Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,313,954 | T→C | V156A (GTG→GCG) | rcsD → | phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,313,954 | 0 | T | C | 100.0% | 286.9 / NA | 78 | V156A (GTG→GCG) | rcsD | phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (37/41); total (37/41) |
ATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTT > NC_000913/2313824‑2314085 | aTCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGAtct < 2:556420/139‑1 (MQ=255) gCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCt < 2:862093/139‑1 (MQ=255) gCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCt < 1:787336/139‑1 (MQ=255) ctctCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTa < 2:826035/139‑1 (MQ=255) ctcACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTAcc < 2:1364651/139‑1 (MQ=255) gACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑a < 1:48658/139‑1 (MQ=255) ttGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTc < 2:809753/139‑1 (MQ=255) ttGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTc < 1:1537003/139‑1 (MQ=255) tCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTa > 2:1242021/1‑109 (MQ=255) tCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTa < 1:1242021/109‑1 (MQ=255) tCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTaaa > 2:110449/1‑139 (MQ=255) tCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTaaa > 1:1511737/1‑139 (MQ=255) tGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGAc < 1:36420/139‑1 (MQ=255) gTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGAcc > 2:3531/1‑139 (MQ=255) tCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTa < 1:582271/99‑1 (MQ=255) tCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTa > 2:582271/1‑99 (MQ=255) gATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACAttg > 1:769495/1‑139 (MQ=255) gATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACAttg < 2:1289738/139‑1 (MQ=255) aTTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑a < 1:1455020/89‑1 (MQ=255) aTTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑a > 2:1455020/1‑89 (MQ=255) tgtgGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCAcc < 1:1067862/98‑1 (MQ=255) tgtgGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCAcc > 2:1067862/1‑98 (MQ=255) ggggCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCt < 1:178636/64‑1 (MQ=255) ggggCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCt > 2:178636/1‑64 (MQ=255) ggggCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCAcg < 2:1511737/139‑1 (MQ=255) cgcAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTa < 2:1454682/73‑1 (MQ=255) cgcAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTa > 1:1454682/1‑73 (MQ=255) gcAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACAttg > 2:1070873/1‑124 (MQ=255) gcAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACAttg < 1:1070873/124‑1 (MQ=255) cAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTg < 1:1549664/59‑1 (MQ=255) cAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTg > 2:1549664/1‑59 (MQ=255) cAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTa > 2:969435/1‑71 (MQ=255) cAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTa < 1:969435/71‑1 (MQ=255) cAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCgg > 1:1260461/1‑94 (MQ=255) cAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCgg < 2:1260461/94‑1 (MQ=255) gTGGTCGATGTATTACCTGAATGGACAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTACGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCaa > 1:1143757/1‑139 (MQ=255) gTGGTCGATGTATCACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCaa > 2:1135284/1‑139 (MQ=255) ggTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTa < 1:1447119/56‑1 (MQ=255) ggTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTa > 2:1447119/1‑56 (MQ=255) ggTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCAcg > 2:745116/1‑118 (MQ=255) ggTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCAcg < 1:745116/118‑1 (MQ=255) aTGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGACCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCa < 2:1214427/139‑1 (MQ=255) tGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCaa > 2:717374/1‑139 (MQ=255) cTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCg > 2:472994/1‑139 (MQ=255) gAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCAcgt < 1:1615624/103‑1 (MQ=255) gAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCAcgt > 2:1615624/1‑103 (MQ=255) gAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGAt > 1:582991/1‑139 (MQ=255) gAATGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGAt > 1:1660209/1‑139 (MQ=255) aaTGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTGCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGa < 2:1008053/86‑1 (MQ=255) aaTGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGa > 2:134265/1‑86 (MQ=255) aaTGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGa > 1:1008053/1‑86 (MQ=255) aaTGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGa < 1:134265/86‑1 (MQ=255) aaTGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATg > 2:1180577/1‑139 (MQ=255) aaTGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATg < 2:1143757/139‑1 (MQ=255) aaTGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATg > 2:1089841/1‑139 (MQ=255) aTGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAAccc > 1:1458173/1‑36 (MQ=255) aTGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAAccc < 2:1458173/36‑1 (MQ=38) aTGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTAc > 2:1210607/1‑39 (MQ=255) aTGGTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTAc < 1:1210607/39‑1 (MQ=255) gTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTa < 1:1542152/63‑1 (MQ=255) gTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTa > 2:1542152/1‑63 (MQ=255) gTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCAcg > 2:1243467/1‑97 (MQ=255) gTCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCAcg < 1:1243467/97‑1 (MQ=255) tCAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAAcgc > 2:331882/1‑139 (MQ=255) cAGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAAcgcg < 1:472994/139‑1 (MQ=255) aGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGCTGCAACAGGCCAACg < 1:1338388/124‑1 (MQ=255) aGGATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGCTGCAACAGGCCAACg > 2:1338388/1‑124 (MQ=255) gATAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGaaa < 1:717374/139‑1 (MQ=255) aTAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTc < 2:1459435/49‑1 (MQ=255) aTAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTc < 2:367574/49‑1 (MQ=255) aTAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTc > 1:1459435/1‑49 (MQ=255) aTAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTc > 1:367574/1‑49 (MQ=255) aTAACAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAg < 2:769495/139‑1 (MQ=255) aaCAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAg < 2:1501777/71‑1 (MQ=255) aaCAGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAg > 1:1501777/1‑71 (MQ=255) aGTCTGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCtttt < 1:1180577/139‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTc > 1:971280/1‑40 (MQ=255) tGGCGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAg < 1:871644/130‑1 (MQ=255) | ATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTT‑AAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTT > NC_000913/2313824‑2314085 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |