| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 540,515 | C→T | intergenic (+7/‑50) | allB → / → ybbY | allantoinase/putative uracil/xanthine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 540,515 | 0 | C | T | 100.0% | 148.6 / NA | 46 | intergenic (+7/‑50) | allB/ybbY | allantoinase/putative uracil/xanthine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (26/20); total (26/20) | |||||||||||
GTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGG > NC_000913/540393‑540640 | gTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTcc > 2:661404/1‑139 (MQ=255) gcgcgcGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGcggcgg < 1:661404/139‑1 (MQ=255) cgcgTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGcggcgg > 1:917783/1‑136 (MQ=255) cgcgTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGcggcgg < 2:917783/136‑1 (MQ=255) cgcgTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCa > 2:365521/1‑139 (MQ=255) cgTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCAtt > 2:1420076/1‑139 (MQ=255) tATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCa > 1:1024165/1‑113 (MQ=255) tATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATGTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCa < 2:1024165/113‑1 (MQ=255) gAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGtt < 1:1420076/139‑1 (MQ=255) tCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGt > 2:514233/1‑130 (MQ=255) tCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGt < 1:514233/130‑1 (MQ=255) gatgtgatTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCaa > 2:812237/1‑139 (MQ=255) atgtgatTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGc < 2:1602121/91‑1 (MQ=255) atgtgatTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAAt > 2:982880/1‑139 (MQ=255) atgtgatTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCCTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCCATGc > 1:1602121/1‑91 (MQ=255) tttACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCa < 1:365521/139‑1 (MQ=255) aTTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCggg > 2:1337053/1‑93 (MQ=255) aTTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCggg < 1:1337053/93‑1 (MQ=255) ttGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCa > 2:1180658/1‑122 (MQ=255) ttGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCa < 1:1180658/122‑1 (MQ=255) tGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGcc > 1:672377/1‑76 (MQ=255) tGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGcc < 2:672377/76‑1 (MQ=255) cccTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTAt > 2:292331/1‑139 (MQ=255) cccTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTAt > 2:1489860/1‑139 (MQ=255) ttGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATtc < 2:500880/79‑1 (MQ=255) ttGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATtc > 1:500880/1‑79 (MQ=255) ttGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAg < 1:871500/117‑1 (MQ=255) ttGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAg > 2:871500/1‑117 (MQ=255) ttGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGa > 2:727274/1‑139 (MQ=255) ttGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGa > 2:1630464/1‑139 (MQ=255) cgcCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAg < 1:560099/86‑1 (MQ=255) cgcCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAg > 2:560099/1‑86 (MQ=255) aaaGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTg > 1:810747/1‑139 (MQ=255) ggTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGtt < 1:292331/139‑1 (MQ=255) tCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGtttt > 2:1440076/1‑139 (MQ=255) tCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTAtt < 1:1630464/139‑1 (MQ=255) ccTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTa > 1:1166779/1‑65 (MQ=255) ccTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTa < 2:1166779/65‑1 (MQ=255) cATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCaa < 1:982880/139‑1 (MQ=255) tCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAaca > 2:882558/1‑139 (MQ=255) cagcagTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAacac > 1:621411/1‑139 (MQ=255) gcagTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACgg < 2:621411/139‑1 (MQ=255) tCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAg > 2:1250258/1‑48 (MQ=255) tCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAg < 1:1250258/48‑1 (MQ=255) tGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAg > 2:728265/1‑46 (MQ=255) tGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAg < 1:728265/46‑1 (MQ=255) | GTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGG > NC_000913/540393‑540640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |