| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,024,336 | G→A | *261* (TAG→TAA) L162L (CTC→CTT) |
tatD → rfaH ← |
quality control of Tat‑exported FeS proteins, Mg‑dependent cytoplasmic DNase transcription antitermination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,024,336 | 0 | G | A | 98.3% | 186.8 / ‑6.3 | 59 | *261* (TAG→TAA) L162L (CTC→CTT) | tatD rfaH | quality control of Tat‑exported FeS proteins, Mg‑dependent cytoplasmic DNase transcription antitermination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (27/31); total (28/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCATCCCGGCGCAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCGG > NC_000913/4024202‑4024466 | tcatcCCGGCGCAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGtt > 1:1680939/1‑139 (MQ=255) ggCGCAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGaa > 1:214977/1‑139 (MQ=255) cAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGaa < 2:610530/135‑1 (MQ=255) cAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGaa > 1:610530/1‑135 (MQ=255) cAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCg > 2:1051614/1‑139 (MQ=255) cAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCg < 1:277725/139‑1 (MQ=255) aCGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGt < 2:214977/139‑1 (MQ=255) aCGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGt < 2:1680939/139‑1 (MQ=255) aCGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGt < 1:858626/139‑1 (MQ=255) gAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTAt < 1:1563035/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAAcgcg < 1:1048029/139‑1 (MQ=255) ggATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGcc < 1:168072/139‑1 (MQ=255) tGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGcc > 2:1400006/1‑135 (MQ=255) tGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGcc < 1:1400006/135‑1 (MQ=255) tGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCg > 1:780327/1‑139 (MQ=255) gCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTATGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCACTAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCgg < 1:1051614/139‑1 (MQ=255) cGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTcaca > 2:323518/1‑35 (MQ=255) cGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTcaca < 1:323518/35‑1 (MQ=255) cGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATtaat < 2:636359/58‑1 (MQ=255) cGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATtaat > 2:660532/1‑58 (MQ=255) cGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATtaat < 1:660532/58‑1 (MQ=255) cGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATtaat > 1:636359/1‑58 (MQ=255) | TCATCCCGGCGCAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCGG > NC_000913/4024202‑4024466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |