| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 224,908 | G→A | noncoding (1138/1542 nt) | rrsH → | 16S ribosomal RNA of rrnH operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 224,908 | 0 | G | A | 100.0% | 86.5 / NA | 35 | noncoding (1138/1542 nt) | rrsH | 16S ribosomal RNA of rrnH operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (17/18); total (17/18) | |||||||||||
GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAAAGA > NC_000913/224773‑225024 | gAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTccagcc < 1:900577/139‑1 (MQ=255) tttCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGa < 1:446259/139‑1 (MQ=255) aTGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAgg > 2:1266482/1‑139 (MQ=255) aTGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAgg > 2:132630/1‑139 (MQ=255) gATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGgaga > 2:1440587/1‑139 (MQ=255) gCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAg > 2:1222281/1‑139 (MQ=21) gtgAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTggag < 2:949534/139‑1 (MQ=17) gtgAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTggag < 1:132630/139‑1 (MQ=18) gtgAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTggag < 1:1266482/139‑1 (MQ=18) tgAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTccagccgg < 1:19568/104‑1 (MQ=18) tgAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTccagccgg > 2:1053642/1‑104 (MQ=18) tgAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTccagccgg > 2:19568/1‑104 (MQ=17) tgAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTccagccgg < 1:1053642/104‑1 (MQ=18) tgAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGgaga > 2:953245/1‑118 (MQ=18) tgAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGgaga < 1:953245/118‑1 (MQ=18) tgAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTggagg > 2:192536/1‑139 (MQ=17) gaCAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAg < 1:192536/139‑1 (MQ=18) gTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCa < 2:1492518/103‑1 (MQ=18) gTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCa > 1:1492518/1‑103 (MQ=18) cATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCGGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGAc > 1:794521/1‑139 (MQ=18) tcgtcAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGc < 1:52892/100‑1 (MQ=18) tcgtcAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGc > 2:52892/1‑100 (MQ=21) gtcAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTccagccgg > 2:126147/1‑80 (MQ=21) gtcAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTccagccgg < 1:126147/80‑1 (MQ=21) gCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATg < 1:1582453/139‑1 (MQ=17) cTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGAt < 1:819341/100‑1 (MQ=21) cTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGAt > 2:819341/1‑100 (MQ=21) tgAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGgaga < 2:365039/80‑1 (MQ=255) tgAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGgaga > 1:365039/1‑80 (MQ=19) gAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAc < 1:23241/139‑1 (MQ=18) ttGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTccagccgg < 1:1595359/59‑1 (MQ=255) ttGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTccagccgg > 2:1595359/1‑59 (MQ=255) ttGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCATATCTTTTGTTGCCAGCGGTccagcc > 1:393370/1‑57 (MQ=11) ttGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCATATCTTTTGTTGCCAGCGGTccagcc < 2:393370/57‑1 (MQ=11) ggTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAGGGCTac > 2:268140/1‑139 (MQ=17) ttAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAGGGCTacac < 1:1440587/139‑1 (MQ=17) ttAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAGGGCTacac < 1:952766/139‑1 (MQ=18) aGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAGGGCTACACACg < 1:1222281/139‑1 (MQ=18) tCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAGGGCTACACACGTg > 2:95500/1‑139 (MQ=17) cgcAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGAt > 2:208687/1‑83 (MQ=25) cgcAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGAt < 1:208687/83‑1 (MQ=18) tATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTgga < 2:1674862/61‑1 (MQ=255) tATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTgga > 1:1674862/1‑61 (MQ=255) tATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAAaga > 2:854716/1‑139 (MQ=18) aTCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCAt < 2:1606457/131‑1 (MQ=17) aTCTTTTGTTGCCAGCGGTCCAGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCAt > 1:1606457/1‑131 (MQ=18) | GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGCGGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAAAGA > NC_000913/224773‑225024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |