| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,510,886 | G→A | *419* (TAG→TAA) | yfeO → | putative ion channel protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,510,886 | 0 | G | A | 98.5% | 209.1 / ‑4.8 | 67 | *419* (TAG→TAA) | yfeO | putative ion channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (33/32); total (34/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGGAGAATAACAATGTTCAGGTCACTGTTTCT > NC_000913/2510759‑2511020 | ttGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGCTTAACAAAAAATGct < 2:1131146/139‑1 (MQ=255)ttGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAACAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct > 2:556607/1‑139 (MQ=255) tACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct < 2:1064683/129‑1 (MQ=255) tACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct > 1:1064683/1‑129 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTa < 2:299028/139‑1 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGCCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct < 1:44221/124‑1 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGCCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct > 2:44221/1‑124 (MQ=255) aTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTaa > 2:519744/1‑139 (MQ=255) gctgctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATgg < 1:583297/139‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACgg < 1:646931/139‑1 (MQ=255) tCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGc > 1:340185/1‑139 (MQ=255) cTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct > 2:440132/1‑95 (MQ=255) cTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTAc > 1:162064/1‑139 (MQ=255) cTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTAc < 2:431045/139‑1 (MQ=255) cTTCCGGCATGGCTGTTAGTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct < 1:440132/95‑1 (MQ=255) tCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCt < 2:162064/139‑1 (MQ=255) tGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTa < 2:645225/94‑1 (MQ=255) tGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTa > 1:645225/1‑94 (MQ=255) cTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAACAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAata < 1:556607/139‑1 (MQ=255) tattaGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGc > 2:1312108/1‑139 (MQ=255) cAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct > 1:724107/1‑73 (MQ=255) cAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct < 2:724107/73‑1 (MQ=255) cAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTAc < 1:1562123/117‑1 (MQ=255) cAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTAc > 2:1562123/1‑117 (MQ=255) aGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACa > 1:664764/1‑139 (MQ=255) gTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTATCACAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTcc < 2:1118726/118‑1 (MQ=255) gTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAACAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTcc > 1:1118726/1‑118 (MQ=255) gTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct > 2:674762/1‑70 (MQ=255) gTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct < 1:674762/70‑1 (MQ=255) gTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAgg > 2:958194/1‑139 (MQ=255) aGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCga < 1:234266/95‑1 (MQ=255) aGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCga > 2:234266/1‑95 (MQ=255) gCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGc > 2:1513097/1‑139 (MQ=255) cGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGctc > 2:565456/1‑65 (MQ=255) cGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGctc < 1:565456/65‑1 (MQ=255) atgatgatgGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct > 1:1435727/1‑62 (MQ=255) atgatgatgGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct < 2:1435727/62‑1 (MQ=255) gatgatgGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATa > 2:296339/1‑93 (MQ=255) gatgatgGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATa < 1:296339/93‑1 (MQ=255) gatgatgGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGa > 1:69983/1‑136 (MQ=255) gatgatgGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGa < 2:69983/136‑1 (MQ=255) gatgatgGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACgg > 1:1240019/1‑139 (MQ=255) tgatgGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCt < 2:664764/139‑1 (MQ=255) tgGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct > 2:635246/1‑55 (MQ=255) tgGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct < 1:635246/55‑1 (MQ=255) tgGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCg > 2:793073/1‑139 (MQ=255) cAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCg < 1:1312108/139‑1 (MQ=255) aTCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCt < 2:1365696/95‑1 (MQ=255) aTCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCt > 1:1365696/1‑95 (MQ=255) tCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATa > 2:1515478/1‑81 (MQ=255) tCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATa < 1:1515478/81‑1 (MQ=255) tCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct > 1:591375/1‑45 (MQ=255) tCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct < 2:591375/45‑1 (MQ=255) tCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAg < 1:1219905/131‑1 (MQ=255) tCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAg > 2:1219905/1‑131 (MQ=255) ccGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGga > 2:1322496/1‑139 (MQ=255) cGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTAt < 2:375288/52‑1 (MQ=255) cGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTAt > 1:375288/1‑52 (MQ=255) cAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGGAGAATAACaa > 1:1621277/1‑139 (MQ=255) aCCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTa > 2:243055/1‑38 (MQ=255) aCCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTa < 1:243055/38‑1 (MQ=255) cccACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGGAGAATAACAATGTTCAg > 1:659296/1‑139 (MQ=255) aCGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTg < 2:326287/100‑1 (MQ=255) aCGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTg > 1:326287/1‑100 (MQ=255) aCGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGGAGAATAACAATGTTCAGGTc < 1:1513097/139‑1 (MQ=255) cGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGGAGAATAACAATGTTCAGGTCa < 1:1322496/139‑1 (MQ=255) tttAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGGAGAATAACAATGTTCAGGTCACTGTTTCt < 1:958194/139‑1 (MQ=255) | TTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGGAGAATAACAATGTTCAGGTCACTGTTTCT > NC_000913/2510759‑2511020 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |