99‑48 (MQ=255) ggCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 2:1083818‑M2/1‑52 (MQ=255) ggCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg < 1:1083818‑M2/66‑15 (MQ=255) gCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACGTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgag < 1:589178‑M2/139‑89 (MQ=255) atTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaacc > 1:1425911‑M2/1‑44 (MQ=255) tttAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaacct < 2:1221679‑M2/139‑97 (MQ=255) ttAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaacctt < 2:1121581‑M2/139‑98 (MQ=255) tAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaacctta < 1:436285‑M2/139‑99 (MQ=255) tGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgc > 2:526408‑M2/1‑37 (MQ=255) tGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgc < 1:526408‑M2/120‑84 (MQ=255) gCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcga > 1:1121581‑M2/1‑36 (MQ=255) gCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcga > 1:1221679‑M2/1‑36 (MQ=255) gCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcga > 2:436285‑M2/1‑36 (MQ=255) cGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcgaa < 2:1390208‑M2/139‑105 (MQ=255) cGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgc < 2:1470929‑M2/118‑84 (MQ=255) cGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgc > 1:1470929‑M2/1‑35 (MQ=255) cGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaa > 1:769307‑M2/1‑35 (MQ=255) cGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaa < 2:769307‑M2/101‑67 (MQ=255) gATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagcc > 2:20435‑M2/1‑33 (MQ=255) gATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagcc < 1:20435‑M2/123‑91 (MQ=255) gATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgct < 2:56045‑M2/117‑85 (MQ=255) gATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgct > 1:56045‑M2/1‑33 (MQ=255) tcgcttgagaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAgg < 1:500119/130‑1 (MQ=255) tcgcttgagaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAgg < 1:1287721/130‑1 (MQ=255) tcgcttgagaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTAC‑CCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGt < 2:589178/130‑1 (MQ=18) gTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAGGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcgaagcttctc < 1:102174‑M2/139‑112 (MQ=255) agaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCt < 1:544402/137‑1 (MQ=255) aaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattattcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgct < 2:1199584‑M2/106‑85 (MQ=255) aaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgct > 1:1199584‑M2/1‑22 (MQ=255) gTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttc > 2:9357‑M2/1‑20 (MQ=255) gTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttc < 1:9357‑M2/67‑48 (MQ=255) gTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTga < 1:1215361/139‑1 (MQ=255) ttCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGt > 2:8622/1‑129 (MQ=255) ttCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGt < 1:8622/129‑1 (MQ=255) tCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTaa > 1:823020/1‑113 (MQ=255) tCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTaa < 2:823020/113‑1 (MQ=255) tCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTgaga > 1:168600/1‑139 (MQ=255) cAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaac < 2:315668‑M2/84‑68 (MQ=255) cAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaac > 1:315668‑M2/1‑17 (MQ=255) gggACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGAtgg < 2:168600/139‑1 (MQ=255) tttGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaa > 2:61199‑M2/1‑9 (MQ=255) tttGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaa < 1:61199‑M2/75‑67 (MQ=255) tttGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctg < 2:1093716‑M2/69‑61 (MQ=255) tttGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctg > 1:1093716‑M2/1‑9 (MQ=255) tttGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcg < 2:763392‑M2/43‑35 (MQ=255) tttGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcg > 1:763392‑M2/1‑9 (MQ=255) tGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaa > 2:1079564‑M2/1‑7 (MQ=255) tGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaa < 1:1079564‑M2/73‑67 (MQ=255) aaGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAggg > 2:1037195/1‑95 (MQ=39) aaGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAggg < 1:1037195/95‑1 (MQ=39) | TCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGG > NC_000913/1287109‑1287365 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |