| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 323,355 | C→T | P340S (CCA→TCA) | ykgF → | ferridoxin‑like LutB family protein, putative electron transport chain YkgEFG component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 323,355 | 0 | C | T | 98.1% | 160.4 / ‑4.2 | 52 | P340S (CCA→TCA) | ykgF | ferridoxin‑like LutB family protein, putative electron transport chain YkgEFG component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (24/27); total (24/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 | |||||||||||
ATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCG > NC_000913/323221‑323488 | aTAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAAt > 2:1274208/1‑139 (MQ=255)aTAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAAt < 2:8623/139‑1 (MQ=255) cGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCaa > 2:940707/1‑134 (MQ=255) cGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCaa < 1:940707/134‑1 (MQ=255) gCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCg > 1:925640/1‑139 (MQ=255) gTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGt < 1:1274208/139‑1 (MQ=255) gTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGt < 2:1296031/139‑1 (MQ=255) cTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGAt < 2:925640/139‑1 (MQ=255) gCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCg < 1:1136706/139‑1 (MQ=255) cTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGc > 2:1346306/1‑139 (MQ=255) tGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCt > 2:1376562/1‑139 (MQ=255) ctGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTgg < 1:1346306/139‑1 (MQ=255) tGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTggc > 2:1582367/1‑139 (MQ=255) tGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTggc < 1:252617/139‑1 (MQ=255) tCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCtat < 1:1620795/139‑1 (MQ=255) ctgcGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagatttta < 1:1556994/139‑1 (MQ=255) gcTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAAt > 1:1080573/1‑91 (MQ=255) gcTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAAt < 2:1080573/91‑1 (MQ=255) tGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagatt < 1:745756/139‑1 (MQ=255) tCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTAccc < 1:582472/139‑1 (MQ=255) ggggCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCt > 2:835859/1‑139 (MQ=255) tGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATg < 1:835859/139‑1 (MQ=255) aaTACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTgtgcataaagag < 2:310607/139‑12 (MQ=255) aaTACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTgtgcataaagag < 2:1517643/139‑12 (MQ=255) aaTACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGca < 1:445603/139‑1 (MQ=255) cTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGca > 2:153204/1‑135 (MQ=255) cTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGca < 1:153204/135‑1 (MQ=255) tGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAAt < 2:1476379/59‑1 (MQ=255) tGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAAt > 1:1476379/1‑59 (MQ=255) tGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagatt > 2:1448972/1‑109 (MQ=255) tGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagatt < 1:1448972/109‑1 (MQ=255) tGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCtt > 1:39484/1‑139 (MQ=255) tGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCtt > 1:931610/1‑139 (MQ=255) gTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTtg > 2:536104/1‑139 (MQ=255) cGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGa > 2:1203384/1‑139 (MQ=255) 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tatCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGca < 2:410575/124‑1 (MQ=255) cGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACgtgt > 1:1278833/1‑139 (MQ=255) atatTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTcc < 1:1298819/139‑1 (MQ=255) ggCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTTTCCGCTACTTggcgg < 2:1107550/53‑1 (MQ=255) ggCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTGTCCGCTACTTggcgg > 1:1107550/1‑53 (MQ=255) tATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagatt < 2:290411/68‑1 (MQ=255) tATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagatt > 1:290411/1‑68 (MQ=255) tCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTg > 2:701642/1‑139 (MQ=255) gggTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCg < 1:1226568/137‑1 (MQ=255) gggTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCg > 2:1226568/1‑137 (MQ=255) | ATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCG > NC_000913/323221‑323488 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |