| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,759,680 | (C)5→6 | coding (844/1221 nt) | sufS ← | cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,759,675 | 1 | . | C | 98.3% | 210.3 / ‑3.5 | 59 | coding (849/1221 nt) | sufS | cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (30/28); total (31/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
TTGTGGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCT > NC_000913/1759537‑1759807 | ttGTGGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg < 1:62160/139‑1 (MQ=255)ttGTGGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg < 1:646716/139‑1 (MQ=255) ggCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑‑ccccc < 1:573780/139‑1 (MQ=255) ccATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑‑ccccccg < 1:75003/139‑3 (MQ=255) agTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTggg > 2:104321/1‑139 (MQ=255) gaTCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTAc < 1:104321/139‑1 (MQ=255) ggTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCt > 1:1500154/1‑139 (MQ=255) aTTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAAcc > 1:1294545/1‑139 (MQ=255) aTTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAAcc > 1:1721467/1‑139 (MQ=255) aTTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTAGTGGGTGTACCGGCTTCAAAcc > 2:1054871/1‑139 (MQ=255) aGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCAt > 2:1639508/1‑139 (MQ=255) cTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATgg > 1:1590234/1‑139 (MQ=255) tgATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCaaa > 2:1523110/1‑127 (MQ=255) tgATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCaaa < 1:1523110/127‑1 (MQ=255) tgATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGc > 1:236918/1‑139 (MQ=255) gATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 2:869276/139‑1 (MQ=255) gATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 2:915729/139‑1 (MQ=255) aTAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCtt < 2:1590234/139‑1 (MQ=255) aTAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCtt > 2:1485955/1‑139 (MQ=255) aTAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 2:59711/1‑138 (MQ=255) aTAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:59711/138‑1 (MQ=255) aGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCttt < 2:53117/139‑1 (MQ=255) aTGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGt < 2:236918/139‑1 (MQ=255) tGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 2:653327/127‑1 (MQ=255) tGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 1:653327/1‑127 (MQ=255) gCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg < 2:1500154/139‑1 (MQ=255) aTTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCa < 1:224955/112‑1 (MQ=255) aTTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCa > 2:224955/1‑112 (MQ=255) ttCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 2:565917/113‑1 (MQ=255) ttCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 1:565917/1‑113 (MQ=255) aCTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGa > 1:1339488/1‑139 (MQ=255) gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:892023/103‑1 (MQ=255) gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 2:892023/1‑103 (MQ=255) gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTa < 2:534089/115‑1 (MQ=255) gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTa > 1:534089/1‑115 (MQ=255) gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑‑CCCCCCGTATTGGGTGTACCGACTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGATGACGGtcg > 1:1059718/1‑137 (MQ=255) tATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 1:1485955/139‑1 (MQ=255) tATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCCTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 1:1054871/139‑1 (MQ=255) tGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc > 1:201832/1‑137 (MQ=255) tGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 2:201832/137‑1 (MQ=255) taAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑‑ccccc > 1:1571058/1‑55 (MQ=255) taAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑‑ccccc < 2:1571058/55‑1 (MQ=255) aGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGaa < 2:1721467/139‑1 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAGTGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAcc > 2:1093816/1‑139 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc > 2:1132948/1‑127 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 1:1132948/127‑1 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAcc > 1:619982/1‑139 (MQ=255) cccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATg > 2:511475/1‑83 (MQ=255) cccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATg < 1:511475/83‑1 (MQ=255) gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACg > 2:1323041/1‑117 (MQ=255) gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACg < 1:1323041/117‑1 (MQ=255) gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGcccc > 2:8769/1‑139 (MQ=255) cgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGccccc < 1:8769/139‑1 (MQ=255) aaaCATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTccc > 2:1724623/1‑139 (MQ=255) aaCATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCa < 2:1339488/139‑1 (MQ=255) aCTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCAcggcg < 1:1639508/139‑1 (MQ=255) cTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCAcggcgg > 1:758968/1‑139 (MQ=255) cAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCAGTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAcc > 1:1082207/1‑118 (MQ=255) cAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAcc < 2:1082207/118‑1 (MQ=255) aGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAAGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCAtc < 2:758968/139‑1 (MQ=255) cgccgcgccAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCAcg < 1:1309287/129‑1 (MQ=255) cgccgcgccAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCAcg > 2:1309287/1‑129 (MQ=255) gccgcgccAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTcc > 1:1698082/1‑139 (MQ=255) cgccAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGca > 2:114243/1‑139 (MQ=255) cAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGcaaca < 2:1698082/139‑1 (MQ=255) atgatgc‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGcttct > 1:597002/1‑139 (MQ=255) atgatgc‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGcttct < 1:114243/139‑1 (MQ=255) | TTGTGGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCT > NC_000913/1759537‑1759807 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |