| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,199,764 | (T)5→6 | coding (1043/1128 nt) | intE ← | e14 prophage, putative integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,199,759 | 1 | . | T | 97.4% | 115.0 / NA | 38 | L350I (CTA→ATA) | intE | e14 prophage, putative integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); major base T (18/19); minor base C (0/1); total (18/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAA > NC_000913/1199622‑1199891 | tttAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAagtag‑t < 1:118771/139‑1 (MQ=255) tttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑ttttttgt < 1:825781/139‑4 (MQ=255) cGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAAccc > 2:1406819/1‑139 (MQ=255) gTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 2:1345168/139‑1 (MQ=255) gTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 1:1406819/139‑1 (MQ=255) aaTGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑ttttttg < 1:672191/114‑3 (MQ=255) aaTGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑ttttttg > 2:672191/1‑112 (MQ=255) aTGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACa < 1:768969/139‑1 (MQ=255) cTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑ttttttgtg > 1:1504344/1‑95 (MQ=255) cTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑ttttttgtg < 2:1504344/99‑5 (MQ=255) gTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑tttt < 2:484285/87‑1 (MQ=255) gTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑tttt > 1:484285/1‑87 (MQ=255) cacaACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCa > 2:1056615/1‑139 (MQ=255) cacaACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCa > 1:1120830/1‑139 (MQ=255) cacaACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑ttttttgt > 1:987257/1‑85 (MQ=255) cacaACGCTACTTTGCTCCATCCTTAACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGCTTTTtgt < 2:987257/88‑1 (MQ=255) tGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAg > 2:290626/1‑139 (MQ=255) ccATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGa < 2:1120830/139‑1 (MQ=255) tCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAAccc < 1:913182/79‑1 (MQ=255) tCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAAccc > 2:913182/1‑79 (MQ=255) gATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGt < 1:290626/139‑1 (MQ=255) atcatcATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTaa > 1:709584/1‑64 (MQ=255) atcatcATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTaa < 2:709584/64‑1 (MQ=255) atcatcATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGtt > 1:243937/1‑87 (MQ=255) atcatcATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGtt < 2:243937/87‑1 (MQ=255) atcatcATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTc > 1:1334980/1‑139 (MQ=255) 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aaCGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg > 2:325773/1‑106 (MQ=255) aaCGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTg > 2:1225278/1‑112 (MQ=255) aaCGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTg < 1:1225278/112‑1 (MQ=255) cGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTaaa > 1:1196337/1‑139 (MQ=255) aTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 2:1483602/54‑1 (MQ=255) aTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCt > 1:1483602/1‑54 (MQ=255) aTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATa > 1:662329/1‑78 (MQ=255) aTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATa < 2:662329/78‑1 (MQ=255) gttgttgtGTTCTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATTCAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGGCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCtt < 1:979163/139‑1 (MQ=255) ttATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTc > 1:156143/1‑139 (MQ=255) tATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCa < 2:1196337/139‑1 (MQ=255) cAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCa < 1:1056615/139‑1 (MQ=255) cAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCa < 1:1041553/139‑1 (MQ=255) aaGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCaa > 1:416416/1‑139 (MQ=255) | TTTAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAA > NC_000913/1199622‑1199891 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |