| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,789,352 | G→A | R244C (CGC→TGC) | waaH ← | LPS(HepIII)‑glucuronic acid glycosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,789,352 | 0 | G | A | 100.0% | 275.2 / NA | 84 | R244C (CGC→TGC) | waaH | LPS(HepIII)‑glucuronic acid glycosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (30/54); total (30/54) | |||||||||||
GTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCGGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTCGGTATATCGCGCACGCAGCGCGTT > NC_000913/3789217‑3789481 | gTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGt < 1:485982/139‑1 (MQ=255)gTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGt < 2:740776/139‑1 (MQ=255)gTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGt < 2:725059/139‑1 (MQ=255)gTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGt < 2:1165784/139‑1 (MQ=255)gTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGt < 2:547742/139‑1 (MQ=255)gTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGt < 2:251579/139‑1 (MQ=255)gTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGAGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGt < 1:1121429/139‑1 (MQ=255) ttGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGt < 2:996800/138‑1 (MQ=255) ttGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGt > 1:996800/1‑138 (MQ=255) ggCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGt > 2:632965/1‑136 (MQ=255) ggCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGt < 1:632965/136‑1 (MQ=255) cGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCt < 2:826347/139‑1 (MQ=255) cGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCt < 1:519834/139‑1 (MQ=255) gggTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCtt > 1:710887/1‑139 (MQ=255) ggTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGATGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTa < 2:1062610/139‑1 (MQ=255) gTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAAt > 1:1316713/1‑134 (MQ=255) 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acacGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTa > 2:128880/1‑132 (MQ=255) acacGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTa < 1:128880/132‑1 (MQ=255) acacGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTccc < 1:1112379/137‑1 (MQ=255) acacGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTccc > 2:1112379/1‑137 (MQ=255) acacGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTcc < 1:792945/136‑1 (MQ=255) acacGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTcc > 2:792945/1‑136 (MQ=255) acacGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCtt > 2:1471137/1‑139 (MQ=255) acacGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCtt > 2:1628300/1‑139 (MQ=255) acGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTg > 2:853090/1‑108 (MQ=255) acGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTg < 1:853090/108‑1 (MQ=255) acGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGt < 2:1316800/139‑1 (MQ=255) cAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTcc < 1:684277/131‑1 (MQ=255) cAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTcc > 2:684277/1‑131 (MQ=255) cAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTa < 1:563743/139‑1 (MQ=255) aaTGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGt < 2:1577757/135‑1 (MQ=255) aaTGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGt > 1:1577757/1‑135 (MQ=255) tGCCTCGTAAGTTATTTGCTGCTGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGc < 1:974789/139‑1 (MQ=255) cTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAAc < 1:591003/139‑1 (MQ=255) aaGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTGAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACt < 2:984687/139‑1 (MQ=255) tATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCa < 1:892300/137‑1 (MQ=255) tATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCa > 2:892300/1‑137 (MQ=255) aTTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTg < 2:1355497/139‑1 (MQ=255) aTTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTg < 1:1628300/139‑1 (MQ=255) aTTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTg < 1:1619901/139‑1 (MQ=255) aTTTGCGGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTg < 1:1088208/139‑1 (MQ=255) cTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGta < 1:1203771/139‑1 (MQ=255) tCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCt < 2:1551419/102‑1 (MQ=255) tCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCt > 1:1551419/1‑102 (MQ=255) tCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGat < 1:72011/139‑1 (MQ=255) tAATTTTGTTGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTg < 2:770298/111‑1 (MQ=255) tAATTTTGTTGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTg > 1:770298/1‑111 (MQ=255) aaTTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAAt > 2:1181979/1‑139 (MQ=255) gTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGt < 2:829370/39‑1 (MQ=255) gTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGt > 1:829370/1‑39 (MQ=255) gTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGc < 1:1181979/139‑1 (MQ=255) gTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGc > 1:378385/1‑139 (MQ=255) tCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGt < 2:598673/38‑1 (MQ=255) tCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGt > 1:598673/1‑38 (MQ=255) tCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTccc < 2:430809/80‑1 (MQ=255) tCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTccc > 1:430809/1‑80 (MQ=255) tCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACg > 1:405350/1‑106 (MQ=255) tCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACg < 2:405350/106‑1 (MQ=255) tCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCt < 2:378385/139‑1 (MQ=255) ctcCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTCGGTATATCGCGCACGCAGcgcg < 2:1421279/139‑1 (MQ=255) tcCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTCGGTATATCGCGCACGCAGCGCGt < 2:710887/139‑1 (MQ=255) ccAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCa > 2:421582/1‑75 (MQ=255) ccAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCa < 1:421582/75‑1 (MQ=255) ccAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGa > 1:1329996/1‑109 (MQ=255) ccAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGa < 2:1329996/109‑1 (MQ=255) ccAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTCGGTATATCGCGCACGCAGCGCGtt > 1:134228/1‑139 (MQ=255) | GTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCGGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTCGGTATATCGCGCACGCAGCGCGTT > NC_000913/3789217‑3789481 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |