| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,770,380 | A→G | noncoding (9/106 nt) | rprA → | sRNA antisense activator for RpoS translation, Hfq‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,770,380 | 0 | A | G | 100.0% | 188.4 / NA | 53 | noncoding (9/106 nt) | rprA | sRNA antisense activator for RpoS translation, Hfq‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (31/22); total (31/22) | |||||||||||
CTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACT > NC_000913/1770246‑1770511 | ctctTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATc > 1:1496114/1‑139 (MQ=255) tCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACata < 1:556880/130‑1 (MQ=255) tCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTtat > 2:1475988/1‑139 (MQ=255) tCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATGCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACata > 2:556880/1‑130 (MQ=255) cTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATaa > 1:1428105/1‑139 (MQ=255) cTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCa < 2:461645/139‑1 (MQ=255) cTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCa > 1:461645/1‑139 (MQ=255) cTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCa > 1:129090/1‑139 (MQ=255) tACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATg > 1:1508425/1‑139 (MQ=255) cGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCa > 2:1250557/1‑115 (MQ=255) cGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCa < 1:1250557/115‑1 (MQ=255) cTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACatat < 1:1087570/111‑1 (MQ=255) cTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACatat > 2:1087570/1‑111 (MQ=255) cTGGTAGTACCTGACGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACatat < 1:1368566/111‑1 (MQ=255) cTGGTAGTACCTGACGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACatat > 2:1368566/1‑111 (MQ=255) taCCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAaaca < 2:129090/139‑1 (MQ=255) cTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTtata > 1:1436158/1‑110 (MQ=255) cTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTtata < 2:1436158/110‑1 (MQ=255) tCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACatat > 1:1186621/1‑98 (MQ=255) tCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACatat < 2:1186621/98‑1 (MQ=255) tCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAg > 1:1574692/1‑126 (MQ=255) tCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAg < 2:1574692/126‑1 (MQ=255) tCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAAt > 1:1554798/1‑139 (MQ=255) tCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAAt > 2:782931/1‑139 (MQ=255) cGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCt > 2:1017140/1‑122 (MQ=255) cGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCt < 1:1017140/122‑1 (MQ=255) cGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAAtt > 1:1436341/1‑139 (MQ=255) gCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTg < 2:1262594/139‑1 (MQ=255) gCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTg < 1:1475988/139‑1 (MQ=255) cAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGc < 1:601725/139‑1 (MQ=255) ttACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATATGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTa > 2:472911/1‑139 (MQ=255) ttttAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTtata < 1:693825/89‑1 (MQ=255) ttttAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTtata > 2:693825/1‑89 (MQ=255) ttAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGcc < 2:1508425/139‑1 (MQ=255) tAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGccc < 2:1519555/139‑1 (MQ=255) aaTGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTcc > 2:567937/1‑139 (MQ=255) tGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGATGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCa > 1:394587/1‑139 (MQ=255) aCGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGAt > 1:726354/1‑139 (MQ=255) aTCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCt < 2:1473776/135‑1 (MQ=255) aTCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCt > 1:1473776/1‑135 (MQ=255) cGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTaa > 2:1596602/1‑139 (MQ=255) tGCCTACTATTAGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCg < 2:1428105/139‑1 (MQ=255) aGCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGccc > 1:886295/1‑139 (MQ=255) gCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGcccc > 1:250458/1‑139 (MQ=255) gCTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGcccc > 1:1191570/1‑139 (MQ=255) cTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCt > 2:438153/1‑139 (MQ=255) cTCACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCt > 1:319827/1‑139 (MQ=255) cACGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGTATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCa < 2:394587/139‑1 (MQ=255) aCGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGaa > 2:207207/1‑38 (MQ=255) aCGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGaa < 1:207207/38‑1 (MQ=255) cGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCAct < 1:567937/139‑1 (MQ=255) cGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCAct > 1:336634/1‑139 (MQ=255) cGGTTATGAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCAct < 2:886295/139‑1 (MQ=255) | CTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACT > NC_000913/1770246‑1770511 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |