| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 983,623 | G→A | *183* (TAG→TAA) | ycbK → | M15A protease‑related family periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 983,623 | 0 | G | A | 97.5% | 249.5 / ‑2.1 | 81 | *183* (TAG→TAA) | ycbK | M15A protease‑related family periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (37/42); total (38/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.69e-01 | |||||||||||
CCATATTGAAGGTATCGCGTTAAGCAATATTCGCAAAGCCGCGTTATCTATGCGCGCAGGTGGTGTAGGATATTATCCACGTAGTAACTTTGTGCATATTGATACCGGGCCAGCACGGCACTGGTAGTAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTATCGTATTATTCCGGTCACCGCATTCTCCCAGAACTGTTCATTAATCTGGTGTGAACAAACCCGTCTGGCCGCACTGGTCGATCCTGGCGGCGATG > NC_000913/983497‑983752 | ccATATTGAAGGTATCGCGTTAAGCAATATTCGCAAAGCCGCGTTATCTATGCGCGCAGGTGGTGTAGGATATTATCCACGTAGTAACTTTGTGCATATTGATACCGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAAc < 2:151788/139‑1 (MQ=255) aaGGTATCGCGTTAAGCAATATTCGCAAAGCCGCGTTATCTATGCGCGCAGGTGGTGTAGGATATTATCCACGTAGTAACTTTGTGCATATTGATACCGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAgg > 1:496568/1‑139 (MQ=255) ggTATCGCGTTAAGCAATATTCGCAAAGCCGCGTTATCTATGCGCGCAGGTGGTGTAGGATATTATCCACGTAGTAACTTTGTGCATATTGATACCGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAgggg < 2:941847/139‑1 (MQ=255) ggTATCGCGTTAAGCAATATTCGCAAAGCCGCGTTATCTATGCGCGCAGGTGGTGTAGGATATTATCCACGTAGTAACTTTGTGCATATTGATACCGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAgggg < 2:116742/139‑1 (MQ=255) 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cATATTGATACCGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTATCGTATTATTCCGGTCACCGCATTCTcc < 2:235792/95‑1 (MQ=255) cATATTGATACCGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTATCGTATTATTCCGGTCACCGCATTCTcc > 1:235792/1‑95 (MQ=255) atatTGATACCGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTATCGTATTATTCCGGTCACCGCATTCTCCCAGAACTGTTCATTAATCTGGTGTGAACAAACCCGTCTGGCCGCa < 1:169650/139‑1 (MQ=255) atTGATACCGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTATCGTATTATTCCGGTCACCGCAt < 2:732766/87‑1 (MQ=255) atTGATACCGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTATCGTATTATTCCGGTCACCGCAt > 1:732766/1‑87 (MQ=255) tACCGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGaaa > 2:1612761/1‑41 (MQ=255) tACCGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGaaa < 1:1612761/41‑1 (MQ=255) tACCGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTa < 1:916152/59‑1 (MQ=255) tACCGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTa > 2:916152/1‑59 (MQ=255) ccGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAggag > 2:1075084/1‑43 (MQ=255) ccGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAggag < 1:1075084/45‑3 (MQ=255) cGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAggg > 2:1340043/1‑43 (MQ=255) cGGGCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAggg < 1:1340043/43‑1 (MQ=255) ggCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTATCGTATTATTCCGGTCACCGCATTCTCCCAGaa > 2:1355137/1‑87 (MQ=255) ggCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTATCGTATTATTCCGGTCACCGCATTCTCCCAGaa < 1:1355137/87‑1 (MQ=255) ggCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTATCGTATTATTCCGGTCACCGCATTCTCCCAGAACTGTTCATTAATCTGGTGTGAACAAACCCGTCTGGCCGCACTGGTCGATCCt > 2:1647541/1‑139 (MQ=255) ggCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTATCGTATTATTCCGGTCACCGCATTCTCCCAGAACTGTTCATTAATCTGGTGTGAACAAACCCGTCTGGCCGCACTGGTCGATCCt > 2:515338/1‑139 (MQ=255) ggCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTATCGTATTATTCCGGTCACCGCATTCTCCCAGAACTGTTCATTAATCTGGTGTGAACAAACCCGTCTGGCCGCACTGGTCGATCCt > 1:793601/1‑139 (MQ=255) gCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATg > 2:1583158/1‑48 (MQ=255) gCCAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATg < 1:1583158/48‑1 (MQ=255) ccAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAAc > 2:46485/1‑35 (MQ=255) ccAGCACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAAc < 1:46485/35‑1 (MQ=255) cACGGCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTATCGTATTATTCCGGTCACCGCATTCTCCCAGAACTGTTCATTAATCTGGTGTGAACAAACCCGTCTGGCCGCACTGGTCGATCCTggcggc > 1:1314001/1‑139 (MQ=255) gCACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTATCGTATTATTCCGGTCACCGCATTCTCCCAGAACTGTTCATTAATCTGGTGTGAACAAACCCGTCTGGCCGCACTGGTCGATCCTGGCGGCGATg < 1:699032/139‑1 (MQ=255) cACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATg < 2:352032/38‑1 (MQ=255) cACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATg > 1:352032/1‑38 (MQ=255) cACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTATCGTATTATTCCGGTCACCGCATTCTCCCAGAACTGTTCATTAAt < 1:943202/88‑1 (MQ=255) cACTGGTAATAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTATCGTATTATTCCGGTCACCGCATTCTCCCAGAACTGTTCATTAAt > 2:943202/1‑88 (MQ=255) | CCATATTGAAGGTATCGCGTTAAGCAATATTCGCAAAGCCGCGTTATCTATGCGCGCAGGTGGTGTAGGATATTATCCACGTAGTAACTTTGTGCATATTGATACCGGGCCAGCACGGCACTGGTAGTAATTGCTTAACGAAACAGGGGCAGTATGAACTATCGTATTATTCCGGTCACCGCATTCTCCCAGAACTGTTCATTAATCTGGTGTGAACAAACCCGTCTGGCCGCACTGGTCGATCCTGGCGGCGATG > NC_000913/983497‑983752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |