| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,012,700 | C→T | *105* (TAG→TAA) | fliE ← | flagellar basal‑body component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,012,700 | 0 | C | T | 100.0% | 255.2 / NA | 78 | *105* (TAG→TAA) | fliE | flagellar basal‑body component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (38/40); total (38/40) | |||||||||||
ATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCAC > NC_000913/2012566‑2012830 | aTCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTaca < 2:1143323/139‑1 (MQ=255)aTCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTa > 2:777915/1‑137 (MQ=255) gcgTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCt < 2:740496/139‑1 (MQ=255) gTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGc < 2:53190/139‑1 (MQ=255) tataCGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAATCCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCTATCCATGCCCCACGCTGTGAGATCGGGTGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCa < 1:1052895/139‑1 (MQ=255) taCGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATg < 2:458460/139‑1 (MQ=255) aTCGTGGATGGCAGCAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGAATGCccac > 2:252623/1‑138 (MQ=255) aTCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCtcat > 1:560755/1‑139 (MQ=255) tCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCtcatc > 1:1126276/1‑139 (MQ=255) tCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCtcatc > 2:1052226/1‑139 (MQ=255) tCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCtcatc < 2:1295134/139‑1 (MQ=255) cGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCtcatca < 1:1074896/139‑1 (MQ=255) cGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCtcatca < 2:1055031/139‑1 (MQ=255) tGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACt > 1:751540/1‑139 (MQ=255) gATGGCAGAAAACGTTCAAGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTc > 2:921531/1‑139 (MQ=255) tCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGccac < 2:751540/139‑1 (MQ=255) aGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGccacca < 2:560755/139‑1 (MQ=255) cAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCtta < 1:178038/139‑1 (MQ=255) gTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCCGCttatta > 2:1011263/1‑139 (MQ=255) cATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATCCGCCGCCACAAGCTTAATACGCAc < 1:1011263/139‑1 (MQ=255) cATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCAc > 1:984686/1‑139 (MQ=255) ttttAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCt < 2:1141751/139‑1 (MQ=255) tttAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTg > 2:1372524/1‑139 (MQ=255) tAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGaa > 2:1161170/1‑139 (MQ=255) tAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCAGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCtcatca > 1:1269266/1‑100 (MQ=255) tAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCAGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCtcatca < 2:1269266/100‑1 (MQ=255) aaaCCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAAt > 1:1196520/1‑139 (MQ=255) gAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCAt < 1:1161170/139‑1 (MQ=255) aaaTTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATAcgccgc > 1:1197974/1‑108 (MQ=255) aaaTTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATAcgccgc < 2:1197974/108‑1 (MQ=255) aaaTTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCAtt < 1:1052226/139‑1 (MQ=255) agtTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATAcg > 1:28629/1‑94 (MQ=255) agtTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATAcg < 2:28629/94‑1 (MQ=255) atccatGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCttt < 1:467119/139‑1 (MQ=255) ccatGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCttttt < 1:848442/139‑1 (MQ=255) tGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACg < 2:1655085/98‑1 (MQ=255) tGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACg > 1:1655085/1‑98 (MQ=255) cACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGc < 2:1205664/52‑1 (MQ=255) cACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGc > 1:1205664/1‑52 (MQ=255) aCGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCAt < 1:596859/107‑1 (MQ=255) aCGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCAt > 2:596859/1‑107 (MQ=255) cgcgGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGccac > 2:1338945/1‑79 (MQ=255) cgcgGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGccac < 1:1338945/79‑1 (MQ=255) cgcgGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCttatt > 2:980992/1‑88 (MQ=255) cgcgGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCttatt < 1:980992/88‑1 (MQ=255) cgcgGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGt > 2:735387/1‑139 (MQ=255) gTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGtcatc > 2:96580/1‑139 (MQ=255) tGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCAACCAGCTTATTACGCACCTAAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGccctca > 1:817862/1‑139 (MQ=255) agaTCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGccacca < 2:1208090/74‑1 (MQ=255) agaTCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGccacca > 1:1208090/1‑74 (MQ=255) agaTCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATcaca < 1:921531/139‑1 (MQ=255) tAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAacg > 1:1004923/1‑139 (MQ=255) aaTTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAacgc < 1:96580/139‑1 (MQ=255) aTTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGcca < 2:870715/59‑1 (MQ=255) aTTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGcca > 1:870715/1‑59 (MQ=255) aTTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAacgcc > 2:514478/1‑139 (MQ=255) acaacaGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGccacca > 1:460344/1‑58 (MQ=255) acaacaGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGccacca < 2:460344/58‑1 (MQ=255) caacaGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGccac > 2:1585385/1‑55 (MQ=255) caacaGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGccac < 1:1585385/55‑1 (MQ=255) caGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGccac < 1:1362527/52‑1 (MQ=255) caGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGccac > 2:1362527/1‑52 (MQ=255) caGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCggg < 1:1372524/139‑1 (MQ=255) caGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCggg > 1:1420271/1‑139 (MQ=255) ggTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCt > 2:1055091/1‑67 (MQ=255) ggTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCt < 1:1055091/67‑1 (MQ=255) gTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGccacc < 2:1020176/50‑1 (MQ=255) gTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGccacc > 1:1020176/1‑50 (MQ=255) gTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGcca > 1:915247/1‑48 (MQ=255) gTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGcca < 2:915247/48‑1 (MQ=255) gTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATc < 1:1447694/71‑1 (MQ=255) gTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATc > 2:1447694/1‑71 (MQ=255) gTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTg > 2:539877/1‑90 (MQ=255) gTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTg < 1:539877/90‑1 (MQ=255) gTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTc > 1:400901/1‑139 (MQ=255) tACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCAc < 2:1420271/139‑1 (MQ=255) cAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCt < 2:1423076/50‑1 (MQ=255) cAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCt > 1:1423076/1‑50 (MQ=255) | ATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCAC > NC_000913/2012566‑2012830 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |