| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,034,591 | C→T | pseudogene (541/663 nt) | yedS → | pseudogene, outer membrane protein homology, putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,034,591 | 0 | C | T | 100.0% | 230.1 / NA | 70 | pseudogene (541/663 nt) | yedS | pseudogene, outer membrane protein homology, putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (36/34); total (36/34) | |||||||||||
TGCTGGCGCTGACAACTTCATGAACGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAGGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGACCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCTGGGTGCTGCATAT > NC_000913/2034461‑2034713 | tGCTGGCGCTGACAACTTCATGAACGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCggg > 1:872400/1‑139 (MQ=255)tGCTGGCGCTGACAACTTCATGAACGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCggg < 1:688774/139‑1 (MQ=255) gCTGGCGCTGACAACTTCATGAACGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGc > 1:1418406/1‑139 (MQ=255) ggCGCTGACAACTTCATGAACGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAgg < 2:707159/139‑1 (MQ=255) gACAACTTCATGAACGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGtt > 1:1286935/1‑139 (MQ=255) aCAACTTCATGAACGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTc < 2:872400/139‑1 (MQ=255) aCGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGa < 1:127236/139‑1 (MQ=255) gTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCg > 2:1625080/1‑139 (MQ=255) tGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGt < 1:1101951/118‑1 (MQ=255) tGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGt > 2:1101951/1‑118 (MQ=255) ggTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCttt > 1:673996/1‑139 (MQ=255) ggTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCttt > 1:30710/1‑139 (MQ=255) ccTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTcca > 1:1084382/1‑104 (MQ=255) ccTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCg < 2:1084382/105‑1 (MQ=255) cGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTg < 1:921807/139‑1 (MQ=255) aCAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATgg > 1:967374/1‑139 (MQ=255) cAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGt > 2:1070951/1‑139 (MQ=255) aTGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGttt > 2:826388/1‑139 (MQ=255) ggCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCg > 1:1225619/1‑139 (MQ=255) ggCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCg > 1:1611000/1‑139 (MQ=255) cttcttTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGt < 2:1225619/139‑1 (MQ=255) ttcttTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTa < 2:1418406/139‑1 (MQ=255) ggTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCaa < 1:1070951/139‑1 (MQ=255) aagTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAgg > 2:438729/3‑69 (MQ=255) aagTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAgg < 1:438729/67‑1 (MQ=255) aagTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATc > 2:107812/3‑139 (MQ=255) gTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTc > 1:1679609/1‑74 (MQ=255) gTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTc < 2:1679609/74‑1 (MQ=255) gTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGaaa < 1:34493/109‑1 (MQ=255) gTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGaaa > 2:34493/1‑109 (MQ=255) gTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCt > 1:229385/1‑139 (MQ=255) tGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGa > 2:192616/1‑81 (MQ=255) tGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGa < 1:192616/81‑1 (MQ=255) tGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTAcgac < 1:826388/139‑1 (MQ=255) tGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTAcgactt < 2:1387041/136‑1 (MQ=255) tGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTAcgactt > 1:1387041/1‑136 (MQ=255) gAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCAtt > 1:905898/1‑48 (MQ=255) gAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCAtt < 2:905898/48‑1 (MQ=255) aaCTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTAcgacttcgact < 1:384164/139‑1 (MQ=255) aCTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACTTCCTAcgacttcgactt < 2:967374/139‑1 (MQ=255) aCTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTAcgacttcgactt < 2:673996/139‑1 (MQ=255) aCTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTAcgacttcgactt < 1:1625080/139‑1 (MQ=255) tgctttgcAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAg > 2:794276/1‑78 (MQ=255) tgctttgcAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAg < 1:794276/78‑1 (MQ=255) tgctttgcAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGt > 1:176801/1‑139 (MQ=255) tgctttgcAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGt > 2:24595/1‑139 (MQ=255) tCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGt > 1:1432358/1‑97 (MQ=255) tCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGt < 2:1432358/97‑1 (MQ=255) cAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCTGGGtg < 2:176801/139‑1 (MQ=255) gggTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTa > 1:1094833/1‑47 (MQ=255) gggTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTa > 1:284444/1‑47 (MQ=255) gggTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTa < 2:284444/47‑1 (MQ=255) gggTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTa < 2:1094833/47‑1 (MQ=255) gggTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTg < 1:776583/83‑1 (MQ=255) gggTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTg > 2:776583/1‑83 (MQ=255) gggTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCTGGGtgct > 2:1039084/1‑139 (MQ=255) gTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTa < 1:794032/93‑1 (MQ=255) gTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTa > 2:794032/1‑93 (MQ=255) gTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCTGGGtgctgc > 1:707251/1‑139 (MQ=255) taataaTGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCaaa > 2:366916/1‑70 (MQ=255) taataaTGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCaaa < 1:366916/70‑1 (MQ=255) ataatGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCTGGGtgct > 2:1604412/1‑134 (MQ=255) ataatGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCTGGGtgct < 1:1604412/134‑1 (MQ=255) ataatGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAAC‑‑CCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCt > 2:927795/1‑125 (MQ=255) ataatGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAAC‑‑CCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCt < 1:927795/125‑1 (MQ=255) taatGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTcag > 2:298591/1‑85 (MQ=255) taatGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTcag < 1:298591/87‑3 (MQ=255) taatGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCTGGGTGCTGCatat < 1:24595/139‑1 (MQ=255) gtggATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGtt > 2:796727/1‑108 (MQ=255) gtggATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGtt < 1:796727/108‑1 (MQ=255) | TGCTGGCGCTGACAACTTCATGAACGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAGGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGACCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCTGGGTGCTGCATAT > NC_000913/2034461‑2034713 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |