| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 2 | . | G | 38.0% | 66.4 / 185.7 | 108 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (35/32); new base G (20/21); total (55/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664219‑3664479 | tGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 1:1399760/139‑1 (MQ=255)tGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 2:1443887/139‑1 (MQ=255) tATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑ggg < 2:1289130/139‑1 (MQ=255) aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑gggg > 1:929841/1‑139 (MQ=255) aaaGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑gggg‑‑ggggt < 1:180881/139‑4 (MQ=255) gTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACt < 1:795929/139‑1 (MQ=255) tAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTg > 2:1177928/1‑139 (MQ=255) aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGt > 1:298238/1‑139 (MQ=255) aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGt > 1:1179259/1‑139 (MQ=255) aTCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGttaatt < 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gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:693756/1‑113 (MQ=255) gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGAc > 2:88952/1‑139 (MQ=255) atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGttaa > 1:362420/1‑87 (MQ=255) atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGttaa < 2:362420/87‑1 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata > 1:885411/1‑139 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata > 1:1403245/1‑139 (MQ=255) 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gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑gggg‑‑gggtga > 2:1423578/1‑36 (MQ=255) gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑gggg‑‑gggtga < 1:1423578/40‑5 (MQ=39) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 2:476576/54‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 1:476576/1‑54 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt < 2:1179259/139‑1 (MQ=255) aaaaaTCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCTTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtc < 1:1028202/139‑1 (MQ=255) aaaTCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTGAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtcgt < 1:1029154/139‑1 (MQ=255) aaaTCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtcgt < 1:1011327/139‑1 (MQ=255) tCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAGCTGTCAGCt < 1:1111418/118‑1 (MQ=255) tCGCCGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt > 2:1111418/1‑118 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:325531/1‑57 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:325531/57‑1 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACg < 1:1139984/84‑1 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGCATGGGGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACg > 2:1139984/1‑84 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGCATG‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAt > 1:1499543/1‑139 (MQ=255) | TGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑‑GGGG‑‑GGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664219‑3664479 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |