| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,503,125 | G→A | *223* (TAG→TAA) | ydcL → | lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,503,125 | 0 | G | A | 100.0% | 103.6 / NA | 34 | *223* (TAG→TAA) | ydcL | lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (18/16); total (18/16) | |||||||||||
GTTATCAAAGTCGTTCGTCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAGTTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATCCGGTGCGCCGTAAAACCCCATCCTTCAGGGCGGGGATATAAGGCGCGGTTTTCCACCTGACCAGGTGTTTGCTGTTGTTCAATGTATTGGCG > NC_000913/1502991‑1503253 | gTTATCAAAGTCGTTCGTCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTcc > 1:687671/1‑139 (MQ=255) tATCAAAGTCGTTCGTCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAg > 1:702184/1‑139 (MQ=255) aaGTCGTTCGTCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGAcgcg < 2:687671/139‑1 (MQ=255) aGTCGTTCGTCAGGGCGAAGGTAAAGGCCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACgcgc < 1:511419/139‑1 (MQ=255) aGTCGTTCGTCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACgcgc < 2:702184/139‑1 (MQ=255) ttcgtCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCg > 1:163742/1‑139 (MQ=255) aaaGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTgg < 2:116910‑M1/139‑3 (MQ=255) aaTAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgc > 1:27619‑M1/1‑128 (MQ=255) cGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatt < 2:195483‑M1/139‑25 (MQ=255) cGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatt < 2:163742‑M1/139‑25 (MQ=255) tttCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga < 2:196075‑M1/139‑35 (MQ=255) aaCAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaactta < 1:269301‑M1/109‑19 (MQ=255) aaCAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaactta > 2:269301‑M1/1‑91 (MQ=255) gaCATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt > 2:29265‑M1/1‑77 (MQ=255) aCATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttc > 1:237768‑M1/1‑76 (MQ=255) aCATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatt > 1:469511‑M1/1‑76 (MQ=255) aCATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatt < 2:469511‑M1/100‑25 (MQ=255) cATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACgcgc > 1:165674/1‑55 (MQ=255) cATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACgcgc < 2:165674/55‑1 (MQ=255) ggCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtt > 2:781104‑M1/1‑72 (MQ=255) aCCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttcta > 2:376778‑M1/1‑68 (MQ=255) gATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatca < 2:51557‑M1/139‑75 (MQ=255) aTGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcag > 2:630086‑M1/1‑64 (MQ=255) aTGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgat > 2:263158‑M1/1‑64 (MQ=255) aTGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgat < 1:263158‑M1/87‑24 (MQ=255) aTGTTTGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccct < 1:376778‑M1/139‑84 (MQ=255) tttGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg < 2:205854‑M1/101‑49 (MQ=255) tttGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg > 1:205854‑M1/1‑53 (MQ=255) tttGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaa > 1:272150‑M1/1‑53 (MQ=255) tttGACGTTAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaa < 2:272150‑M1/67‑15 (MQ=255) ttAACAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagc < 1:29265‑M1/139‑94 (MQ=255) aaCAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagcta > 1:116388‑M1/1‑44 (MQ=255) aaCAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagcta > 1:676015‑M1/1‑44 (MQ=255) aCAAAAAGTAATTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTggtgatgctgccaactaactgatttggtgtatgattgtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctac > 1:66076‑M1/1‑43 (MQ=255) | GTTATCAAAGTCGTTCGTCAGGGCGAAGGTAAAGACCTGAATAACGAAAGTACGCCAATGGCTTTCGAAAATATTAAACAAGTTATTGATGACATGGCGACCGATGCCACCATGTTTGACGTTAACAAAAAGTAGTTCCAGACGCGCCATCGTTAGATGGCGCTTTTTATCCGGTGCGCCGTAAAACCCCATCCTTCAGGGCGGGGATATAAGGCGCGGTTTTCCACCTGACCAGGTGTTTGCTGTTGTTCAATGTATTGGCG > NC_000913/1502991‑1503253 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |