| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 260,274 | T→C | intergenic (‑174/‑114) | phoE ← / → proB | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 260,274 | 0 | T | C | 96.4% | 94.9 / ‑6.3 | 28 | intergenic (‑174/‑114) | phoE/proB | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (16/11); minor base G (1/0); total (17/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCTGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCATTTTTCCTAAAATTGAATGGCAGAGAATCATGAGTGACAGCCAGACGCTG > NC_000913/260166‑260408 | tttttAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGc > 2:469446/1‑139 (MQ=255) ttAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCg > 2:263682/1‑139 (MQ=255) ccTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATTAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGa < 1:469446/139‑1 (MQ=255) gATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGcaaca < 2:69472/101‑1 (MQ=255) gATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGcaaca > 1:69472/1‑101 (MQ=255) aGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCGGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTg > 1:575383/1‑139 (MQ=255) aTTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCt > 2:505240/1‑139 (MQ=255) ataataTTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTaaaa > 1:213371/1‑139 (MQ=255) ttCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGc < 1:142455/99‑1 (MQ=255) ttCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGc > 2:142455/1‑99 (MQ=255) ttCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAAcc < 1:393738/114‑1 (MQ=255) ttCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAAcc > 2:393738/1‑114 (MQ=255) ggTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCAtt > 1:30708/1‑139 (MQ=255) gTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCAttt > 2:149546/1‑139 (MQ=255) aaTCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCATTTTTCCTAAAAtt > 1:630031/1‑139 (MQ=255) gTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCAtt > 1:349728/1‑122 (MQ=255) gTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCAtt < 2:349728/122‑1 (MQ=255) ataaAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCATTTTTCCTAAAATTGAATGGCa < 1:505240/139‑1 (MQ=255) gTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCATTTTTCCTAAAATTGAATGGCAGAGAATCa > 1:767112/1‑139 (MQ=255) tAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCATTTTTCCTAAAATTGAATGGCAGAGAATCAt < 1:149546/139‑1 (MQ=255) tGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCGATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCATTTTTCCTAAAATTGAATGGCAGAGAATCATGAGTGACa > 1:139900/1‑139 (MQ=255) tGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACcgacga > 2:214855/1‑70 (MQ=255) tGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACcgacga < 1:214855/70‑1 (MQ=255) tGCCGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCATTTTTCCTAAAATTGAATGGCAGAGAATCATGAGTGACa > 1:266271/1‑139 (MQ=255) ccGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACcgacga > 2:402620/1‑68 (MQ=255) ccGCTAGGCTTGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACcgacga < 1:402620/68‑1 (MQ=255) ttGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCATTTTTCCTAAAATTGAATGGCAGAGAATCATGAGTGACAGCCAGACGCtg < 2:630031/139‑1 (MQ=255) tGCCGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCATTTTTCCTAAAATTGAATGGCAGAGAATCATGAGTGa < 1:613716/125‑1 (MQ=255) | TTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCTGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCATTTTTCCTAAAATTGAATGGCAGAGAATCATGAGTGACAGCCAGACGCTG > NC_000913/260166‑260408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |