| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 169,645 | A→G | Y721C (TAC→TGC) | fhuA → | ferrichrome outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 169,645 | 0 | A | G | 97.0% | 228.4 / ‑2.8 | 67 | Y721C (TAC→TGC) | fhuA | ferrichrome outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (34/31); total (35/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
GATCCGGCTAACTCCTTTAAAGTGGGAAGTTATACGGTCGTGGATGCGTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑ACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATG > NC_000913/169515‑169780 | gATCCGGCTAACTCCTTTAAAGTGGGAAGTTATACGGTCGTGGATGCGTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCa > 2:1460473/1‑139 (MQ=255) tCCGGCTAACTCCTTTAAAGTGGGAAGTTATACGGTCGTGGATGCGTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAgc < 1:346347/139‑1 (MQ=255) ccGGCTAACTCCTTTAAAGTGGGAAGTTATACGGTCGTGGATGCGTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAgct > 1:1615325/1‑139 (MQ=255) aCTCCTTTAAAGTGGGAAGTTATACGGTCGTGGATGCGTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTaa < 1:204210/139‑1 (MQ=255) aGTGGGAAGTTATACGGTCGTGGATGCGTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGgc < 2:198014/139‑1 (MQ=255) aGTGGGAAGTTATACGGTCGTGGATGCGTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGgc < 1:1619828/139‑1 (MQ=255) tGGGAAGTTATACGGTCGTGGATGCGTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAATGCGCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGgc < 1:252889/139‑1 (MQ=255) ggAAGTTATACGGTCGTGGATGCGTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGgctgct > 1:1365378/1‑139 (MQ=255) ttATACGGTCGTGGCTGCGTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCtt < 2:3507/135‑1 (MQ=255) ttATACGGTCGTGGATGCGTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCACCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCtt > 1:3507/1‑135 (MQ=255) taCGGTCGTGGATGCGTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGgc > 2:1014805/1‑139 (MQ=255) gTCGTGGATGCGTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAg > 2:685398/1‑139 (MQ=255) gTGGATGCGTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAAc > 2:1564792/1‑139 (MQ=255) ggATGCGTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGt < 1:1460473/139‑1 (MQ=255) gTTAGTAGGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTa > 1:1178068/1‑101 (MQ=255) gTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTa < 2:1178068/101‑1 (MQ=255) gTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTc > 1:81876/1‑139 (MQ=255) tATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTc > 1:1711372/1‑124 (MQ=255) tATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTc < 2:1711372/124‑1 (MQ=255) tATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTgcaaccg > 1:646861/1‑139 (MQ=255) tGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTgcaaccgca < 2:646861/139‑1 (MQ=255) tGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCCACCtt > 2:1789656/1‑139 (MQ=255) tGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCtt > 2:1171709/1‑139 (MQ=255) ggCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTgcaaccgc > 1:268269/1‑132 (MQ=255) ggCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTgcaaccgc < 2:268269/132‑1 (MQ=255) gcgcGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTcc > 2:1378507/1‑139 (MQ=255) cgcgAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCttt > 1:450606/1‑80 (MQ=255) cgcgAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCttt < 2:450606/80‑1 (MQ=255) cgcgAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGgc < 1:233930/92‑1 (MQ=255) cgcgAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGgc > 2:233930/1‑92 (MQ=255) cgAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCCGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGtt < 2:1733302/139‑1 (MQ=255) aGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTgggg > 2:165882/1‑99 (MQ=255) aGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTgggg < 1:165882/99‑1 (MQ=255) gTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTc > 1:668011/1‑109 (MQ=255) gTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTc < 2:668011/109‑1 (MQ=255) tCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGt > 2:586553/1‑112 (MQ=255) tCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGt < 1:586553/112‑1 (MQ=255) gCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCt > 1:1652723/1‑126 (MQ=255) gCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCt < 2:1652723/126‑1 (MQ=255) cATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAAttt < 2:1365378/139‑1 (MQ=255) cATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAAttt < 1:1789656/139‑1 (MQ=255) ctggctCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGgc < 1:1466173/77‑1 (MQ=255) ctggctCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGgc > 2:1466173/1‑77 (MQ=255) ctggctCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCtt > 1:533671/1‑139 (MQ=255) ctggctCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCtt > 1:1592366/1‑139 (MQ=255) ctggctCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCtt > 1:1541675/1‑139 (MQ=255) gctCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTg > 2:1759985/1‑139 (MQ=255) cAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGc < 2:1615325/139‑1 (MQ=255) cATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTg > 1:1189088/1‑139 (MQ=255) tAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑ACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCa < 1:639448/67‑1 (MQ=255) tAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑ACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCa > 2:639448/1‑67 (MQ=255) acCTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTcac > 1:659658/1‑139 (MQ=255) cTGTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACaa > 1:599996/1‑139 (MQ=255) gTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGt > 2:580908/1‑139 (MQ=255) gTTCGATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATATCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGt > 1:1132032/1‑139 (MQ=255) gATCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGc < 2:1189088/139‑1 (MQ=255) tCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTg < 1:685398/139‑1 (MQ=255) tCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTg < 2:533671/139‑1 (MQ=255) tCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTg < 2:599996/139‑1 (MQ=255) tCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTg < 2:1132032/139‑1 (MQ=255) tCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTg < 1:1564792/139‑1 (MQ=255) tCGTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTg < 2:81876/139‑1 (MQ=255) gTGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGtt > 1:353061/1‑139 (MQ=255) tGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTgcaacc > 1:694863/1‑70 (MQ=255) tGAAT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTgcaacc < 2:694863/70‑1 (MQ=255) aaT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATg < 1:1378507/139‑1 (MQ=255) aaT‑‑GCGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATg > 2:832180/1‑139 (MQ=255) | GATCCGGCTAACTCCTTTAAAGTGGGAAGTTATACGGTCGTGGATGCGTTAGTACGTTATGATCTGGCGCGAGTCGGCATGGCTGGCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAAT‑‑ACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATG > NC_000913/169515‑169780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |